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- PDB-8a3v: Crystal structure of the Vibrio cholerae replicative helicase (Vc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3v
タイトルCrystal structure of the Vibrio cholerae replicative helicase (VcDnaB) in complex with its loader protein (VcDciA)
要素
  • DUF721 domain-containing protein
  • Replicative DNA helicase
キーワードREPLICATION / DNA Replication / Replicative Helicase / Helicase Loader / DnaB-DciA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF721/UPF0232 / Dna[CI] antecedent, DciA / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain ...Protein of unknown function DUF721/UPF0232 / Dna[CI] antecedent, DciA / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Replicative DNA helicase / DUF721 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Walbott, H. / Quevillon-Cheruel, S. / Cargemel, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The LH-DH module of bacterial replicative helicases is the common binding site for DciA and other helicase loaders.
著者: Cargemel, C. / Marsin, S. / Noiray, M. / Legrand, P. / Bounoua, H. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Walbott, H. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2022年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: DUF721 domain-containing protein
D: DUF721 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,5858
ポリマ－142,6824
非ポリマー9034
水00
1
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: DUF721 domain-containing protein
ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: DUF721 domain-containing protein
ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: DUF721 domain-containing protein
ヘテロ分子

D: DUF721 domain-containing protein

D: DUF721 domain-containing protein

D: DUF721 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,75424
ポリマ－428,04512
非ポリマー2,70912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_555y+2/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_555x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area46590 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area173830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.515, 186.515, 252.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase


分子量: 52937.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: dnaB, BC353_11625, C9J66_17780, ERS013165_03687, ERS013200_03939, ERS013206_03692, F0315_03560, FLM02_14585, HPY05_12185
プラスミド: pET21
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A085R2T8, DNA helicase
#2: タンパク質 DUF721 domain-containing protein / Protein of uncharacterized function (DUF721)


分子量: 18403.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: D6U24_04005, ERS013186_02533, ERS013198_03405, ERS013202_01773, ERS013207_01848, F0M16_07320
プラスミド: pET29
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H5ZA06
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 % / 解説: Rhombohedral
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate 0.9M Potassium/Sodium Tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.26 Å / Num. obs: 21186 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 102.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Num. unique obs: 1000 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.9-3.1219.92.361.60.5440.5412.42171.7
9.97-48.2616.30.03561.310.0090.036100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISO2.3.24データスケーリング
PDB_EXTRACT4データ抽出
XDSVERSION Mar 17, 2020データ削減
MOLREPVers 11.7.03; 13.07.2020位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T66

6t66


解像度: 2.9→40.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.676
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2901 1229 6.05 %RANDOM
Rwork0.2791 ---
obs0.2798 20312 54 %-
原子変位パラメータBiso mean: 125.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0139 Å20 Å20 Å2
2--6.0139 Å20 Å2
3----12.0278 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9311 0 56 0 9367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0059491HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7212833HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3497SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1662HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9491HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1274SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7236SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5902 -9.83 %
Rwork0.4683 367 -
all0.4802 407 -
obs--14.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7951.45523.975710.8359-1.065300.22680.77990.7435-0.3086-0.0454-0.19920.7435-0.1992-0.1814-0.43560.076-0.2076-0.17230.0556-0.30472.313576.1433-18.2849
25.7951.45521.065310.83593.975700.2446-0.5078-0.7435-0.5078-0.4260.19920.7435-0.19920.1814-0.43560.076-0.0556-0.1723-0.20760.30449.754840.2159-20.1253
34.5994-5.0559-3.97573.71611.06538.3155-0.2268-0.7799-0.74350.30860.04540.19920.7435-0.19920.18140.28360.18720.0556-0.28360.20760.30453.340378.560215.8692
410.8359-1.45521.06535.7953.975700.13610.30860.7435-0.77990.4082-0.1992-0.1992-0.7435-0.54420.28360.1872-0.0556-0.2836-0.20760.30451.280830.94714.8159
55.7951.45521.065310.83593.97578.31550.13610.3086-0.1992-0.77990.4082-0.7435-0.74350.1992-0.54420.28360.18720.0556-0.28360.20760.30460.504753.18420.7322
610.8359-1.45521.06535.7953.975700.1361-0.77990.74350.30860.4082-0.1992-0.74350.1992-0.54420.28360.1872-0.0556-0.2836-0.20760.30476.599825.496322.436
75.7951.45521.065310.83593.97578.3155-0.13610.77990.7435-0.3086-0.4082-0.19920.7435-0.19920.54420.4356-0.0760.05560.17230.20760.30464.59949.002456.1549
85.7951.4552-3.975710.83591.06538.3155-0.390.63330.19920.1312-0.15430.7435-0.1992-0.74350.54420.17230.076-0.20760.43560.05560.30460.094421.307942.9575
910.8359-1.45521.06535.7953.97578.3155-0.17190.59390.1361-0.4946-0.22920.7070.7435-0.19920.40110.17230.0760.20760.4356-0.05560.30436.645328.369617.3484
1010.8359-1.45523.97575.795-1.06538.31550.6981-0.03650.1992-0.0365-0.51670.7435-0.1992-0.7435-0.18140.17230.076-0.05560.4356-0.20760.30429.251349.915532.1151
115.7951.45521.065310.83593.97578.3155-0.1895-0.2161-0.0730.12060.73370.5863-0.74350.1992-0.54420.4356-0.076-0.05560.1723-0.20760.3049.498842.269143.1415
1210.8359-1.45523.97575.795-1.06538.3155-0.22680.3086-0.1992-0.77990.0454-0.7435-0.74350.19920.1814-0.43560.076-0.2076-0.17230.0556-0.304-9.041959.651263.4266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|174 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|174 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|175 - A|207 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|175 - B|207 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|208 - A|600 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|208 - B|600 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|1 - C|101 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|102 - C|115 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|116 - C|160 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ D|1 - D|101 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ D|102 - D|115 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ D|116 - D|160 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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