[日本語] English
万見
- PDB-8a4b: Structure of human Rep15:Rab3B_Q81L complex. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a4b
タイトルStructure of human Rep15:Rab3B_Q81L complex.
要素
  • Rab15 effector protein
  • Ras-related protein Rab-3B
キーワードENDOCYTOSIS / Rab GTPase / Effector
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / receptor recycling / regulation of vesicle size / regulation of exocytosis / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / GTP-dependent protein binding / dopaminergic synapse / regulation of synaptic vesicle cycle / antigen processing and presentation ...positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / receptor recycling / regulation of vesicle size / regulation of exocytosis / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / GTP-dependent protein binding / dopaminergic synapse / regulation of synaptic vesicle cycle / antigen processing and presentation / exocytosis / secretory granule / transferrin transport / small monomeric GTPase / recycling endosome / synaptic vesicle / GDP binding / synaptic vesicle membrane / protein transport / vesicle / early endosome membrane / endosome membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab15 effector / Rab15 effector / Rab3 / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...Rab15 effector / Rab15 effector / Rab3 / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-3B / Rab15 effector protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rai, A. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)grant GO 284/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Rep15 interacts with several Rab GTPases and has a distinct fold for a Rab effector.
著者: Rai, A. / Singh, A.K. / Bleimling, N. / Posern, G. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rab15 effector protein
B: Ras-related protein Rab-3B
C: Rab15 effector protein
D: Ras-related protein Rab-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6618
ポリマ－90,5664
非ポリマー1,0954
水37821
1
A: Rab15 effector protein
B: Ras-related protein Rab-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8314
ポリマ－45,2832
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Rab15 effector protein
D: Ras-related protein Rab-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8314
ポリマ－45,2832
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.840, 107.960, 91.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Rab15 effector protein


分子量: 25184.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REP15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6BDI9
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-3B


分子量: 20098.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20337
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 8.5, 0.2 M KNa-tartrate and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.54 Å / Num. obs: 27424 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 75.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.03751 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 15.26
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 2719 / CC1/2: 0.719 / CC star: 0.915 / Rpim(I) all: 0.5676 / % possible all: 99.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A4A

8a4a


解像度: 2.8→49.54 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1370 5 %
Rwork0.2231 26006 -
obs0.2254 27376 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.41 Å2 / Biso mean: 93.9224 Å2 / Biso min: 51.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6058 0 66 21 6145
Biso mean--69.08 76.97 -
残基数----752
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.90.39951360.37552577271399
2.9-3.020.36511370.325426032740100
3.02-3.150.33731380.300326072745100
3.15-3.320.33561350.267225612696100
3.32-3.530.29311370.236725972734100
3.53-3.80.29291370.237125942731100
3.8-4.180.2541360.206925862722100
4.18-4.790.23351380.193626102748100
4.79-6.030.25911380.212226252763100
6.03-49.540.22961380.19242646278499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4496-0.17671.01753.73871.13132.8619-0.05290.5086-0.0488-0.81570.3331-0.2822-0.06650.0246-0.26960.8753-0.10550.09430.96870.0450.7706-11.76522.7151-28.4455
22.5409-1.9244-0.29012.6365-0.82460.95080.2233-0.760.46480.0720.2225-0.06130.9228-0.9637-0.54280.9849-0.19050.05911.08450.08181.0596-19.63630.6076-8.3306
33.7529-1.56731.57642.857-0.16943.0695-0.1681-0.12230.6951-0.04080.11191.0043-0.1923-0.78550.01930.7088-0.0555-0.03230.95980.160.8752-21.705211.9506-21.6349
41.59780.0991-0.47551.74310.60433.36450.0754-0.12470.509-0.408-0.15510.074-0.74240.52680.2261.2782-0.0158-0.16041.35580.26961.4502-22.542616.373-29.2953
55.0552-1.66411.04794.87513.66123.96440.08380.0535-0.5404-0.17550.09170.08090.4184-0.3856-0.25960.6026-0.0403-0.04420.58620.12190.72141.8313-1.3099-5.2948
64.55430.45271.36692.9288-1.10033.8322-0.1638-0.31850.3407-0.1195-0.2211-0.4479-0.0554-0.08590.40150.52920.048-0.04260.69690.00260.9098-2.3135.769-3.4083
72.9802-1.6944-0.18964.01350.92763.7923-0.0013-0.05790.6375-0.2408-0.2705-0.001-0.5812-0.1280.27980.6464-0.0114-0.02920.61380.07630.92987.787113.3694-3.1521
87.879-0.81940.53935.0224-2.45222.0388-0.4824-0.5828-0.43031.17380.00830.5609-0.1634-1.27540.73290.81850.06530.0380.91880.00440.69785.29869.51914.3928
92.3990.7553-0.15752.85510.03531.32290.0463-0.4101-0.03560.23560.0117-0.0419-0.02010.2465-0.05560.55960.019-0.04220.61530.02030.940714.79273.78540.6467
103.15370.2495-1.36445.7024-0.01911.33770.34090.08930.1902-0.8388-0.3797-0.4983-0.40890.2427-0.02421.4183-0.1030.00031.2204-0.120.4619-16.9665-24.0482-38.0417
115.9137-0.3343-0.52514.7322-2.63332.00980.0162-0.77290.89181.0796-1.2341-1.14511.00481.43571.2010.7362-0.12330.05771.196-0.04180.7034-3.6007-6.6219-27.051
121.0358-0.4875-1.09663.8545-1.24663.5594-0.15050.39010.0294-0.60210.25950.46080.0976-0.1035-0.12790.7539-0.1025-0.07920.8327-0.0340.6495-21.6989-24.1572-26.1485
131.6719-0.36790.60632.13671.26721.1589-0.38630.09880.11440.05730.04640.3221-0.5088-0.29660.07880.9668-0.11750.0881.3314-0.18941.2161-9.6273-19.5163-9.5525
142.6202-0.8785-1.60521.8005-0.49182.4843-0.3852-0.0022-0.6709-0.11690.1204-0.94290.22150.51980.15650.7229-0.04380.0290.9362-0.09160.8314-8.2008-31.0929-21.7619
150.49010.11380.35090.8507-0.02040.41240.1693-0.109-0.7155-0.65060.02480.05820.5685-0.47190.14891.37860.02150.10141.3796-0.32281.1749-7.2387-35.634-29.2092
163.8908-1.1849-0.89583.978-2.52933.51360.09890.2480.4076-0.10280.0298-0.0887-0.23260.5856-0.09150.592-0.047-0.00730.6555-0.08730.8835-32.0206-18.0344-5.5801
173.7363-0.4237-1.07082.6691.50314.2592-0.3122-0.2058-0.1275-0.1424-0.25540.2929-0.1081-0.01010.63860.60740.0444-0.05910.6606-0.03780.9253-27.5662-24.8822-3.5098
183.5319-2.19590.15272.8910.75823.19490.0793-0.1117-0.556-0.1483-0.10870.31030.58830.03150.07690.6512-0.03730.00470.55980.01630.8838-37.6335-32.5669-3.2794
193.377-0.7018-2.74752.95451.49992.7325-0.52750.27420.0970.8901-0.4066-0.62930.15961.14270.54070.65040.0225-0.06370.79950.11790.9148-33.9491-28.74893.5954
204.7915-0.0568-0.81074.0844-0.18921.4399-0.1879-0.41110.35230.25660.20170.0451-0.1944-0.2430.05340.56130.0402-0.04410.5601-0.01570.8253-44.7058-22.98670.5377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 114 )A18 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 143 )A115 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 190 )A144 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 236 )A191 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 66 )B18 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 92 )B67 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 93 through 123 )B93 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 124 through 135 )B124 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 136 through 187 )B136 - 187
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 18 through 37 )C18 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 38 through 51 )C38 - 51
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 52 through 114 )C52 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 115 through 143 )C115 - 143
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 144 through 190 )C144 - 190
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 191 through 235 )C191 - 235
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 19 through 66 )D19 - 66
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 67 through 92 )D67 - 92
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 93 through 123 )D93 - 123
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 124 through 135 )D124 - 135
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 136 through 187 )D136 - 187

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る