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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a3f | ||||||
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タイトル | Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii from isotropic tetragonal data at 3.15 A | ||||||
![]() | Proline racemase A (AsProR) | ||||||
![]() | ISOMERASE / pyridoxal 5-phosphate-independent racemase / diaminopimelate epimerase-like (DAPE) fold / stereo inversion / pyrrole 2-carboxylate / Gram-positive bacterium | ||||||
機能・相同性 | proline racemase / 4-hydroxyproline epimerase activity / Proline racemase family / Proline racemase / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / Proline racemase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional analysis of the Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii 著者: Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 496.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 808.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 880.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pb3SC ![]() 8a4rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37942.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: DSMZ (Leibniz Institute, DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH) 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 12662 / DSM 519 / JCM 1433 / NCIMB 10654 / 遺伝子: prdF, CLOST_2228 / 詳細 (発現宿主): pET-29a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.26 M Ammonium Sulphate, 100 mM Cacodylate, pH 6.5 at rtp |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→109.1 Å / Num. obs: 11620 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.267 / Rpim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.37 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 3.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2048 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 1.335 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7pb3 解像度: 3.15→77.707 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 127.441 / SU ML: 0.92 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.733 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 127.154 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→77.707 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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