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- PDB-8a5r: Crystal structure of light-activated DNA-binding protein EL222 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5r
タイトルCrystal structure of light-activated DNA-binding protein EL222 from Erythrobacter litoralis crystallized and measured in dark.
要素Light-activated DNA-binding protein EL222
キーワードTRANSCRIPTION / Light-activated transcription factor / DNA binding protein / LOV domain
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Light-activated DNA-binding protein EL222
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter litoralis HTCC2594 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Koval, T. / Chaudhari, A. / Fuertes, G. / Andersson, I. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, European Union, 3件
組織認可番号国
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EL222 from Erythrobacter litoralis.
著者: Chaudhari, A. / Koval, T. / Andersson, I. / Dohnalek, J. / Fuertes, G.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Light-activated DNA-binding protein EL222
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9817
ポリマ－23,2101
非ポリマー7716
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.810, 51.961, 81.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Light-activated DNA-binding protein EL222 / EL222 / LOV-HTH DNA-binding protein


分子量: 23210.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Oxidation of His101 to 2-oxo-histidine
由来: (組換発現) Erythrobacter litoralis HTCC2594 (バクテリア)
株: HTCC2594 / 遺伝子: ELI_04755 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2NB98

-
非ポリマー , 5種, 257分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 21% (w/v) PEG 8000, 0.22 M MgCl2, 0.11 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2 70 kV / 波長: 1.3418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日 / 詳細: HELIOS optics for MetalJet
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30.975 Å / Num. obs: 15648 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 680 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.567 / Χ2: 1.59 / % possible all: 69.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUMデータ収集
PROTEUMデータ削減
SADABSデータスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P7N

3p7n


解像度: 1.85→30.975 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21528 800 5.1 %Random selection
Rwork0.15986 15608 --
all0.161 ---
obs0.1607 15608 95.316 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.041 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.524 Å20 Å2
3---0.482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1602 0 47 251 1900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0330.0171750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.6492451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2891.5814050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8145237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.94921.93998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55715323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6861517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.220.21606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1650.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2220.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6761.648865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6761.647864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5282.461089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5272.461090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3791.986921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3761.981919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7412.8631348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.742.8651349
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.77920.6172117
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.69820.1652071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.8980.262566.90.26975169.2704
1.898-1.950.327525.20.23595086.9792
1.95-2.0060.2744240.202100491.3537
2.006-2.0680.257464.50.19498093.4426
2.068-2.1360.261464.60.1895195.4981
2.136-2.210.268555.40.16596497.9808
2.21-2.2940.165484.90.15193899.2951
2.294-2.3870.215515.30.148903100
2.387-2.4930.178434.60.145882100
2.493-2.6140.199485.40.15284999.8886
2.614-2.7550.18414.80.156805100
2.755-2.9210.182415.10.146759100
2.921-3.1220.255364.80.153716100
3.122-3.3710.184486.70.15466499.8597
3.371-3.690.204345.20.126619100
3.69-4.1220.154345.80.11955599.6616
4.122-4.7530.203315.70.12751299.8162
4.753-5.8040.233224.80.178440100
5.804-8.1360.273174.60.201352100
8.136-30.9750.291940.19921496.5368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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