PDB-8a5m: TRIM7 PRYSPRY in complex with a MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a5m

タイトル

TRIM7 PRYSPRY in complex with a MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

要素

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

キーワード

PROTEIN BINDING / E3 ligase / PRYSPRY / TRIM

機能・相同性

機能・相同性情報

antiviral innate immune response / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / innate immune response / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.918 Å

データ登録者

Luptak, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: TRIM7 Restricts Coxsackievirus and Norovirus Infection by Detecting the C-Terminal Glutamine Generated by 3C Protease Processing.
著者: Luptak, J. / Mallery, D.L. / Jahun, A.S. / Albecka, A. / Clift, D. / Ather, O. / Slodkowicz, G. / Goodfellow, I. / James, L.C.

履歴

登録	2022年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a5m.cif.gz	148.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a5m.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a5m_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a5m_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	8a5m_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8a5m_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a5lC 8a8xC 7ow2S 7ovx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

C: MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

E: MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

ヘテロ分子

42.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

C: MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
21.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

E: MNV1-NS6 peptide LEALEFQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.919, 112.972, 53.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.928, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7 / Glycogenin-interacting protein / RING finger protein 90 / Tripartite motif-containing protein 7 分子量: 20335.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM7, GNIP, RNF90 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9C029, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	MNV1-NS6 peptide LEALEFQ 分子量: 848.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 % / 解説: small rods
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1 M Sodium Potassium Phosphate pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.918→112.97 Å / Num. obs: 10246 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.92→3.1 Å / Num. unique obs: 524 / CC_1/2: 0.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	dials	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OW2

7ow2

解像度: 2.918→56.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 23.235 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.443 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	524	5.125 %
R_work	0.1931	9700	-
all	0.197	-	-
obs	-	10224	99.873 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.013 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.679 Å²	-0 Å²	-2.008 Å²
2-	-	1.848 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.491 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.918→56.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2809	0	15	24	2848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	1.644	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	1.576	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.98	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.156	19.885	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.318	15	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.859	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.055	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.661	5.504	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.661	5.504	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.992	8.242	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.991	8.242	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.127	6.04	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.077	6.014	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.571	8.88	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.547	8.843	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.702	62.115	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.701	62.118	3028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.918-2.994	0.357	43	0.31	675	X-RAY DIFFRACTION	99.1713
2.994-3.076	0.336	37	0.308	694	X-RAY DIFFRACTION	99.5913
3.076-3.165	0.376	39	0.293	689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.165-3.262	0.264	34	0.269	644	X-RAY DIFFRACTION	99.8527
3.262-3.369	0.298	39	0.24	649	X-RAY DIFFRACTION	99.8549
3.369-3.488	0.305	32	0.219	620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.488-3.619	0.224	20	0.189	599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.619-3.767	0.297	36	0.219	593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.767-3.934	0.333	24	0.2	532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.934-4.126	0.33	26	0.193	546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.126-4.349	0.216	29	0.171	499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.349-4.612	0.291	24	0.135	480	X-RAY DIFFRACTION	99.802
4.612-4.93	0.146	18	0.129	453	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-5.324	0.246	23	0.124	416	X-RAY DIFFRACTION	100
5.324-5.831	0.216	24	0.156	382	X-RAY DIFFRACTION	100
5.831-6.517	0.301	24	0.16	334	X-RAY DIFFRACTION	99.7215
6.517-7.521	0.327	13	0.182	320	X-RAY DIFFRACTION	100
7.521-9.201	0.259	18	0.162	252	X-RAY DIFFRACTION	100
9.201-12.969	0.19	17	0.135	204	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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