PDB-8a2n: Structure of crocagin biosynthetic protein CgnD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a2n

タイトル

Structure of crocagin biosynthetic protein CgnD

要素

CgnD

キーワード

HYDROLASE / crocagin / RiPP / Protease

機能・相同性

SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / SGNH/GDSL hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Chondromyces crocatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Adam, S. / Koehnke, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Unusual peptide-binding proteins guide pyrroloindoline alkaloid formation in crocagin biosynthesis.
著者: Adam, S. / Zheng, D. / Klein, A. / Volz, C. / Mullen, W. / Shirran, S.L. / Smith, B.O. / Kalinina, O.V. / Muller, R. / Koehnke, J.

履歴

登録	2022年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a2n.cif.gz	438.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a2n.ent.gz	306.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a2n_validation.pdf.gz	467 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a2n_full_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示
XML形式データ	8a2n_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8a2n_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zsuC 6zsvC 7pd7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: CgnD

A: CgnD

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.480, 102.060, 150.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	CgnD 分子量: 39090.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein underwent reductive lysine methylation prior to crystallization. 由来: (組換発現) Chondromyces crocatus (バクテリア) 遺伝子: CMC5_025550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1EC25
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.5 and 30% PEG 5000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97833 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97833 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→39.56 Å / Num. obs: 30717 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique obs: 2158 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	Autosol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→39.56 Å / SU ML: 0.2177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.677
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	1576	5.14 %
R_work	0.1715	29082	-
obs	0.1742	30658	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4820	0	10	251	5081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0145	4956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5314	6705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0724	728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0122	845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.719	772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.43	0.2677	129	0.1873	2558	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.43-2.51	0.2457	151	0.1766	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.51-2.61	0.2598	135	0.1725	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.61-2.73	0.269	137	0.177	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.73-2.88	0.2347	141	0.1788	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.88-3.06	0.2094	123	0.1852	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.06-3.29	0.2647	166	0.1774	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.62	0.2151	123	0.164	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.62-4.15	0.168	143	0.1495	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-5.22	0.1872	174	0.149	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.22-39.56	0.2472	154	0.1979	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.11459550499	-0.273375947741	-0.310910885776	1.19766972069	-0.54347575939	0.777585523002	0.086957639846	-0.101969006349	0.418115329201	-0.394463541114	-0.0756455839327	0.0710495360452	-0.610911737204	-0.0195767315562	0.0888210051336	0.295898884685	0.00976971412026	0.0202130818686	0.206770806421	-0.0579302772318	0.342886848189	102.260503416	131.724574381	177.66988451
2	2.25095634172	0.557001159323	0.207619545486	3.03718243302	0.122040874322	2.6476013963	-0.0476457935662	-0.164681529469	-0.134420070569	0.192954299291	0.0843213996689	-0.343375882415	0.264047060982	0.40471814338	-0.0139362274073	0.156620729013	0.0695389628173	-0.0048955864174	0.262801357713	-0.0172949984958	0.14509198308	106.484864397	113.837988057	184.271266492
3	1.00686467591	-0.528880748211	-0.0554609786975	0.974634008934	0.38621236592	1.51024558954	0.0730397771697	0.0504942627063	-0.0184713341693	-0.113375094032	-0.0673882955274	0.0925635871903	0.124011611891	-0.25776908269	0.0355664589489	0.237673736057	0.0170550325789	0.0187798884637	0.242038075562	0.00124909673242	0.260064782588	86.7534893334	113.51679123	175.258031476
4	2.41273157134	2.91761710972	1.26282879461	4.6851566541	2.674012851	1.86115128109	-0.377919100389	0.166515886792	0.648830800242	-0.726268995762	0.024574332478	0.555592500486	-0.731593773066	-0.397473150581	0.343476312892	0.357478163958	0.0438554679331	-0.01045009841	0.331617218989	-0.00175033020985	0.44154014513	85.0396903238	132.705442458	183.439471044
5	2.51200611817	0.633901747887	0.634555076801	2.65571664738	0.15995237965	1.67715057616	-0.0482636433661	-0.374344085677	-0.0129096948979	0.112901987038	-0.01186983342	-0.0399170075277	0.13987875023	-0.237399586697	0.0686693665432	0.191181138424	-0.0120391032224	0.0382470505497	0.267648309324	-0.0278432320209	0.141543312863	88.3994325819	117.280360418	190.871285455
6	1.553844028	-0.845230533921	0.303121984734	2.61214492283	1.04690976052	2.90546709398	0.0501802787488	0.145666822972	-0.202356054422	0.0313654808808	-0.211101860039	0.359867268607	0.299330731037	-0.497443430251	0.0680970702667	0.136362122214	-0.0500778182294	0.0285502583709	0.210905691277	-0.0529509446197	0.186845691614	90.7653406279	97.3010927465	152.700223612
7	1.68369423793	1.04487670069	-0.588926404076	2.24540388827	0.698709652749	2.34737687383	0.0227924350137	0.0467850717865	0.112021917917	0.0518712133682	0.133203179854	-0.159922043442	-0.0383919227274	0.169898390141	-0.152152624779	0.200078714025	0.0712416661263	0.0253015277903	0.212570303678	-0.0434325147933	0.255951665176	108.246170999	105.165927428	161.816757637
8	1.33602680786	-0.0682961587225	0.511042495969	1.77419869658	0.839635895722	3.48053019428	0.00389362134425	0.168669201965	-0.179081424796	0.079452939563	0.138664721139	-0.245481659002	0.196956100055	0.377644276577	-0.168339179541	0.216796293504	0.0675363872479	0.0154190270674	0.239112902065	-0.0669656798783	0.274554748002	108.946380303	91.2240075981	148.898249689

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 34 )	B	A	1 - 34	1 - 34
2	2	chain 'B' and (resid 35 through 140 )	B	A	35 - 140	35 - 140
3	3	chain 'B' and (resid 141 through 256 )	B	A	141 - 256	141 - 219
4	4	chain 'B' and (resid 257 through 283 )	B	A	257 - 283	220 - 237
5	5	chain 'B' and (resid 284 through 347 )	B	A	284 - 347	238 - 301
6	6	chain 'A' and (resid 7 through 128 )	A	B	7 - 128	1 - 124
7	7	chain 'A' and (resid 129 through 236 )	A	B	129 - 236	125 - 199
8	8	chain 'A' and (resid 237 through 347 )	A	B	237 - 347	200 - 301

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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