PDB-8a3v: Crystal structure of the Vibrio cholerae replicative helicase (Vc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a3v

タイトル

Crystal structure of the Vibrio cholerae replicative helicase (VcDnaB) in complex with its loader protein (VcDciA)

要素

DUF721 domain-containing protein
Replicative DNA helicase

キーワード

REPLICATION / DNA Replication / Replicative Helicase / Helicase Loader / DnaB-DciA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Walbott, H. / Quevillon-Cheruel, S. / Cargemel, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The LH-DH module of bacterial replicative helicases is the common binding site for DciA and other helicase loaders.
著者: Cargemel, C. / Marsin, S. / Noiray, M. / Legrand, P. / Bounoua, H. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Walbott, H. / Quevillon-Cheruel, S.

履歴

登録	2022年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a3v.cif.gz	489.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a3v.ent.gz	405.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a3v_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a3v_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8a3v_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	8a3v_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t66S 7qxm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDGR5associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Replicative DNA helicase

B: Replicative DNA helicase

C: DUF721 domain-containing protein

D: DUF721 domain-containing protein

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Replicative DNA helicase

B: Replicative DNA helicase

C: DUF721 domain-containing protein

ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase

B: Replicative DNA helicase

C: DUF721 domain-containing protein

ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase

B: Replicative DNA helicase

C: DUF721 domain-containing protein

ヘテロ分子

D: DUF721 domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, VcDciA interacts with the VcDnaB hexamer in solution.
431 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_555	y+2/3,x+1/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	11_555	x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	12_555	-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.515, 186.515, 252.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Replicative DNA helicase 分子量: 52937.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: dnaB, BC353_11625, C9J66_17780, ERS013165_03687, ERS013200_03939, ERS013206_03692, F0315_03560, FLM02_14585, HPY05_12185 プラスミド: pET21 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A085R2T8, DNA helicase
#2: タンパク質	DUF721 domain-containing protein / Protein of uncharacterized function (DUF721) 分子量: 18403.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: D6U24_04005, ERS013186_02533, ERS013198_03405, ERS013202_01773, ERS013207_01848, F0M16_07320 プラスミド: pET29 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H5ZA06
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.53 % / 解説: Rhombohedral
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate 0.9M Potassium/Sodium Tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.984 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日 / 詳細: KB Mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.984 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→48.26 Å / Num. obs: 21186 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 17.4 % / B_iso Wilson estimate: 102.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.196 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Num. unique obs: 1000 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.9-3.12	19.9	2.36	1.6	0.544	0.541	2.421	71.7
9.97-48.26	16.3	0.035	61.3	1	0.009	0.036	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3 (20-MAY-2020)	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
STARANISO	2.3.24	データスケーリング
PDB_EXTRACT	4	データ抽出
XDS	VERSION Mar 17, 2020	データ削減
MOLREP	Vers 11.7.03; 13.07.2020	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T66

6t66

解像度: 2.9→40.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.87 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.676

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2901	1229	6.05 %	RANDOM
R_work	0.2791	-	-	-
obs	0.2798	20312	54 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 125.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.0139 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.0139 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.0278 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.77 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9311	0	56	0	9367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.005	9491	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.72	12833	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3497	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1662	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9491	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.17
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1274	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7236	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.5902	-	9.83 %
R_work	0.4683	367	-
all	0.4802	407	-
obs	-	-	14.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.795	1.4552	3.9757	10.8359	-1.0653	0	0.2268	0.7799	0.7435	-0.3086	-0.0454	-0.1992	0.7435	-0.1992	-0.1814	-0.4356	0.076	-0.2076	-0.1723	0.0556	-0.304	72.3135	76.1433	-18.2849
2	5.795	1.4552	1.0653	10.8359	3.9757	0	0.2446	-0.5078	-0.7435	-0.5078	-0.426	0.1992	0.7435	-0.1992	0.1814	-0.4356	0.076	-0.0556	-0.1723	-0.2076	0.304	49.7548	40.2159	-20.1253
3	4.5994	-5.0559	-3.9757	3.7161	1.0653	8.3155	-0.2268	-0.7799	-0.7435	0.3086	0.0454	0.1992	0.7435	-0.1992	0.1814	0.2836	0.1872	0.0556	-0.2836	0.2076	0.304	53.3403	78.5602	15.8692
4	10.8359	-1.4552	1.0653	5.795	3.9757	0	0.1361	0.3086	0.7435	-0.7799	0.4082	-0.1992	-0.1992	-0.7435	-0.5442	0.2836	0.1872	-0.0556	-0.2836	-0.2076	0.304	51.2808	30.947	14.8159
5	5.795	1.4552	1.0653	10.8359	3.9757	8.3155	0.1361	0.3086	-0.1992	-0.7799	0.4082	-0.7435	-0.7435	0.1992	-0.5442	0.2836	0.1872	0.0556	-0.2836	0.2076	0.304	60.5047	53.184	20.7322
6	10.8359	-1.4552	1.0653	5.795	3.9757	0	0.1361	-0.7799	0.7435	0.3086	0.4082	-0.1992	-0.7435	0.1992	-0.5442	0.2836	0.1872	-0.0556	-0.2836	-0.2076	0.304	76.5998	25.4963	22.436
7	5.795	1.4552	1.0653	10.8359	3.9757	8.3155	-0.1361	0.7799	0.7435	-0.3086	-0.4082	-0.1992	0.7435	-0.1992	0.5442	0.4356	-0.076	0.0556	0.1723	0.2076	0.304	64.5994	9.0024	56.1549
8	5.795	1.4552	-3.9757	10.8359	1.0653	8.3155	-0.39	0.6333	0.1992	0.1312	-0.1543	0.7435	-0.1992	-0.7435	0.5442	0.1723	0.076	-0.2076	0.4356	0.0556	0.304	60.0944	21.3079	42.9575
9	10.8359	-1.4552	1.0653	5.795	3.9757	8.3155	-0.1719	0.5939	0.1361	-0.4946	-0.2292	0.707	0.7435	-0.1992	0.4011	0.1723	0.076	0.2076	0.4356	-0.0556	0.304	36.6453	28.3696	17.3484
10	10.8359	-1.4552	3.9757	5.795	-1.0653	8.3155	0.6981	-0.0365	0.1992	-0.0365	-0.5167	0.7435	-0.1992	-0.7435	-0.1814	0.1723	0.076	-0.0556	0.4356	-0.2076	0.304	29.2513	49.9155	32.1151
11	5.795	1.4552	1.0653	10.8359	3.9757	8.3155	-0.1895	-0.2161	-0.073	0.1206	0.7337	0.5863	-0.7435	0.1992	-0.5442	0.4356	-0.076	-0.0556	0.1723	-0.2076	0.304	9.4988	42.2691	43.1415
12	10.8359	-1.4552	3.9757	5.795	-1.0653	8.3155	-0.2268	0.3086	-0.1992	-0.7799	0.0454	-0.7435	-0.7435	0.1992	0.1814	-0.4356	0.076	-0.2076	-0.1723	0.0556	-0.304	-9.0419	59.6512	63.4266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|174 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|174 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|175 - A\|207 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|175 - B\|207 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|208 - A\|600 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|208 - B\|600 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ C\|1 - C\|101 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ C\|102 - C\|115 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|116 - C\|160 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ D\|1 - D\|101 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ D\|102 - D\|115 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ D\|116 - D\|160 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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