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万見
- PDB-8a4f: Human Interleukin-4 mutant - C3T-IL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a4f
タイトルHuman Interleukin-4 mutant - C3T-IL4
要素Interleukin-4
キーワードCYTOKINE / Interleukin-4 / IL-4 / disulphide mutant / C3T / 4-helix bundle / Backbone dynamics / Molecular dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation ...interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / neuroinflammatory response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / positive regulation of amyloid-beta clearance / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / type 2 immune response / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / cholesterol metabolic process / B cell differentiation / T cell activation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / immune response / positive regulation of cell migration / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Vaz, D.C. / Rodrigues, J.R. / Mueller, T.D. / Sebald, W. / Redfield, C. / Brito, R.M.M.
資金援助European Union, ポルトガル, 7件
組織認可番号国
European Regional Development FundCOMPETE Programme (Operational Programme for Competitiveness)European Union
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaREEQ/481/QUI/2006 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaRECI/QEQ-QFI/0168/2012 ポルトガル
European Regional Development FundCENTRO-07-CT62-FEDER-002012European Union
European Regional Development FundRede RNRMNEuropean Union
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCTI/BIO/35685/2000 ポルトガル
European Communitys Seventh Framework ProgrammeBIO-NMR grant - Bio-NMR Research InfrastructuresEuropean Union
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2024
タイトル: Lessons on protein structure from interleukin-4: All disulfides are not created equal.
著者: Vaz, D.C. / Rodrigues, J.R. / Loureiro-Ferreira, N. / Muller, T.D. / Sebald, W. / Redfield, C. / Brito, R.M.M.
履歴
登録2022年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details ...database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9871
ポリマ－14,9871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-4 / IL-4 / B-cell stimulatory factor 1 / BSF-1 / Binetrakin / Lymphocyte stimulatory factor 1 / Pitrakinra


分子量: 14987.209 Da / 分子数: 1 / 変異: C3T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05112
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D 1H-15N NOESY
131isotropic23D 1H-15N TOCSY
141isotropic12D HMQC-J
151anisotropic12D 1H-15N HSQC IPAP
171isotropic12D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM [U-100% 15N] Interleukin-4 mutant, C3T-IL4, 90% H2O/10% D2O
詳細: 1.5 mM 15N C3T-IL-4 sample, in 25 mM NaCD3COO/CD3COOD, 9:1 H2O/D2O, 0.05 % NaN3, pH 5.0, 298 K
Label: 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: Interleukin-4 mutant, C3T-IL4 / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態詳細: 15N C3T-IL-4 sample, in 25 mM NaCD3COO/CD3COOD, 9:1 H2O/D2O, 0.05 % NaN3, pH 5.0, 298 K
イオン強度: 25 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: conditions_1 / pH: 5 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Oxford instruments home builtOxford instrumentshome built6001
Oxford instruments home builtOxford instrumentshome built7502
Oxford instruments home builtOxford instrumentshome built5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.peak picking
FelixAccelrys Software Inc.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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