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万見
- PDB-8a4a: Structure of human Rep15 in complex with bovine Rab3C. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a4a
タイトルStructure of human Rep15 in complex with bovine Rab3C.
要素
  • Rab15 effector protein
  • Ras-related protein Rab-3C
キーワードENDOCYTOSIS / Rab GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB geranylgeranylation / transferrin transport / receptor recycling / myosin V binding / exocytosis / protein secretion / recycling endosome / synaptic vesicle / early endosome membrane / endosome membrane ...RAB geranylgeranylation / transferrin transport / receptor recycling / myosin V binding / exocytosis / protein secretion / recycling endosome / synaptic vesicle / early endosome membrane / endosome membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rab15 effector / Rab15 effector / Rab3 / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family ...Rab15 effector / Rab15 effector / Rab3 / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-3C / Rab15 effector protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Rai, A. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)grant GO 284/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Rep15 interacts with several Rab GTPases and has a distinct fold for a Rab effector.
著者: Rai, A. / Singh, A.K. / Bleimling, N. / Posern, G. / Vetter, I.R. / Goody, R.S.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab15 effector protein
B: Ras-related protein Rab-3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4714
ポリマ－52,9242
非ポリマー5472
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.290, 108.795, 172.027
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rab15 effector protein


分子量: 26800.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REP15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6BDI9
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-3C / SMG P25C


分子量: 26124.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RAB3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10949
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0 10% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→45.97 Å / Num. obs: 18879 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 58.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1095 / Rpim(I) all: 0.03114 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 18.83
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 1827 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.913 / Rpim(I) all: 0.3864 / % possible all: 99.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RAB

3rab


解像度: 2.52→45.97 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 941 5.01 %
Rwork0.2069 17860 -
obs0.2093 18801 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.11 Å2 / Biso mean: 74.0698 Å2 / Biso min: 39.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3058 0 33 40 3131
Biso mean--51.36 63.62 -
残基数----379
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.52-2.650.36981300.3112504263499
2.65-2.820.24511310.266124952626100
2.82-3.040.31851340.249825402674100
3.04-3.340.24761340.213525362670100
3.34-3.820.30171330.21632510264398
3.83-4.820.20071360.17152579271599
4.82-45.970.24511430.195126962839100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92690.6138-0.25970.5752-0.02851.24130.0738-0.9583-0.37050.25580.6199-0.12640.34780.01590.00040.78990.0714-0.0990.60110.04360.385932.44837.753780.9012
20.0017-0.02580.0090.15610.06950.0404-0.31650.2944-0.3531-0.42170.30250.3237-0.13570.160900.6761-0.0555-0.03940.62580.09640.593616.841858.854669.2761
30.99380.2538-1.38920.8627-0.09841.99580.0079-0.1279-0.00720.11990.0594-0.3795-0.05870.1684-00.4310.0006-0.09140.4275-0.0250.471135.890739.367468.9618
40.7906-0.23470.44980.0288-0.12080.2741-0.11590.63350.7253-0.44950.5817-0.42550.66460.1067-00.7388-0.1584-0.0350.8525-0.07810.983724.374943.758250.2589
51.11331.16230.29951.8162-0.33540.93290.00150.2624-0.35130.0646-0.07530.28280.3282-0.4493-00.4797-0.0364-0.02070.6292-0.05020.446924.211735.124464.4221
61.46450.8976-1.07331.5718-0.23881.09420.12870.1826-0.21390.4572-0.10060.62610.2736-0.905500.623-0.07490.00520.77940.05030.671917.480729.865969.6756
70.34740.1219-0.29290.1636-0.18720.25310.36840.081-0.64350.338-0.3087-0.35410.3104-0.1197-00.7657-0.0812-0.00130.7270.07790.713425.543524.832772.8344
82.65050.4741-0.890.29960.19190.84640.02760.16450.41190.1069-0.03940.0561-0.2362-0.259400.4360.0578-0.01850.4499-0.03860.512843.840146.400345.9733
90.07970.0667-0.1470.374-0.05820.2674-0.32680.0899-0.22320.2204-0.1672-0.4910.14740.626-00.5834-0.03030.02390.5251-0.02920.726840.894730.514453.3885
100.7010.4082-0.05090.9360.70830.7784-0.0225-0.1358-0.61230.2131-0.0184-0.01890.2985-0.079100.5016-0.01610.02110.4516-0.09990.671850.472931.589345.2907
111.9047-1.6166-0.59252.2967-0.62212.34790.08750.5133-0.0147-0.1368-0.0158-0.4478-0.03620.253300.46070.02240.01320.4616-0.0770.648758.669338.130143.1037
120.47990.0578-0.32750.21730.03350.2506-0.08140.7390.7213-0.3241-0.1122-0.0362-0.32840.315800.6640.00250.00170.76590.05860.541648.238545.024432.9893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 37 )A15 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 51 )A38 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 113 )A52 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 143 )A114 - 143
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 144 through 174 )A144 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 175 through 217 )A175 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 235 )A218 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 86 )B26 - 86
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 87 through 99 )B87 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 100 through 131 )B100 - 131
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 132 through 179 )B132 - 179
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 180 through 197 )B180 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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