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万見
- PDB-8a3c: Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3c
タイトルNudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.9 (insect cell expressed VLPs)
要素p70
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ICOSAHEDRAL VIRUS / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / VIRUS MATURATION / VIRUS-LIKE PARTICLE
機能・相同性Peptidase N2 / Peptidase family A21 / virion component / Viral coat protein subunit / p70
機能・相同性情報
生物種Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Castells-Graells, R. / Hesketh, E.L. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L014130/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9794 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Unraveling the maturation pathway of a eukaryotic virus through cryo-EM.
著者: Roger Castells-Graells / Emma L Hesketh / Tsutomu Matsui / John E Johnson / Neil A Ranson / David M Lawson / George P Lomonossoff /
要旨: Virus maturation is a fundamental biological process involving large-scale structural reorganizations that drive functional activation and lead to infectivity. Understanding the steps from the ...Virus maturation is a fundamental biological process involving large-scale structural reorganizations that drive functional activation and lead to infectivity. Understanding the steps from the initial procapsid assembly to mature virions is essential, both for comprehending viral life cycles and for developing antiviral therapies. However, capturing these steps has been challenging due to the transient and elusive nature of intermediate states. The nonenveloped, T = 4, ssRNA-containing, omega virus (NωV) is a highly accessible model system that exemplifies the maturation process of a eukaryotic virus. During maturation, the particle shrinks in outer diameter from 482 Å (pH 7.6) to 428 Å (pH 5.0). It is possible to mimic the maturation process in vitro by lowering the pH of a population of procapsids produced in heterologous systems. Indeed, by controlling the pH in vitro, it is possible to produce homogenous populations of intermediate NωV virus-like particles (VLPs) that occur too fleetingly to be observed in vivo. Here, we report structural models, based on cryoelectron microscopy (cryo-EM), of five intermediates in the NωV maturation process. The structures of the intermediate particles reveal unique, quaternary position-dependent trajectories and refolding of subunit N and C-terminal regions, including the formation of the autocatalytic cleavage site at N570. The detailed structures reported here, coupled with previously determined structures of the procapsids and mature particles, allow the maturation pathway to be described in detail for a eukaryotic virus.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年12月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月28日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update
改定 1.22026年3月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p70
B: p70
C: p70
D: p70


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,5684
ポリマ－279,5684
非ポリマー00
水00
1
A: p70
B: p70
C: p70
D: p70
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,774,069240
ポリマ－16,774,069240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
p70


分子量: 69891.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Sf21 cell line / 参照: UniProt: Q4TVS9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: VIRUS / 詳細: expressed in Spodoptera frugiperda Sf21 cells / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 16.76 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf21
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Gonimbrasia cytherea
ウイルス殻名称: coat / 直径: 460 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 5.9 / 詳細: NULL
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: NULL
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 46 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10010 / 詳細: NULL

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.3粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8Coot0.9モデルフィッティング
10RELION3.0.3初期オイラー角割当
11RELION3.0.3最終オイラー角割当
12RELION3.0.3分類
13RELION3.0.3３次元再構成
14PHENIX1.20rc4モデル精密化
画像処理詳細: NULL
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38792 / 詳細: NULL / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 233 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 7ANM

7anm


Accession code: 7ANM / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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