PDB-8a2m: X-ray structure of Ru(bpy)3]2+ complex (Ru1)-encapsulated human h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a2m

タイトル

X-ray structure of Ru(bpy)3]2+ complex (Ru1)-encapsulated human heavy chain ferritin

要素

Ferritin heavy chain, N-terminally processed

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / human ferritin / heavy chain / antimicrobial peptide / encapsulation / SDS

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: A new and efficient procedure to load bioactive molecules within the human heavy-chain ferritin nanocage.
著者: Lucignano, R. / Stanzione, I. / Ferraro, G. / Di Girolamo, R. / Cane, C. / Di Somma, A. / Duilio, A. / Merlino, A. / Picone, D.

履歴

登録	2022年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a2m.cif.gz	66.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a2m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a2m_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a2m_full_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示
XML形式データ	8a2m_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	8a2m_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a2lC 8a5nC 5n27S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (13) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferritin heavy chain, N-terminally processed

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
523 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.770, 183.770, 183.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-203- MG
2	1	AAA-204- MG
3	1	AAA-212- CL
4	1	AAA-218- FE
5	1	AAA-334- HOH
6	1	AAA-577- HOH
7	1	AAA-578- HOH
8	1	AAA-597- HOH
9	1	AAA-618- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain, N-terminally processed 分子量: 21181.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02794
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.0 M magnesium chloride, 0.1 M bicine buffer pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→106.1 Å / Num. obs: 37411 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.57→1.59 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1836 / CC_1/2: 0.846 / R_pim(I) all: 0.38 / R_rim(I) all: 0.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5n27

5n27

解像度: 1.57→105.622 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.183 / WR_factor R_work: 0.156 / SU B: 1.235 / SU ML: 0.043 / Average fsc free: 0.9497 / Average fsc work: 0.9544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1904	1879	5.032 %
R_work	0.1602	35459	-
all	0.162	-	-
obs	-	37338	99.245 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→105.622 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	18	326	1768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.774	1.639	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.574	1.593	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.612	5	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.155	24.13	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.522	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.09	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.324	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.192	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.097	1.937	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.076	1.931	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.296	2.884	920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.28	2.881	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.691	2.261	795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.689	2.262	796
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.597	3.264	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.597	3.265	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.488	25.705	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.984	23.811	1833

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.57-1.611	0.275	137	0.227	2571	0.229	2713	0.889	0.9	99.8157	0.212
1.611-1.655	0.228	130	0.208	2530	0.209	2666	0.919	0.923	99.7749	0.188
1.655-1.703	0.217	132	0.208	2452	0.208	2591	0.936	0.93	99.7298	0.183
1.703-1.755	0.196	117	0.2	2385	0.2	2514	0.947	0.942	99.5227	0.171
1.755-1.813	0.185	108	0.179	2300	0.179	2422	0.957	0.957	99.422	0.147
1.813-1.876	0.217	128	0.181	2239	0.183	2382	0.942	0.952	99.3703	0.149
1.876-1.947	0.196	114	0.177	2139	0.178	2275	0.948	0.952	99.033	0.145
1.947-2.027	0.203	122	0.167	2058	0.169	2202	0.953	0.961	99.0009	0.138
2.027-2.117	0.169	125	0.148	1971	0.149	2122	0.968	0.971	98.7747	0.122
2.117-2.22	0.176	87	0.137	1912	0.138	2025	0.963	0.977	98.716	0.118
2.22-2.34	0.164	107	0.137	1808	0.139	1950	0.969	0.976	98.2051	0.12
2.34-2.482	0.173	86	0.148	1731	0.149	1839	0.966	0.971	98.8037	0.135
2.482-2.653	0.2	75	0.152	1634	0.154	1740	0.96	0.968	98.2184	0.144
2.653-2.866	0.197	83	0.154	1520	0.156	1621	0.961	0.969	98.8896	0.151
2.866-3.139	0.171	83	0.153	1419	0.154	1509	0.968	0.972	99.5361	0.154
3.139-3.509	0.186	67	0.15	1311	0.152	1382	0.977	0.974	99.7106	0.16
3.509-4.051	0.193	60	0.133	1161	0.135	1225	0.962	0.978	99.6735	0.156
4.051-4.96	0.146	57	0.127	998	0.128	1056	0.981	0.983	99.9053	0.157
4.96-7.007	0.248	38	0.204	815	0.206	853	0.947	0.96	100	0.248
7.007-105.622	0.269	23	0.225	505	0.226	534	0.944	0.955	98.8764	0.278

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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