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- PDB-8a53: Crystal structure of AtMCA-IIf C147A (metacaspase 9) from Arabido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a53
タイトルCrystal structure of AtMCA-IIf C147A (metacaspase 9) from Arabidopsis thaliana
要素Metacaspase-9
キーワードHYDROLASE / Metacaspase / Cysteine protease / Caspase-hemoglobinase fold / Plant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


apoplast / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Metacaspase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sabljic, I. / Stael, S. / Stahlberg, J. / Bozhkov, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0026 スウェーデン
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure-function study of a Ca 2+ -independent metacaspase involved in lateral root emergence.
著者: Stael, S. / Sabljic, I. / Audenaert, D. / Andersson, T. / Tsiatsiani, L. / Kumpf, R.P. / Vidal-Albalat, A. / Lindgren, C. / Vercammen, D. / Jacques, S. / Nguyen, L. / Njo, M. / Fernandez- ...著者: Stael, S. / Sabljic, I. / Audenaert, D. / Andersson, T. / Tsiatsiani, L. / Kumpf, R.P. / Vidal-Albalat, A. / Lindgren, C. / Vercammen, D. / Jacques, S. / Nguyen, L. / Njo, M. / Fernandez-Fernandez, A.D. / Beunens, T. / Timmerman, E. / Gevaert, K. / Van Montagu, M. / Stahlberg, J. / Bozhkov, P.V. / Linusson, A. / Beeckman, T. / Van Breusegem, F.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metacaspase-9
B: Metacaspase-9
C: Metacaspase-9
D: Metacaspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6887
ポリマ－153,5024
非ポリマー1863
水7,494416
1
A: Metacaspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4382
ポリマ－38,3761
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metacaspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5003
ポリマ－38,3761
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Metacaspase-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3761
ポリマ－38,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Metacaspase-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3761
ポリマ－38,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.231, 88.143, 82.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...
21(chain B and (resid 7 through 20 or resid 22...
31(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...
41(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPROPRO(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...AA7 - 2030 - 43
12THRTHRGLNGLN(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...AA22 - 4845 - 71
13ASPASPASPASP(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...AA4972
14VALVALPROPRO(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...AA7 - 32530 - 348
15VALVALPROPRO(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...AA7 - 32530 - 348
16VALVALPROPRO(chain A and (resid 7 through 20 or resid 22...AA7 - 32530 - 348
21VALVALPROPRO(chain B and (resid 7 through 20 or resid 22...BB7 - 2030 - 43
22THRTHRGLNGLN(chain B and (resid 7 through 20 or resid 22...BB22 - 4845 - 71
23ASPASPASPASP(chain B and (resid 7 through 20 or resid 22...BB4972
24VALVALPROPRO(chain B and (resid 7 through 20 or resid 22...BB7 - 32530 - 348
25ASPASPASPASP(chain B and (resid 7 through 20 or resid 22...BB5073
31VALVALPROPRO(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC7 - 2030 - 43
32THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC2245
33ARGARGARGARG(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC2346
34VALVALPROPRO(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC7 - 32530 - 348
35VALVALPROPRO(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC7 - 32530 - 348
36VALVALPROPRO(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC7 - 32530 - 348
37VALVALPROPRO(chain C and (resid 7 through 20 or resid 22...CC7 - 32530 - 348
41VALVALPROPRO(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD7 - 2030 - 43
42THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD22 - 3745 - 60
43GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD3861
44VALVALGLNGLN(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD7 - 32430 - 347
45VALVALGLNGLN(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD7 - 32430 - 347
46VALVALGLNGLN(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD7 - 32430 - 347
47VALVALGLNGLN(chain D and (resid 7 through 20 or resid 22...DD7 - 32430 - 347

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要素

#1: タンパク質
Metacaspase-9 / AtMC9


分子量: 38375.547 Da / 分子数: 4 / 変異: G5R, C147A, F271Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGST N-terminal expression His-tag and linker G5R cloning artifact C147A engineered mutation F271Y cloning artifact
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AMC9, MCP2F, At5g04200, F21E1.120 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysE
参照: UniProt: Q9FYE1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution: 14.2 mg/ml in 20 mM Tris/HCl pH 7.4, 100 mM NaCl, Crystallisation condition: 0.2 M Ammonium nitrate pH 6.3, 20% PEG 3350 1 uL protein solution mix with 1 uL crystallisation ...詳細: Protein solution: 14.2 mg/ml in 20 mM Tris/HCl pH 7.4, 100 mM NaCl, Crystallisation condition: 0.2 M Ammonium nitrate pH 6.3, 20% PEG 3350 1 uL protein solution mix with 1 uL crystallisation condition and set up against 700 uL crystallisation condition in resorvoir
PH範囲: 6.3-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→44.38 Å / Num. obs: 81454 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 580176
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-1.997.30.643177443690.9210.2520.6893.296.8
10.13-44.386.60.02402761210.0080.02274.697.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDSFeb 5, 2021 BUILT=20210205データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 1.95→33.2 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2081 4078 5.01 %
Rwork0.1737 77265 -
obs0.1755 81343 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.67 Å2 / Biso mean: 45.7227 Å2 / Biso min: 17.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→33.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9205 0 12 416 9633
Biso mean--81.48 45.14 -
残基数----1215
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5393X-RAY DIFFRACTION8.914TORSIONAL
12B5393X-RAY DIFFRACTION8.914TORSIONAL
13C5393X-RAY DIFFRACTION8.914TORSIONAL
14D5393X-RAY DIFFRACTION8.914TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.9730.27631420.2368261996
1.973-1.9970.23621340.2239262497
1.997-2.02230.25091470.2013259997
2.0223-2.04890.24941540.1992263397
2.0489-2.0770.24641340.1985260897
2.077-2.10660.24671310.1911266298
2.1066-2.13810.25341280.1839263097
2.1381-2.17150.23651490.1898263498
2.1715-2.20710.18771440.179261997
2.2071-2.24510.23681190.1809266398
2.2451-2.28590.24221310.1808266598
2.2859-2.32990.25741150.1807267198
2.3299-2.37740.20571280.1786265998
2.3774-2.42910.20451380.1703266398
2.4291-2.48560.23261460.1806262998
2.4856-2.54770.22561460.1938266698
2.5477-2.61660.22341570.1888265398
2.6166-2.69350.22721270.1874267199
2.6935-2.78040.2331500.189267299
2.7804-2.87980.23961660.1921264699
2.8798-2.9950.23661310.198268999
2.995-3.13120.25611130.1919272399
3.1312-3.29620.23021510.1934269199
3.2962-3.50250.19971690.1844265699
3.5025-3.77250.20341200.1662272299
3.7725-4.15150.16861550.145269499
4.1515-4.75080.16671520.1348270099
4.7508-5.97980.16731660.1607271699
5.9798-33.20.21421350.1658278899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0534-0.0394-0.08212.0770.14131.5901-0.03720.09610.3295-0.10030.0364-0.1449-0.04520.08440.0050.1980.0161-0.01720.25620.01160.2775-35.849-3.3539.745
22.65490.0801-0.17292.3597-0.35041.59750.023-0.03460.03570.1868-0.0606-0.1868-0.00630.10070.03360.1905-0.0262-0.00420.2729-0.01760.1955-38.9774.414-32.59
32.27920.12970.22442.04310.02480.9824-0.0240.1120.1066-0.09480.02530.1586-0.027-0.0251-0.00250.20220.01360.00420.23370.00380.19562.9130.29610.236
45.1739-1.0177-0.42081.74020.51732.1182-0.0705-0.2788-0.03380.2216-0.00310.29490.0196-0.26120.03080.2603-0.06130.04320.39880.02120.4083-0.3661.362-31.46
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 7:325 )A7 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 7:325 )B7 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 7:325 )C7 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 7:324 )D7 - 324

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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