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- PDB-8a4c: Structure of human Rep15:Rab3B complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a4c
タイトルStructure of human Rep15:Rab3B complex.
要素
  • Rab15 effector protein
  • Ras-related protein Rab-3B
キーワードENDOCYTOSIS / Rab GTPase / Effector
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / receptor recycling / transferrin transport / regulation of vesicle size / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / dopaminergic synapse / regulation of synaptic vesicle cycle / antigen processing and presentation / exocytosis ...positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / receptor recycling / transferrin transport / regulation of vesicle size / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / dopaminergic synapse / regulation of synaptic vesicle cycle / antigen processing and presentation / exocytosis / small monomeric GTPase / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / GDP binding / synaptic vesicle / protein transport / early endosome membrane / vesicle / endosome / endosome membrane / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab15 effector / Rab15 effector / Rab3 / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...Rab15 effector / Rab15 effector / Rab3 / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-3B / Rab15 effector protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Rai, A. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)grant GO 284/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Rep15 interacts with several Rab GTPases and has a distinct fold for a Rab effector.
著者: Rai, A. / Singh, A.K. / Bleimling, N. / Posern, G. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab15 effector protein
B: Ras-related protein Rab-3B
C: Rab15 effector protein
D: Ras-related protein Rab-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6498
ポリマ－103,5564
非ポリマー1,0934
水68538
1
A: Rab15 effector protein
B: Ras-related protein Rab-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3254
ポリマ－51,7782
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Rab15 effector protein
D: Ras-related protein Rab-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3254
ポリマ－51,7782
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.810, 59.220, 109.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Rab15 effector protein


分子量: 26800.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REP15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6BDI9
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-3B


分子量: 24978.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20337
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.5, 0.2 M NaI and 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999961 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→47.1 Å / Num. obs: 29437 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 67.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.05485 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 14.13
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 2888 / CC1/2: 0.615 / CC star: 0.873 / Rpim(I) all: 0.6729

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A4B

8a4b


解像度: 2.75→47.1 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 1472 5 %
Rwork0.2177 27942 -
obs0.22 29414 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.3 Å2 / Biso mean: 77.695 Å2 / Biso min: 36.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→47.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5989 0 66 38 6093
Biso mean--51.62 69.94 -
残基数----744
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.840.40951310.381924992630100
2.84-2.940.37571340.308325272661100
2.94-3.060.32831310.268124992630100
3.06-3.20.31511340.271125442678100
3.2-3.370.33841320.241525112643100
3.37-3.580.26431340.222925282662100
3.58-3.850.25321330.210125342667100
3.85-4.240.25371340.19725482682100
4.24-4.850.23261350.167425522687100
4.85-6.110.24321340.200725592693100
6.11-47.10.24261400.21742641278199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2686-0.202-0.67990.77950.20732.7790.0174-0.1336-0.0890.1657-0.11060.0392-0.09690.134200.4443-0.028-0.0810.46940.08380.4962-35.05730.51445.9813
20.3341-0.62260.03871.0924-0.13550.0045-1.26960.32250.1661-0.24890.36430.9488-0.21820.3853-0.00070.89980.11330.02950.7824-0.00250.7248-54.10316.979138.6589
31.5169-0.68710.1091.38761.51762.75950.3204-0.28130.60210.9276-0.35650.3683-0.8191-0.28360.00290.5965-0.0062-0.08540.4406-0.00450.5841-44.93499.384253.7358
40.4967-0.2989-0.02531.69720.22870.7537-0.4784-0.21040.71360.6330.2695-0.2315-0.57550.007100.9674-0.048-0.14990.8015-0.03470.6884-39.381410.237960.4386
52.09970.045-0.28062.46960.98210.84830.03920.29910.1359-0.2806-0.016-0.32-0.07680.345400.4148-0.01230.02210.45960.01370.3952-54.8804-14.952236.6464
60.0467-0.16020.18610.4663-0.09520.1925-0.00580.7320.24060.10510.04220.0144-0.25780.152800.7588-0.126-0.01830.7270.01970.5383-61.6882-10.899127.8395
70.84820.3755-0.1080.90080.74280.6751-0.043-0.21040.20540.2121-0.2224-0.26090.28820.372300.42790.02240.00550.4655-0.02440.5165-57.8371-9.490543.9504
80.75050.30810.44731.87720.94480.4901-0.0813-0.32070.20950.20860.0301-0.36960.11840.0555-00.5569-0.01160.06430.4422-0.0340.4649-62.9883-19.62447.9585
90.28140.0701-0.62750.0203-0.2431.3958-0.35170.19870.301-0.0081-0.0520.46110.7824-0.8385-0.1260.22910.0612-0.02760.6923-0.03210.6731-68.4826-17.446441.8918
100.11480.17380.13710.27450.17260.2339-0.0090.1718-0.0327-0.4696-0.2392-0.2171-0.1254-0.121800.6265-0.00420.15560.5940.08440.518-53.3162-34.854142.2345
110.83330.51990.31540.869-0.33050.53820.22730.2544-0.0922-0.2851-0.03660.16070.1023-0.028200.4892-0.01550.09580.4397-0.01140.5627-63.8337-29.118939.7964
120.49920.12090.11781.20450.1680.37130.45890.0581-0.2991-1.3973-0.33970.49910.0408-0.4918-0.02650.5130.081-0.1580.6188-0.00720.5618-68.291-18.126430.9685
130.0034-0.0672-0.09870.81310.5560.4133-0.2222-0.7371-0.33060.5914-0.0264-0.0674-0.66750.614-00.5186-0.0228-0.09850.97390.14670.8273-16.42045.057926.454
140.0779-0.0599-0.1080.04750.0870.1922-0.05320.0592-0.7366-1.1604-0.4164-0.48380.7517-0.31700.6737-0.0779-0.00060.60070.130.7851-34.4803-9.62238.9112
150.08170.11990.52350.07670.50181.6202-0.10520.14390.1798-0.0283-0.13230.2055-0.3116-0.059-00.5029-0.0556-0.03690.51860.06380.6133-28.03699.733524.9856
160.9882-0.5210.62220.64530.130.9376-0.2190.1050.4023-0.7072-0.048-0.5711-0.58140.815900.8696-0.09750.01650.74350.09980.8009-25.100413.375815.5344
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180.7229-0.39410.15920.59840.07540.09110.00440.4251-0.7391-0.8178-0.38-0.2890.07790.094800.7154-0.0532-0.03170.6978-0.10540.7156-35.74631.91719.5673
190.94560.53410.30641.09681.10171.0942-0.07110.1498-0.3758-0.41330.2248-0.36330.49810.0549-0.00050.43260.14010.00550.60620.06320.822-25.5583-4.035419.4904
200.5526-0.50810.59251.0882-1.05930.847-0.2380.0526-0.7655-0.6225-0.01270.07230.6180.296300.79350.14850.16860.736-0.02370.8623-24.132-9.431912.1141
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220.2270.2265-0.05470.19830.02660.2276-0.61780.4612-0.2440.07050.262-1.55841.24171.38360.00230.81990.05650.11240.851-0.01070.9945-18.9115-4.772711.2758
231.0531-1.10470.65542.25980.72091.90010.1922-0.1622-0.0610.411-0.08030.1046-0.1264-0.2689-00.46080.01780.02290.46-0.01350.4219-50.942619.473317.2164
240.0032-0.1016-0.01920.7977-0.09420.15820.0486-0.1981-0.1865-0.17830.2181-0.15380.11440.240100.5158-0.01640.06690.8234-0.09290.5826-39.260623.393722.905
251.322-0.96750.47870.5491-0.08260.80710.2281-0.3703-0.3319-0.0628-0.0547-0.1233-0.12720.145600.5426-0.0240.04260.4578-0.02040.5112-50.027115.496614.8976
260.0851-0.5335-0.05251.58840.1151-0.02960.37680.16440.1625-0.0247-0.135-0.3038-0.20050.130500.53510.03080.0460.4562-0.01190.4288-45.741525.70655.1895
270.47820.5718-0.68140.7338-0.50480.77760.14840.15840.0627-0.02630.0040.03520.3478-0.616-00.5748-0.0593-0.03850.5115-0.07170.4431-52.728721.19175.1247
280.3543-0.3854-0.0620.38230.01620.1175-0.141-0.55170.3140.7064-0.3161-0.6309-0.3018-0.293300.7262-0.06860.00780.61740.00610.5041-42.815540.527115.786
291.7761-0.7473-0.81231.51540.66450.54650.0297-0.04750.0653-0.0907-0.17260.4922-0.3876-0.2886-00.5749-0.0029-0.01750.5039-0.03720.5164-55.786830.314111.6185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 114 )A18 - 114
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4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 236 )A191 - 236
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 57 through 69 )B57 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 70 through 91 )B70 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 92 through 123 )B92 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 124 through 135 )B124 - 135
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 136 through 146 )B136 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 147 through 171 )B147 - 171
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 172 through 187 )B172 - 187
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 18 through 37 )C18 - 37
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 38 through 51 )C38 - 51
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 52 through 89 )C52 - 89
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 90 through 103 )C90 - 103
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 104 through 143 )C104 - 143
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 144 through 155 )C144 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 156 through 174 )C156 - 174
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 175 through 214 )C175 - 214
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 215 through 224 )C215 - 224
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 225 through 235 )C225 - 235
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 18 through 44 )D18 - 44
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 45 through 56 )D45 - 56
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 57 through 91 )D57 - 91
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 92 through 122 )D92 - 122
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 123 through 135 )D123 - 135
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 136 through 146 )D136 - 146
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 147 through 187 )D147 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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