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- PDB-8a2j: human STING in complex with 2'-3'-cyclic-GMP-7-deaza(4-biphenylyl)-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a2j
タイトルhuman STING in complex with 2'-3'-cyclic-GMP-7-deaza(4-biphenylyl)-AMP
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / STING / cyclic dinucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KWO / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Vavrina, Z. / Brynda, J. / Rezacova, P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Biochemical and Biological Evaluation of Novel 7-Deazapurine Cyclic Dinucleotide Analogues as STING Receptor Agonists.
著者: Vavrina, Z. / Perlikova, P. / Milisavljevic, N. / Chevrier, F. / Smola, M. / Smith, J. / Dejmek, M. / Havlicek, V. / Budesinsky, M. / Liboska, R. / Vanekova, L. / Brynda, J. / Boura, E. / ...著者: Vavrina, Z. / Perlikova, P. / Milisavljevic, N. / Chevrier, F. / Smola, M. / Smith, J. / Dejmek, M. / Havlicek, V. / Budesinsky, M. / Liboska, R. / Vanekova, L. / Brynda, J. / Boura, E. / Rezacova, P. / Hocek, M. / Birkus, G.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0213
ポリマ－54,1952
非ポリマー8261
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.290, 116.910, 35.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 153 and (name N or name...
21(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEPHEPHE(chain A and ((resid 153 and (name N or name...AA15315
12GLYGLYGLUGLU(chain A and ((resid 153 and (name N or name...AA151 - 33713 - 199
13GLYGLYGLUGLU(chain A and ((resid 153 and (name N or name...AA151 - 33713 - 199
14GLYGLYGLUGLU(chain A and ((resid 153 and (name N or name...AA151 - 33713 - 199
15GLYGLYGLUGLU(chain A and ((resid 153 and (name N or name...AA151 - 33713 - 199
21PHEPHEPROPRO(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...BB153 - 17315 - 35
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...BB17436
23PHEPHEGLUGLU(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...BB153 - 33715 - 199
24PHEPHEGLUGLU(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...BB153 - 33715 - 199
25PHEPHEGLUGLU(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...BB153 - 33715 - 199
26PHEPHEGLUGLU(chain B and (resid 153 through 173 or (resid 174...BB153 - 33715 - 199

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 27097.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-KWO / 2-azanyl-9-[(1~{R},6~{R},8~{R},9~{R},10~{S},15~{R},17~{R},18~{R})-8-[4-azanyl-5-(4-phenylphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-3,9,12,18-tetrakis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-1~{H}-purin-6-one / 2-azanyl-9-[(1~{R},6~{R},8~{R},9~{R},10~{S},15~{R},17~{R},18~{R})-8-[4-azanyl-5-(4-phenylphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-3,9,12,18-tetrakis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-1~{H}-purin-6-one


分子量: 825.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H33N9O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM citric acid, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→36.02 Å / Num. obs: 21423 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.417 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 0.787 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.64.8051.8690.799888244020580.5262.07784.3
2.6-2.785.1671.1211.3811115229921510.71.24293.6
2.78-35.5870.6872.2711521213720620.8720.75996.5
3-3.295.9310.3544.4311648198219640.940.38899.1
3.29-3.676.0570.2297.5610666178417610.9750.25198.7
3.67-4.245.6810.15211.758954160715760.9850.16798.1
4.24-5.184.3240.10214.635889139813620.9920.11697.4
5.18-7.285.6030.13512.496119109910920.9880.14999.4
7.28-36.025.6930.05822.9836896656480.9980.06397.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KSY

4ksy


解像度: 2.32→36.02 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 888 4.98 %
Rwork0.2245 16932 -
obs0.2264 17820 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.68 Å2 / Biso mean: 54.453 Å2 / Biso min: 30.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→36.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 57 92 2916
Biso mean--51.88 55.8 -
残基数----364
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1437X-RAY DIFFRACTION12.049TORSIONAL
12B1437X-RAY DIFFRACTION12.049TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.32-2.470.29691410.23252722286397
2.47-2.660.32251410.23592748288998
2.66-2.920.31971510.243227952946100
2.92-3.350.25171460.210228182964100
3.35-4.210.25451560.204228473003100
4.21-36.020.23581530.23683002315599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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