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万見
- PDB-8a44: Plasmodium vivax Duffy binding protein region II bound the DARC e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a44
タイトルPlasmodium vivax Duffy binding protein region II bound the DARC ectodomain and monoclonal antibody DB1
要素
  • Atypical chemokine receptor 1
  • Duffy binding protein
  • Heavy chain of monoclonal antibody DB1
  • Light chain of monoclonal antibody DB1
キーワードCELL ADHESION / Plasmodium vivax / malaria / reticulocyte invasion / Duffy binding protein / DARC / sulphotyrosine.
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome / early endosome / host cell surface receptor binding / inflammatory response / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy antigen/chemokine receptor / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 1 / Duffy binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Moskovitz, R. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for DARC binding in reticulocyte invasion by Plasmodium vivax.
著者: Moskovitz, R. / Pholcharee, T. / DonVito, S.M. / Guloglu, B. / Lowe, E. / Mohring, F. / Moon, R.W. / Higgins, M.K.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duffy binding protein
B: Atypical chemokine receptor 1
C: Heavy chain of monoclonal antibody DB1
D: Light chain of monoclonal antibody DB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8534
ポリマ－88,8534
非ポリマー00
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area35080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.204, 97.949, 287.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Duffy binding protein


分子量: 35105.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: dbpII / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7M1C9Q0
#2: タンパク質 Atypical chemokine receptor 1 / Duffy antigen/chemokine receptor


分子量: 6512.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DARC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1P8P1S7
#3: 抗体 Heavy chain of monoclonal antibody DB1


分子量: 24012.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Light chain of monoclonal antibody DB1


分子量: 23221.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% w/v jeffamine D-2003 10% v/v ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→72 Å / Num. obs: 52982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.49→2.57 Å / Num. unique obs: 4488 / CC1/2: 0.463 / Rpim(I) all: 0.735

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R2S

6r2s


解像度: 2.49→72 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 2632 4.98 %
Rwork0.1962 --
obs0.1977 52884 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.32 Å2 / Biso mean: 67.6063 Å2 / Biso min: 36.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6008 0 0 250 6258
Biso mean---59.19 -
残基数----760
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.0781 Å / Origin y: 12.5177 Å / Origin z: -44.4272 Å
111213212223313233
T0.4276 Å20.0159 Å20.0351 Å2-0.48 Å20.0761 Å2--0.42 Å2
L0.819 °2-0.7186 °20.7108 °2-1.0534 °2-0.7508 °2--1.1066 °2
S-0.0849 Å °-0.1452 Å °0.0244 Å °0.1533 Å °0.0216 Å °-0.037 Å °0.039 Å °0.0679 Å °0.0561 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|216-508}A216 - 508
2X-RAY DIFFRACTION1{B|19-47}B19 - 47
3X-RAY DIFFRACTION1{C|20-244}C20 - 244
4X-RAY DIFFRACTION1{D|21-233}D21 - 233
5X-RAY DIFFRACTION1{A|601-646}A601 - 646
6X-RAY DIFFRACTION1{B|101-101}B101
7X-RAY DIFFRACTION1{C|301-406}C301 - 406
8X-RAY DIFFRACTION1{D|302-397}D302 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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