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- PDB-8a3n: Geissoschizine synthase from Catharanthus roseus - binary complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3n
タイトルGeissoschizine synthase from Catharanthus roseus - binary complex with NADP+
要素Geissoschizine synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / medium-chain alcohol dehydrogenase / iminium reduction / natural product biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


geissoschizine dehydrogenase / geissoschizine dehydrogenase activity / indole alkaloid metabolic process / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / response to silver ion / lignin biosynthetic process / response to jasmonic acid / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Geissoschizine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Langley, C. / Tatsis, E. / Hong, B. / Nakamura, Y. / Kamileen, M.O. / Paetz, C. / Stevenson, C.E.M. / Basquin, J. / Lawson, D.M. / Caputi, L. / O'Connor, S.E.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)788301European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Expansion of the Catalytic Repertoire of Alcohol Dehydrogenases in Plant Metabolism.
著者: Langley, C. / Tatsis, E. / Hong, B. / Nakamura, Y. / Paetz, C. / Stevenson, C.E.M. / Basquin, J. / Lawson, D.M. / Caputi, L. / O'Connor, S.E.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geissoschizine synthase
B: Geissoschizine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9248
ポリマ－79,1752
非ポリマー1,7486
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.383, 100.969, 66.681
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Geissoschizine synthase / CrGS / Alcohol dehydrogenase 14 / CrADH14


分子量: 39587.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Native N-terminal MET is replaced by a GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of the affinity tag
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
遺伝子: GS, ADH14, Caros006689 / プラスミド: POPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): SOLUBL21 / 参照: UniProt: W8JWW7, geissoschizine dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: NULL
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→63.84 Å / Num. obs: 46753 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.056.50.9462212234060.6480.4091.0323.296.8
8.94-63.845.70.1430505390.9640.0640.15417.396.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC5.8.0350精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FI3

5fi3


解像度: 2→63.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.709 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.2123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 2334 5 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
obs0.2067 44395 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.16 Å2 / Biso mean: 27.11 Å2 / Biso min: 12.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å2-0.92 Å2
2--3.44 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→63.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5219 0 100 279 5598
Biso mean--23.98 32.44 -
残基数----703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0125451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.6387376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3541.55811682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3425703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.6841023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.44710878
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021061
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 170 -
Rwork0.401 3225 -
all-3395 -
obs--96.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5867-0.1909-0.92710.56530.21291.669-0.0165-0.0320.0195-0.0740.0873-0.0137-0.12210.128-0.07070.0592-0.0163-0.0210.0246-0.01310.0278-20.511923.9425-1.0001
22.071-0.8098-0.60590.91390.43571.0618-0.0061-0.180.03670.0531-0.0101-0.03520.00040.13680.01620.0139-0.0116-0.00910.04230.00620.0074-3.3349-0.8668-32.3456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 999
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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