PDB-8a4r: Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoana...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8a4r

タイトル

Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii from isotropic orthorhombic data at 3.59 A

要素

Proline racemase A (AsProR)

キーワード

ISOMERASE / pyridoxal 5-phosphate-independent racemase / diaminopimelate epimerase-like (DAPE) fold / stereo inversion / pyrrole 2-carboxylate / Gram-positive bacterium

機能・相同性

proline racemase / 4-hydroxyproline epimerase activity / Proline racemase family / Proline racemase / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / Proline racemase

機能・相同性情報

生物種

Acetoanaerobium sticklandii DSM 519 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Functional analysis of the Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii
著者: Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

履歴

登録	2022年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a4r.cif.gz	484.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a4r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a4r_validation.pdf.gz	487.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a4r_full_validation.pdf.gz	549.8 KB	表示
XML形式データ	8a4r_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	8a4r_validation.cif.gz	70.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pb3SC 8a3fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Proline racemase A (AsProR)

BBB: Proline racemase A (AsProR)

CCC: Proline racemase A (AsProR)

DDD: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Proline racemase A (AsProR)

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

CCC: Proline racemase A (AsProR)

DDD: Proline racemase A (AsProR)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.454, 107.478, 109.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Proline racemase A (AsProR) 分子量: 37942.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: DSMZ (Leibniz Institute, DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH) 由来: (組換発現) Acetoanaerobium sticklandii DSM 519 (バクテリア) 株: ATCC 12662 / DSM 519 / JCM 1433 / NCIMB 10654 / 遺伝子: prdF, CLOST_2228 / プラスミド: pET-29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): lambdaDE3 pLysS / 参照: UniProt: E3PTZ4
#2: 化合物	ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 1H-ピロ-ル-2-カルボキシラ-ト分子量: 110.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄NO₂
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / Density meas: 2.47 Mg/m³ / 溶媒含有率: 50 % 解説: Initial hits were obtained within a week. Subsequently improved by further optimisation screens around hit condition with hanging drop vapour diffusion.
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.26 M Ammonium Sulphate, 100 mM Cacodylate, pH 6.5 at rtp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.59→107.48 Å / Num. obs: 14925 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.196 / R_pim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 3.59→3.93 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.015 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3496 / CC_1/2: 0.498 / R_pim(I) all: 0.441 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7pb3

7pb3

解像度: 3.59→76.549 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3599	747	5.02 %
R_work	0.2597	14134	-
all	0.265	-	-
obs	-	14881	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 141.755 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.996 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.124 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.59→76.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10344	0	16	0	10360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	9976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.644	14252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.378	1.577	23272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.777	5	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.233	24.828	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.539	15	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.178	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.238	0.2	11958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.16	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.179	15.095	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.179	15.096	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.144	22.647	6688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.144	22.646	6689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.718	15.509	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.718	15.51	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.529	23.117	7564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.529	23.117	7564
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.281	185.617	12265
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.281	185.618	12266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.59-3.683	0.47	53	0.435	1028	X-RAY DIFFRACTION	99.8153
3.683-3.784	0.433	57	0.371	988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.784-3.893	0.376	55	0.361	962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.893-4.012	0.376	49	0.322	942	X-RAY DIFFRACTION	99.8992
4.012-4.144	0.332	44	0.317	932	X-RAY DIFFRACTION	100
4.144-4.289	0.338	28	0.314	899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.289-4.45	0.371	64	0.275	840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.631	0.277	47	0.235	826	X-RAY DIFFRACTION	100
4.631-4.836	0.305	32	0.257	800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.836-5.071	0.329	40	0.247	768	X-RAY DIFFRACTION	100
5.071-5.344	0.402	56	0.251	712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.344-5.667	0.38	54	0.257	674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.667-6.056	0.316	23	0.268	669	X-RAY DIFFRACTION	100
6.056-6.537	0.513	29	0.24	618	X-RAY DIFFRACTION	100
6.537-7.156	0.524	11	0.242	586	X-RAY DIFFRACTION	100
7.156-7.992	0.369	50	0.201	490	X-RAY DIFFRACTION	100
7.992-9.212	0.305	23	0.184	460	X-RAY DIFFRACTION	100
9.212-11.241	0.451	15	0.158	403	X-RAY DIFFRACTION	100
11.241-15.729	0.251	13	0.203	326	X-RAY DIFFRACTION	100
15.729-76.549	0.2	4	0.2	211	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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