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- PDB-8a5k: Structural analysis of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5k
タイトルStructural analysis of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae reveals conformational changes upon cofactor binding
要素1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyxylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hamid, R. / Hirsch, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae reveals conformational changes upon cofactor binding.
著者: Hamid, R. / Adam, S. / Lacour, A. / Monjas, L. / Kohnke, J. / Hirsch, A.K.H.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
C: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
D: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
E: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
F: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,45127
ポリマ－403,3406
非ポリマー3,11021
水27,5091527
1
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
F: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,54611
ポリマ－134,4472
非ポリマー1,1009
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area35140 Å2
手法PISA
2
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
E: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3867
ポリマ－134,4472
非ポリマー9395
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10140 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area35460 Å2
手法PISA
3
C: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子

D: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5189
ポリマ－134,4472
非ポリマー1,0717
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area10050 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area35470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.819, 137.065, 231.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS


分子量: 67223.375 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌)
株: LESB58 / 遺伝子: dxs, PLES_09321 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B7V7R4, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 1548分子

#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES, 12% PEG-8000 and 200 mM calcium acetate
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.92 Å / Num. obs: 194080 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 8.58
反射 シェル解像度: 2.37→2.455 Å / Rmerge(I) obs: 1.477 / Num. unique obs: 14427

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ouv

6ouv


解像度: 2.3→46.92 Å / SU ML: 0.2689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 8408 5.12 %
Rwork0.1826 155672 -
obs0.1855 164080 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25645 0 176 1527 27348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008126320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.947335705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05033986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00884682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.22273695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.29612630.23095149X-RAY DIFFRACTION99.8
2.33-2.350.283030.21585104X-RAY DIFFRACTION99.83
2.35-2.380.30682730.21475212X-RAY DIFFRACTION99.87
2.38-2.410.26692650.20925117X-RAY DIFFRACTION99.72
2.41-2.440.28712620.20665197X-RAY DIFFRACTION99.25
2.44-2.480.28252580.20465112X-RAY DIFFRACTION99.54
2.48-2.510.2673140.20085126X-RAY DIFFRACTION99.83
2.51-2.550.28592390.22025195X-RAY DIFFRACTION99.58
2.55-2.590.31642970.21375113X-RAY DIFFRACTION98.9
2.59-2.630.28322860.20235147X-RAY DIFFRACTION99.74
2.63-2.680.26282910.19775142X-RAY DIFFRACTION99.67
2.68-2.730.26422870.18895190X-RAY DIFFRACTION99.71
2.73-2.780.25562610.18395179X-RAY DIFFRACTION99.73
2.78-2.840.26353120.195108X-RAY DIFFRACTION99.65
2.84-2.90.26313070.19495138X-RAY DIFFRACTION99.63
2.9-2.970.2752530.19055235X-RAY DIFFRACTION99.87
2.97-3.040.26882990.19475160X-RAY DIFFRACTION99.91
3.04-3.120.26163040.19285174X-RAY DIFFRACTION99.85
3.12-3.210.24392780.1895191X-RAY DIFFRACTION99.91
3.21-3.320.23392840.18045181X-RAY DIFFRACTION99.87
3.32-3.440.2362420.17825249X-RAY DIFFRACTION99.67
3.44-3.570.22352650.1725165X-RAY DIFFRACTION98.57
3.57-3.740.19782650.17175192X-RAY DIFFRACTION99
3.74-3.930.20272560.16365242X-RAY DIFFRACTION99.48
3.93-4.180.20712970.15175235X-RAY DIFFRACTION99.91
4.18-4.50.19722600.14925272X-RAY DIFFRACTION99.86
4.5-4.950.19862970.15355222X-RAY DIFFRACTION99.73
4.95-5.670.22333120.17045274X-RAY DIFFRACTION99.63
5.67-7.140.24832940.19445268X-RAY DIFFRACTION98.34
7.14-46.920.18762840.19135383X-RAY DIFFRACTION96.64
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.5751888698 Å / Origin y: 9.7795998752 Å / Origin z: 92.7462340298 Å
111213212223313233
T0.15280518336 Å20.00611148860002 Å2-0.00895934202254 Å2-0.147614602069 Å2-0.0200016878319 Å2--0.148376880012 Å2
L0.0296640893831 °20.00290202444025 °20.0180248847548 °2--0.00290165755717 °20.0129297605507 °2---0.00892706695573 °2
S0.0118738087613 Å °0.0180029921826 Å °-0.0236753033091 Å °-0.0022566342571 Å °-0.00156561226096 Å °0.00315257836719 Å °-0.00125748825066 Å °0.00610576194878 Å °3.81431643539E-7 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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