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万見
- PDB-8a6m: Phosphatidylserine-dependent synaptic vesicle membrane sculpting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a6m
タイトルPhosphatidylserine-dependent synaptic vesicle membrane sculpting by synaptogyrin
要素Isoform 1B of Synaptogyrin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Tetraspan vesicle membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle membrane organization / regulated exocytosis / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / azurophil granule membrane / protein targeting / cellular response to leukemia inhibitory factor / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / synaptic vesicle membrane / melanosome ...synaptic vesicle membrane organization / regulated exocytosis / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / azurophil granule membrane / protein targeting / cellular response to leukemia inhibitory factor / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / synaptic vesicle membrane / melanosome / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptogyrin / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Yu, T.K. / Eastep, G.N. / Flores, D. / Zweckstetter, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)105286809 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Phosphatidylserine-dependent structure of synaptogyrin remodels the synaptic vesicle membrane.
著者: Yu, T. / Flores-Solis, D. / Eastep, G.N. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
履歴
登録2022年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1B of Synaptogyrin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3561
ポリマ－23,3561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 470structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Isoform 1B of Synaptogyrin-1


分子量: 23356.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNGR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43759

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N HSQC
125anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
133anisotropic13D HNCO
143anisotropic13D HN(CA)CO
153anisotropic13D HNCA
163anisotropic13D HN(CO)CA
173anisotropic13D HN(CA)CB
183anisotropic13D HNCB
2104anisotropic23D 1H-15N NOESY
295anisotropic23D 1H-13C NOESY
2116anisotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
micelle10.8 mM [U-15N] Synaptogyrin 1b, 90% H2O/10% D2O20mM potassium phosphate, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.1% UDM1H,15N_sample90% H2O/10% D2O
micelle30.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Synaptogyrin 1b, 90% H2O/10% D2O20mM potassium phosphate, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.1% UDM1H,13C,15N_sample90% H2O/10% D2O
micelle40.8 mM [U-15N; U-2H] Synaptogyrin 1b, 100% D2O20mM potassium phosphate, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.03% d25-DDM1H,15N_sample100% D2O
micelle50.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Synaptogyrin 1b, 100% D2O20mM potassium phosphate, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.03% d25-DDM13C,15N_sample100% D2O
micelle60.8 mM [U-15N] Synaptogyrin 1b, 100% D2O20mM potassium phosphate, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.03% d25-DDM15N_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMSynaptogyrin 1b[U-15N]1
0.8 mMSynaptogyrin 1b[U-13C; U-15N; U-2H]3
0.8 mMSynaptogyrin 1b[U-15N; U-2H]4
0.8 mMSynaptogyrin 1b[U-100% 13C; U-100% 15N]5
0.8 mMSynaptogyrin 1b[U-15N]6
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mMUDM micelle8.5 ambient Pa313 K
220 mMd25-DDM micelle8.5 ambient Pa313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 470 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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