PDB-8a3f: Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a3f

タイトル

Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii from isotropic tetragonal data at 3.15 A

要素

Proline racemase A (AsProR)

キーワード

ISOMERASE / pyridoxal 5-phosphate-independent racemase / diaminopimelate epimerase-like (DAPE) fold / stereo inversion / pyrrole 2-carboxylate / Gram-positive bacterium

機能・相同性

proline racemase / 4-hydroxyproline epimerase activity / Proline racemase family / Proline racemase / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / Proline racemase

機能・相同性情報

生物種

Acetoanaerobium sticklandii DSM 519 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Functional analysis of the Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii
著者: Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

履歴

登録	2022年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a3f.cif.gz	496.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a3f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a3f_validation.pdf.gz	808.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a3f_full_validation.pdf.gz	880.8 KB	表示
XML形式データ	8a3f_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	8a3f_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pb3SC 8a4rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Proline racemase A (AsProR)

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
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1

AAA: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

AAA: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Similar to pdb7pb3
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.724, 109.724, 104.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Proline racemase A (AsProR) 分子量: 37942.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: DSMZ (Leibniz Institute, DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH) 由来: (組換発現) Acetoanaerobium sticklandii DSM 519 (バクテリア) 株: ATCC 12662 / DSM 519 / JCM 1433 / NCIMB 10654 / 遺伝子: prdF, CLOST_2228 / 詳細 (発現宿主): pET-29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): lambdaDE3 pLysS / 参照: UniProt: E3PTZ4
#2: 化合物	ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE 分子量: 110.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.26 M Ammonium Sulphate, 100 mM Cacodylate, pH 6.5 at rtp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→109.1 Å / Num. obs: 11620 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.267 / R_pim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 3.15→3.37 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 3.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2048 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 1.335 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7pb3

7pb3

解像度: 3.15→77.707 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 127.441 / SU ML: 0.92 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.733 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3301	690	5.957 %
R_work	0.2657	10893	-
all	0.27	-	-
obs	-	11583	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.476 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.476 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.951 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→77.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5172	0	16	0	5188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.642	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.088	1.579	11764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.552	5	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.592	24.828	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.688	15	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.89	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.235	0.2	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	5.136	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.664	5.136	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.179	7.704	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.179	7.704	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.521	5.221	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.522	5.224	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.974	7.808	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.974	7.812	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.457	65.733	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.456	65.738	6591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.232	0.424	62	0.415	776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.232-3.32	0.347	49	0.347	753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.416	0.395	41	0.381	751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.416-3.521	0.448	38	0.336	735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.521-3.637	0.34	55	0.34	687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.637-3.764	0.374	39	0.302	695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.764-3.906	0.361	49	0.272	660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.906-4.065	0.304	32	0.249	640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.065-4.246	0.2	28	0.2	618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.246-4.453	0.271	35	0.198	596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.453-4.693	0.265	32	0.195	563	X-RAY DIFFRACTION	100
4.693-4.977	0.302	45	0.235	521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.977-5.32	0.381	29	0.262	512	X-RAY DIFFRACTION	100
5.32-5.745	0.327	33	0.281	467	X-RAY DIFFRACTION	100
5.745-6.292	0.327	27	0.296	439	X-RAY DIFFRACTION	100
6.292-7.032	0.444	25	0.271	402	X-RAY DIFFRACTION	100
7.032-8.114	0.442	19	0.241	365	X-RAY DIFFRACTION	100
8-9.924	0.249	29	0.212	300	X-RAY DIFFRACTION	100
9.924-13.978	0.336	15	0.219	254	X-RAY DIFFRACTION	100
13.978-77.707	0.314	8	0.296	159	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8715	-1.4221	0.5066	5.2299	-2.4618	4.6393	-0.0144	-0.2193	-0.6511	-0.1483	0.0795	0.0999	1.3791	0.3087	-0.065	0.9325	0.0896	0.0435	0.7207	0.0652	0.2734	7.931	-26.43	-13.961
2	4.106	0.5341	-0.3623	4.7826	-0.8187	5.61	-0.0326	-0.1908	-1.5569	0.388	-0.1503	-0.2256	2.064	-0.0326	0.1828	1.2695	-0.1367	0.0649	0.6533	-0.0016	0.6011	1.481	-25.735	30.074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 335
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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