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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a33 | ||||||
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Title | Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (light state) | ||||||
![]() | Sensory box protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Batra-Safferling, R. / Granzin, J. / Krauss, U. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (light state) Authors: Batra-Safferling, R. / Granzin, J. / Krauss, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 86.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 54.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 723.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 724.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3sw1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18617.764 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K117E Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: K117E ENGINEERED MUTATION / Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 Gene: PP_4629 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q88E39 |
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#2: Chemical | ChemComp-JGC / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10 / Details: 0.1 M Glycine, 20 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2018 |
Radiation | Monochromator: Silicon (1 1 1) channel-cut / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→47.05 Å / Num. obs: 4623 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 118.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.13 Å / Redundancy: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 706 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.45 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3SW1 Resolution: 2.95→46.01 Å / SU ML: 0.5838 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 39.7683 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 136.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→46.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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