PDB-8a5n: X-ray structure of human H-chain ferritin treated with SDS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a5n

タイトル

X-ray structure of human H-chain ferritin treated with SDS

要素

Ferritin heavy chain

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ferritin / nanocage / disassembly / reassembly / sodium dodecyl sulphate

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: A new and efficient procedure to load bioactive molecules within the human heavy-chain ferritin nanocage.
著者: Lucignano, R. / Stanzione, I. / Ferraro, G. / Di Girolamo, R. / Cane, C. / Di Somma, A. / Duilio, A. / Merlino, A. / Picone, D.

履歴

登録	2022年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a5n.cif.gz	69.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a5n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a5n_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a5n_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	8a5n_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8a5n_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a2lC 8a2mC 5n27S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (14) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
525 kDa, 24 ポリマー

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.920, 183.920, 183.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-211- CL
2	1	AAA-213- MG
3	1	AAA-214- MG
4	1	AAA-222- MG
5	1	AAA-334- HOH
6	1	AAA-583- HOH
7	1	AAA-629- HOH
8	1	AAA-636- HOH
9	1	AAA-643- HOH
10	1	AAA-645- HOH
11	1	AAA-655- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21124.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 377分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.0 M magnesium chloride 0.1 M bicine buffer pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→106.18 Å / Num. obs: 41266 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 41.2
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2030 / CC_1/2: 0.859 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N27

5n27

解像度: 1.52→106.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.091 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	2056	4.982 %
R_work	0.1513	39210	-
all	0.153	-	-
obs	-	41266	99.489 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.741 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→106.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	27	355	1806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.639	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.607	1.592	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.563	5	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.741	23.98	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.037	15	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.723	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.244	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.059	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.47	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.282	1.989	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.25	1.982	748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.461	2.966	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.445	2.964	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.59	2.322	828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.588	2.324	829
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.448	3.352	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.446	3.354	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.141	27.337	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.75	25.624	1919

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.559	0.227	153	0.216	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.8994
1.559-1.602	0.239	159	0.206	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.864
1.602-1.649	0.208	152	0.186	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.7194
1.649-1.699	0.208	138	0.192	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.8559
1.699-1.755	0.201	130	0.182	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.7765
1.755-1.817	0.206	114	0.176	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.7717
1.817-1.885	0.174	123	0.161	2355	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.885-1.962	0.186	106	0.156	2308	X-RAY DIFFRACTION	99.1376
1.962-2.049	0.175	129	0.146	2186	X-RAY DIFFRACTION	99.0586
2.049-2.149	0.189	93	0.14	2114	X-RAY DIFFRACTION	98.6148
2.149-2.266	0.172	104	0.131	2008	X-RAY DIFFRACTION	99.0155
2.266-2.403	0.171	101	0.131	1925	X-RAY DIFFRACTION	98.8293
2.403-2.569	0.159	101	0.132	1781	X-RAY DIFFRACTION	99.0005
2.569-2.774	0.158	88	0.139	1697	X-RAY DIFFRACTION	99.3322
2.774-3.039	0.163	77	0.143	1569	X-RAY DIFFRACTION	99.7576
3.039-3.397	0.164	83	0.13	1439	X-RAY DIFFRACTION	99.8033
3.397-3.922	0.165	55	0.135	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.922-4.802	0.176	63	0.116	1108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.802-6.784	0.204	50	0.196	883	X-RAY DIFFRACTION	100

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