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万見
- PDB-8a39: Crystal Structure of PaaX from Escherichia coli W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a39
タイトルCrystal Structure of PaaX from Escherichia coli W
要素DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
キーワードTRANSCRIPTION / Phenylacetic acid aerobic degradation / Regulator / Transcriptional Repressor
機能・相同性Phenylacetic acid degradation operon negative regulatory protein PaaX / PaaX-like, C-terminal / PaaX-like protein C-terminal domain / PaaX-like, N-terminal / PaaX-like protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA-templated transcription / DNA binding / DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli W (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Molina, R. / Alba-Perez, A. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-115331GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of PaaX, the main repressor of the phenylacetate degradation pathway in Escherichia coli W: A novel fold of transcription regulator proteins.
著者: Hernandez-Rocamora, V.M. / Molina, R. / Alba, A. / Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Panjikar, S. / Medina, A. / Uson, I. / Alfonso, C. / Galan, B. / Rivas, G. / Hermoso, J.A. / Sanz, J.M.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_planes / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_validate_planes.type / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.02023年10月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
解説: Sequence discrepancy
詳細: C168, C264 and C312 residues from the wild type were substituted by Alanines for crystallization purposes
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
BP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
CP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,94217
ポリマ－105,6253
非ポリマー1,31714
水3,261181
1
AP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
ヘテロ分子

CP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
  • 71.4 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,35812
ポリマ－70,4172
非ポリマー94110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
2
BP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
ヘテロ分子

BP1: DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 71.2 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,16910
ポリマ－70,4172
非ポリマー7538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)167.883, 106.234, 85.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.328, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 306 / Label seq-ID: 2 - 306

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AP1A
d_2BP1B
d_3CP1C

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.994050303202, -0.10292679488, 0.0356380358573), (0.0302523624939, 0.0534209046485, 0.998113721732), (-0.104636462419, 0.993253382497, -0.0499892877541)72.3430418283, 6.55966096298, 46.3744159741
2given(-0.995603059248, -0.0224720476783, -0.0909370963361), (0.012280629208, -0.993731582037, 0.111115835991), (-0.0928640649721, 0.109510501483, 0.989638174032)92.8856747584, 44.7463084118, 1.16954322029

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding transcriptional repressor of phenylacetic acid degradation, aryl-CoA responsive


分子量: 35208.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli W (大腸菌) / 遺伝子: paaX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024L404
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9 M lithium sulfate 0.5 M sodium citrate pH 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→88.4 Å / Num. obs: 63596 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Num. unique obs: 796 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3→44.2 Å / SU ML: 0.3344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 956 1.51 %
Rwork0.1966 62279 -
obs0.1973 63235 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7194 0 77 181 7452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00777425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.273810067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06761116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01421281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.67421013
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAP1X-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.71064979623
ens_1d_3AAP1X-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.57324905187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.38281230.28438880X-RAY DIFFRACTION99.59
2.42-2.570.27821290.23748860X-RAY DIFFRACTION99.57
2.57-2.770.25511540.21368890X-RAY DIFFRACTION99.63
2.77-3.050.281510.2118871X-RAY DIFFRACTION99.59
3.05-3.490.21861290.17918864X-RAY DIFFRACTION99.5
3.49-4.40.21481230.17148960X-RAY DIFFRACTION99.54
4.4-44.20.22611470.19388954X-RAY DIFFRACTION98.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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