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- PDB-8a6x: Crystal structure of a chimeric LOV-Histidine kinase SB2F1 (asymm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a6x
タイトルCrystal structure of a chimeric LOV-Histidine kinase SB2F1 (asymmetrical variant, trigonal form with long c axis)
要素Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor / sensory histidine kinase / chimeric / De Novo Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Sensor protein FixL / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Arinkin, V. / Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchFKZ 031A16 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a chimeric LOV-Histidine kinase SB2F1 (asymmetrical variant, trigonal form with long c axis)
著者: Arinkin, V. / Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL
B: Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6656
ポリマ－86,7382
非ポリマー1,9274
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.794, 138.794, 96.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 153 or resid 155 through 363 or resid 402 through 500))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 153 or resid 155 through 363 or resid 402 through 500))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISALAA1 - 154
d_12ens_1GLUPROA156 - 364
d_13ens_1ATPATPB
d_14ens_1FMNFMNC
d_21ens_1HISALAD3 - 156
d_22ens_1GLUPROD158 - 366
d_23ens_1ATPATPE
d_24ens_1FMNFMNF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.997769000525, 5.39269538263E-5, 0.0667609068541), (-0.000896374319881, -0.999898711196, 0.0142043606889), (0.0667549107196, -0.0142325135301, -0.997667889357) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.997769000525, 5.39269538263E-5, 0.0667609068541), (-0.000896374319881, -0.999898711196, 0.0142043606889), (0.0667549107196, -0.0142325135301, -0.997667889357)
ベクター: -1.65793891575, -4.9784628894, 12.024710424)

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要素

#1: タンパク質 Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL


分子量: 43368.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: De Novo Protein, chimeric, engineered; His-Tag: 1-MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH-20; UNP:Q88JB0 (belongs to): 21 (or 1 PDB-file)-(MSE)INA...YYIGIQRDVT-140 (or 120 PDB-file); UNP:P23222 (belongs to):141 ...詳細: De Novo Protein, chimeric, engineered; His-Tag: 1-MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH-20; UNP:Q88JB0 (belongs to): 21 (or 1 PDB-file)-(MSE)INA...YYIGIQRDVT-140 (or 120 PDB-file); UNP:P23222 (belongs to):141 (or 121 PDB-file)-EHQQTQ...AADEN-388 (or 368 PDB-file); UNP:Q88JB0 (UNP-numbering) 1-(MSE)INA...QRDVT-120; UNP:P23222 (UNP-numbering) 258 to C-Term; All Met are exchanged for SeMet. Expression system: because of SeMet: E.coli B834 (DE3).
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア), (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440, JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110
遺伝子: PP_2739, fixL, bll2760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q88JB0, UniProt: P23222, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG8K, 0.1M Citrate, 0.2M NaCl, 0.1M Ammonium Trifluoroacetate, 1mM ATP, 2mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.43 Å / Num. obs: 27082 / % possible obs: 68.7 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 77.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.452→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1369 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.543 / % possible all: 21.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.19rc6_4061精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXD位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→45.43 Å / SU ML: 0.4148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 36.6228
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The refinement was performed against F(+) and F(-). The number "Unique reflections" given above refers to the "NON-ANOMALOUS" reflections (27081 reflections). However, separating the ...詳細: The refinement was performed against F(+) and F(-). The number "Unique reflections" given above refers to the "NON-ANOMALOUS" reflections (27081 reflections). However, separating the reflections on F(+) and F(-), the Phenix program gives a number of 52123 reflections for the refinement. The statistics (number of reflections) in resolution shells also refers to F(+) and F(-). Attention, these are very strong anisotropic data, so that the spherical completeness is relatively low.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 1385 5.12 %
Rwork0.2259 49455 -
obs0.2279 27081 68.66 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5680 0 124 0 5804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00785903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17188007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6512259
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.55550295225 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.540.6683860.62941161X-RAY DIFFRACTION16.47
2.54-2.640.52531520.48812381X-RAY DIFFRACTION33.33
2.64-2.760.43051640.36413062X-RAY DIFFRACTION42.51
2.76-2.910.362520.33193912X-RAY DIFFRACTION55.05
2.91-3.090.33882440.32244857X-RAY DIFFRACTION67.1
3.09-3.330.32372920.30985664X-RAY DIFFRACTION78.88
3.33-3.660.29254240.25346693X-RAY DIFFRACTION93.68
3.66-4.190.2733480.21917245X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.20643230.1827266X-RAY DIFFRACTION100
5.28-45.430.23363830.19167214X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.13020882324-1.21191673757-0.4481682572254.874185285772.686756315853.894077947180.1652602921480.01442347397550.653494377406-0.383053449050.46396040088-0.404681880208-0.5872013636470.855613954088-0.5132044578470.326501969832-0.1937018732630.1654667182860.460951274221-0.1120167511330.37229425301330.2945774447.8225628959711.840084178
29.22998367493-1.23692852748-1.26660165615-0.9552019736760.4135169854610.295746836627-0.094280849807-0.6152049482420.366082598615-0.0248615682376-0.403306553670.424548974214-0.000150809346064-0.950986828790.4419930751630.402685311148-0.01887034985980.007553819264781.44484289149-0.2305772778971.1385711216884.7446279156-4.5306172954814.0202499072
33.594679341131.294138837011.075657571081.17703539119-0.0508978501691.604959883490.418326578503-1.67038053461-0.5315598497010.365601934549-0.4686431174440.6151911342250.447815358572-1.25756746510.06134357904170.705621818674-0.2139287791010.1977657115741.85477390119-0.07420379774451.4444317991977.1473356701-15.324616563215.4729298247
42.006501818211.99858189604-1.134133260642.000620590783.940350469445.39277937349-0.306153767263-0.771192526792-0.9927211196930.3962643731470.1401406076372.321470607160.501072512732-1.381040927430.07792284001530.742931657286-0.4483949514140.07093857105941.92690916249-0.305273309181.3278836183676.0411790396-18.4259564086.79507861695
52.83185319709-2.104050446623.411025817552.08422656392-2.624285638184.147235802370.760534210809-0.7589399599331.84203530330.723952062785-0.543004755962-0.296158182875-0.4347522899090.665675416909-0.04586345149010.565964396639-0.3181581492860.2627027414680.844629836715-0.3008045629340.7764291741134.437185779213.314474255112.0602976062
63.400742787940.2671362181241.782937983945.733016375012.498567384637.160260599480.343010550880.249728091652-0.696530375066-0.2618757325480.23031714243-0.4430388711430.3211740444921.50012587731-0.4518759086130.1960741332310.02184900017660.08289037447910.611489236959-0.1290877589420.4565734419729.2381752979-10.91672129072.07810374434
79.179756463342.203367381141.19815930194-0.8822525887370.3940476027961.064400752180.0867773550490.02653040924690.5453115189010.226648402814-0.5075801297920.3474541829530.17045066572-0.9453494997940.3464127797270.431121219622-0.1113975548520.1518391176771.32070450609-0.1530203125181.4109407435784.4071788112-0.3569034444943.71011525648
84.8983228127-1.193309193490.01341883165791.019401706380.1780329045941.689968492790.2373537074551.442079912910.402877098688-0.248920632985-0.6092487166430.413593676493-0.230627642466-1.034654096680.340466532610.5715785724040.0193588535597-0.02960230636581.4252691404-0.1381795047460.86255417926179.87962309082.521314689870.576572746023
98.373144240860.735729439652.789001289978.5055401389-2.493762901335.83467016124-1.025532693030.08907250821591.73206887919-0.3656523132160.621921357298-0.854411461824-1.119027776360.2191675769450.3602949343870.963601851413-0.0164036445928-0.03940492935951.19697444371-0.230776317491.5615484879172.001023229616.87111143813.47483357215
107.78833597049-9.93805627405-0.5027735255581.9998078988-1.317737743982.00963380180.2786787532491.195420401830.6591149112880.04871539983921.655229654281.17172518466-0.0517804193394-1.42639864743-1.716414186040.8477486127790.440363678564-0.3172079579341.70823749974-0.3540506162891.5481626222974.063758383712.147913387610.9378599025
116.59658516465-3.571846483872.430832526724.68249984785-1.715449754074.85720220156-0.0852618301683-0.0653524474972-1.08190663903-0.6014588512310.745841746235-1.434317242270.7165718938891.31076512015-0.288249878250.4115153974790.2108702730390.08893266193031.20907800238-0.3032369228690.68757896405532.8422363961-16.99561846291.97112865934
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 119 )AA0 - 1191 - 120
22chain 'A' and (resid 120 through 175 )AA120 - 175121 - 176
33chain 'A' and (resid 176 through 363 )AA176 - 363177 - 364
44chain 'A' and (resid 401 through 401 )AB401
55chain 'A' and (resid 402 through 402 )AC402
66chain 'B' and (resid -2 through 119 )BD-2 - 1191 - 122
77chain 'B' and (resid 120 through 175 )BD120 - 175123 - 178
88chain 'B' and (resid 176 through 274 )BD176 - 274179 - 277
99chain 'B' and (resid 275 through 365 )BD275 - 365278 - 368
1010chain 'B' and (resid 401 through 401 )BE401
1111chain 'B' and (resid 402 through 402 )BF402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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