PDB-8a56: Coenzyme A-persulfide reductase (CoAPR) from Enterococcus faecalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a56

タイトル

Coenzyme A-persulfide reductase (CoAPR) from Enterococcus faecalis

要素

Coenzyme A-persulfide reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Hydrogen sulfide / coenzyme A / persulfide reductase

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IODIDE ION / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Costa, S.S. / Walsh, B.J. / Giedroc, D.P. / Brito, J.A.

資金援助

ポルトガル,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	UIDB/04612/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	UIDP/04612/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	LA/P/0087/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	Article 23 of Decree-Law No. 57/2017 of August 29	ポルトガル
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	GM097225	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	GM118157	米国

引用

ジャーナル: Antioxidants / 年: 2022
タイトル: Metabolic and Structural Insights into Hydrogen Sulfide Mis-Regulation in Enterococcus faecalis.
著者: Walsh, B.J.C. / Costa, S.S. / Edmonds, K.A. / Trinidad, J.C. / Issoglio, F.M. / Brito, J.A. / Giedroc, D.P.

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a56.cif.gz	731.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a56.ent.gz	507.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a56_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a56_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8a56_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	8a56_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3icsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coenzyme A-persulfide reductase

B: Coenzyme A-persulfide reductase

ヘテロ分子

128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.797, 194.809, 91.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-823- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Coenzyme A-persulfide reductase 分子量: 61950.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 258分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PAP / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′-りん酸5′-二りん酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 % (V/V) PEG 3350 0.1 M Bis.Tris Propane pH 7.5 0.2 M NaI

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→48.25 Å / Num. obs: 54207 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.57 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2710 / CC_1/2: 0.649 / R_pim(I) all: 0.457 / R_rim(I) all: 0.942 / % possible all: 65.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.0.5 (20201211)	data processing
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
STARANISO	2.3.54	データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PHENIX	1.20rc4_4425	精密化
Coot	0.9.8	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ICS

3ics

解像度: 2.05→48.25 Å / SU ML: 0.2348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.4566
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2338	2673	4.93 %
R_work	0.1862	51515	-
obs	0.1886	54188	68.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8165	0	194	244	8603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	8512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5248	11581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0457	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4082	3229

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.2711	2	0.2916	53	X-RAY DIFFRACTION	1.34
2.08-2.12	0.37	11	0.277	251	X-RAY DIFFRACTION	6.44
2.12-2.17	0.364	27	0.257	528	X-RAY DIFFRACTION	13.78
2.17-2.21	0.3569	46	0.2532	802	X-RAY DIFFRACTION	20.46
2.21-2.26	0.3152	56	0.2483	1109	X-RAY DIFFRACTION	28.39
2.26-2.32	0.2899	60	0.255	1501	X-RAY DIFFRACTION	37.9
2.32-2.38	0.3308	102	0.2477	2003	X-RAY DIFFRACTION	51.3
2.38-2.45	0.2863	121	0.2528	2691	X-RAY DIFFRACTION	68.02
2.45-2.53	0.2862	181	0.248	3252	X-RAY DIFFRACTION	83.41
2.53-2.62	0.3346	196	0.2415	3730	X-RAY DIFFRACTION	95.18
2.62-2.73	0.3082	190	0.238	3954	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.73-2.85	0.2584	237	0.2323	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.85-3	0.2782	199	0.2214	3913	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3-3.19	0.2805	182	0.2048	3946	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.19-3.44	0.2699	194	0.1914	3953	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.44-3.78	0.2066	213	0.159	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.78-4.33	0.1722	219	0.1367	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.33-5.45	0.1805	231	0.1347	3988	X-RAY DIFFRACTION	99.39
5.46-48.25	0.1998	206	0.1751	4036	X-RAY DIFFRACTION	96.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.719115549306	-0.34309947333	0.236994450274	0.928060898512	-0.280187571322	0.702372080273	0.00529261536362	0.144610681365	-0.0708472751304	-0.110227775472	-0.05308906556	0.0990899746022	0.0750259170974	-0.134387132318	0.0319067221285	0.178084101623	-0.0217832741604	0.0246951195647	0.229472083947	-0.0341494637298	0.155031326368	17.313280167	44.3358467201	59.1068753014
2	0.416148275917	0.109919776064	0.0420394767444	1.07459181525	0.0120096451451	0.0518285833322	-0.0538311906939	0.0104116323089	0.0498465535946	0.0710492346648	0.0254682638015	0.137450761931	-0.017126097803	-0.0302711088897	0.0556858994661	0.185234544674	-0.00588442204842	0.0399351491006	0.187298717347	0.000298275122936	0.152546295077	23.3871190741	63.1854939368	73.3604825406
3	2.12176029287	0.257524656956	0.794873225672	0.466210386905	-0.0910243350784	1.29683989309	-0.201917305287	0.410427079764	0.499909367322	-0.332088957622	0.0952615490719	0.258781346643	-0.0636513737034	0.139904491814	0.103235491342	0.325098798236	-0.00867681278792	-0.0737031640839	0.300736737424	0.0529131032696	0.514537854946	14.9396505592	93.381054094	66.565489434
4	0.615766200834	0.521393324155	0.177410358135	1.13199982769	-0.00776905390069	0.0870021844188	0.0502813946803	0.175979072272	0.141774769077	-0.143877875558	-0.071112419565	0.18044940899	-0.059347360328	-0.164779828986	-0.0261474820075	0.197828757191	0.0245077120331	-0.0224526254359	0.202389794358	-0.0105347188602	0.250671536676	40.111720348	94.5833610016	68.4725150473
5	0.905951150604	-0.305186582206	-0.547574641262	0.69624665541	0.123110460827	0.574668376805	-0.0339608907521	0.309314149648	0.116122882177	-0.310462077583	-0.0735909317827	0.342287379923	-0.028846382141	-0.154348227992	0.0432229874498	0.310402656473	0.0382534971114	-0.0249314055551	0.234345592311	0.0471902034626	0.34185994136	40.851125786	96.8299726194	61.9220676593
6	1.2456216321	0.275303976896	-0.388593065371	1.11972309661	-0.0794378325841	0.915626578013	-0.0068224546611	-0.0869902516457	0.199553474708	0.0773864796912	0.104912239799	-0.0422950696646	-0.235794185629	0.181170486159	-0.0909192496854	0.240425815476	-0.00357255169547	-0.0359680312134	0.243609434073	-0.0130020317458	0.216304289183	53.8287000238	100.179951388	72.7994669068
7	1.50043294025	0.115801196658	0.220285001167	2.26546723715	0.238077390554	1.12898757715	-0.00753003621381	0.129773366656	0.0857799315775	-0.191565587734	0.0379204120061	0.0829329147102	-0.206870286909	-0.240824229268	-0.0175530591699	0.29358038733	0.0304121227158	-0.0102044261709	0.244674092642	0.0262346261185	0.145579164276	57.2481836805	83.4080696818	52.140924537
8	1.02859767363	0.573214254042	-0.450606607075	2.31992569666	-0.793795175071	1.02681238584	-0.0356772073284	0.0627349368889	-0.188330998156	-0.0144020665018	-0.0945571943018	-0.176385513856	0.013408149492	0.0649604515284	0.0333729460514	0.271428396104	0.0074893774314	0.0273638831995	0.217737360525	0.013631025422	0.220662833522	59.8446046874	68.1232088309	57.2569001555
9	3.4674164341	-0.355058162838	-0.283564100544	1.83873747678	0.684475899929	1.62719884456	0.0686866514519	0.154179199774	-0.155035158922	-0.131320052421	0.0129727418294	-0.257987854821	-0.166635921638	0.168092339796	-0.00666559687557	0.25104672264	-0.0386582339266	0.0310550774152	0.257090553337	0.00597952573727	0.239282751869	70.580491925	80.528191816	54.3177734288
10	0.586311636516	0.0540085850443	0.120080307657	1.64032231654	0.633272321749	0.646770344396	-0.0502771938434	-0.115181002432	0.0180632622097	0.10018413648	0.0894603615174	0.0127582614477	0.0435788925037	0.0191446310288	-0.0055163318197	0.188862005807	0.0155731861891	-0.00631212752876	0.203167057291	-0.00532797589558	0.143891605278	47.0509222596	84.3431520058	78.7825292102
11	1.28441622062	0.189900103072	-0.271980883609	1.21567494109	-0.0416241902185	0.507443221507	-0.0846868807714	0.0125602468118	-0.114143330236	0.00946545275096	0.029503659139	-0.0352782790304	0.0791730586406	0.0313070139395	0.0734193068341	0.19578917926	-0.00812878214795	0.0121677763528	0.158144242683	0.0291434074729	0.146056389397	42.9120457034	57.5062712878	70.9211060435
12	1.80552112444	0.881579439868	-0.530458151841	2.47808501487	-0.146632654461	0.743531905155	-0.319354672691	0.266985533671	-0.628958213545	-0.455873619069	0.167334065543	-0.427973739116	0.147735106544	0.0284863582196	0.124621984883	0.308427555068	0.018445930746	0.116001087012	0.263150640247	-0.01233441645	0.418358614938	57.6830615049	37.2742498785	66.298910515
13	2.45722730033	1.95949688552	-1.00369514546	2.73038569402	-0.477984122682	0.601264332636	-0.148320302995	0.165698459883	-0.231942715496	-0.231793075829	0.0536003734917	-0.497790331264	-0.0205035691222	-0.16030602475	0.132833305474	0.297358206624	0.0359408554212	0.0513912971487	0.240556557594	0.0724238265717	0.29664072351	53.0903170664	43.028913302	68.0962808193
14	0.099985487276	0.258633734538	-0.026592490543	0.917705764618	-0.329278338889	0.286639851694	-0.0219692606137	0.011161658388	0.0217777533886	-0.0139867919864	-0.00373533072152	-0.0292076586349	-0.0537749249069	0.0206535290583	0.00134995012819	0.938080871814	0.194207582458	-0.0242042962446	1.16127062945	-0.090283216551	1.06072828048	67.7504018271	51.2995794779	59.6732726701

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 240 )	A	A	1 - 240	1 - 240
2	2	chain 'A' and (resid 241 through 462 )	A	A	241 - 462	241 - 462
3	3	chain 'A' and (resid 463 through 543 )	A	A	463 - 543	463 - 538
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 48 )	B	I	1 - 48	1 - 48
5	5	chain 'B' and (resid 49 through 84 )	B	I	49 - 84	49 - 84
6	6	chain 'B' and (resid 85 through 124 )	B	I	85 - 124	85 - 124
7	7	chain 'B' and (resid 125 through 169 )	B	I	125 - 169	125 - 169
8	8	chain 'B' and (resid 170 through 211 )	B	I	170 - 211	170 - 211
9	9	chain 'B' and (resid 212 through 240 )	B	I	212 - 240	212 - 240
10	10	chain 'B' and (resid 241 through 331 )	B	I	241 - 331	241 - 331
11	11	chain 'B' and (resid 332 through 452 )	B	I	332 - 452	332 - 452
12	12	chain 'B' and (resid 453 through 510 )	B	I	453 - 510	453 - 504
13	13	chain 'B' and (resid 511 through 543 )	B	I	511 - 543	505 - 537
14	14	chain 'B' and (resid 544 through 545 )	B	I	544 - 545	538 - 539

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 258分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 258分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 258分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)