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万見
- PDB-8a3x: Imine Reductase from Ensifer adhaerens in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3x
タイトルImine Reductase from Ensifer adhaerens in complex with NADP+
要素NAD_binding_2 domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Imine Reductase / IRED / NADP+ / amine
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 6-phosphogluconate dehydrogenase NADP-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ensifer adhaerens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Gilio, A.K. / Grogan, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: A Reductive Aminase Switches to Imine Reductase Mode for a Bulky Amine Substrate.
著者: Gilio, A.K. / Thorpe, T.W. / Heyam, A. / Petchey, M.R. / Pogranyi, B. / France, S.P. / Howard, R.M. / Karmilowicz, M.J. / Lewis, R. / Turner, N. / Grogan, G.
履歴
登録2022年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD_binding_2 domain-containing protein
B: NAD_binding_2 domain-containing protein
C: NAD_binding_2 domain-containing protein
D: NAD_binding_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,55112
ポリマ－124,4214
非ポリマー3,1308
水64936
1
A: NAD_binding_2 domain-containing protein
B: NAD_binding_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7756
ポリマ－62,2102
非ポリマー1,5654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
C: NAD_binding_2 domain-containing protein
D: NAD_binding_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7756
ポリマ－62,2102
非ポリマー1,5654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.959, 57.535, 116.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLYSLYSAA3 - 2923 - 292
21PROPROLYSLYSBB3 - 2923 - 292
12METMETLYSLYSAA1 - 2921 - 292
22METMETLYSLYSCC1 - 2921 - 292
13METMETLYSLYSAA1 - 2921 - 292
23METMETLYSLYSDD1 - 2921 - 292
14PROPROLYSLYSBB3 - 2923 - 292
24PROPROLYSLYSCC3 - 2923 - 292
15PROPROLYSLYSBB3 - 2923 - 292
25PROPROLYSLYSDD3 - 2923 - 292
16METMETALAALACC1 - 2931 - 293
26METMETALAALADD1 - 2931 - 293

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
NAD_binding_2 domain-containing protein


分子量: 31105.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ensifer adhaerens (バクテリア) / 遺伝子: AC244_29830 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8BGL4
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 30% (w/v) PEG 2000 MME; 0.2 M KSCN; protein at 50 mg mL-1
Temp details: Grown at 6 deg C

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→58 Å / Num. obs: 38177 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4621 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OCM

5ocm


解像度: 2.58→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 24.897 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.714 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2808 1892 5 %RANDOM
Rwork0.2357 ---
obs0.238 36273 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.07 Å2 / Biso mean: 52.967 Å2 / Biso min: 16.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20 Å28.45 Å2
2---3.75 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8524 0 196 37 8757
Biso mean--49.99 33.55 -
残基数----1172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0158354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.63512182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2581.57219086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66351174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22520.542406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.669151281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3851571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022032
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A86880.06
12B86880.06
21A87470.07
22C87470.07
31A87770.07
32D87770.07
41B86080.06
42C86080.06
51B86360.06
52D86360.06
61C87680.06
62D87680.06
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 135 -
Rwork0.354 2675 -
all-2810 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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