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万見
- PDB-8a5u: Crystal structure of the beta3 subunit extracellular domain of ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5u
タイトルCrystal structure of the beta3 subunit extracellular domain of nicotinic acetylcholine receptor
要素Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta3 nicotinic acetylcholine receptor / pentameric receptors / ligand gated ion channels
機能・相同性
機能・相同性情報


Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / dopaminergic synapse / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine binding / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / membrane depolarization ...Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / dopaminergic synapse / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / acetylcholine binding / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / membrane depolarization / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to nicotine / transmembrane signaling receptor activity / presynapse / channel activity / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Giastas, P. / Zouridakis, M.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)677 ギリシャ
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into the Role of beta 3 nAChR Subunit in the Activation of Nicotinic Receptors.
著者: Giastas, P. / Papakyriakou, A. / Tsafaras, G. / Tzartos, S.J. / Zouridakis, M.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6755
ポリマ－26,0071
非ポリマー6684
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.998, 66.772, 73.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-3


分子量: 26007.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNB3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q05901
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% w/v PEG 6000, 100 mM Bicine pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.45 Å / Num. obs: 10319 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 50.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 16.33
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique obs: 1020 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 99.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4uxu

4uxu


解像度: 2.4→49.45 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 458 4.44 %
Rwork0.211 9850 -
obs0.2137 10308 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.67 Å2 / Biso mean: 63.4374 Å2 / Biso min: 31.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 61 49 1758
Biso mean--76.81 56.09 -
残基数----201
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.750.33011440.265532113355
2.75-3.460.28221640.245832333397
3.46-49.450.27091500.187734063556
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9521-0.1413-0.11052.46171.5551.7879-0.1098-0.2185-0.1003-0.1213-0.01970.29240.14350.0271-0.0150.27210.04780.00190.41280.03910.408512.6624-0.391822.2755
20.59390.5978-0.34270.5890.04540.5883-0.1973-0.22770.0895-0.3562-0.13750.14690.0728-0.1222-0.00120.37540.0914-0.10610.4215-0.08270.42710.37324.587116.8999
31.2460.45720.91872.7636-0.36890.7712-0.07620.08490.2387-0.4508-0.07210.1349-0.59830.3023-0.00040.50320.0259-0.03140.3071-0.01290.328114.875520.048913.6033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 93 )B1 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 94 through 128 )B94 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 129 through 207 )B129 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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