PDB-8a2f: Crystal Structure of Ljunganvirus 1 2A protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a2f

タイトル

Crystal Structure of Ljunganvirus 1 2A protein

要素

2A protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / 2A protein / unknown function / NlpC/P60 protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / picornain 3C / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ljunganvirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

von Castelmur, E. / Zhu, L. / Wang, X. / Fry, E. / Ren, J. / Perrakis, A. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural plasticity of 2A proteins in the Parechovirus family
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a2f.cif.gz	146.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a2f.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a2f_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a2f_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	8a2f_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	8a2f_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a2gC 7ztwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (11)

登録構造単位

A: 2A protein

B: 2A protein

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.790, 58.480, 110.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 1 - 122 / Label seq-ID: 4 - 125

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	2A protein 分子量: 16542.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljunganvirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JV21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 27964 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1979

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ZTW

7ztw

解像度: 1.73→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 5.003 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	1448	5.249 %
R_work	0.1803	26140	-
all	0.182	-	-
obs	-	27588	99.92 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.949 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.219 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.259 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1961	0	0	104	2065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	1.621	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.599	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.909	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.613	15.556	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.554	10.144	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.818	10	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.278	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.741	2.829	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.725	2.829	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.086	4.214	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.086	4.218	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.974	3.182	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.971	3.184	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.72	4.601	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.718	4.604	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.206	41.174	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.214	41.01	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.111	0.05	3673

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11125	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11125	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.775	0.276	109	0.283	1867	X-RAY DIFFRACTION	99.798
1.775-1.823	0.284	121	0.248	1839	X-RAY DIFFRACTION	99.8981
1.823-1.876	0.225	105	0.223	1781	X-RAY DIFFRACTION	99.947
1.876-1.934	0.21	102	0.198	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.8915
1.934-1.997	0.239	87	0.196	1722	X-RAY DIFFRACTION	99.7794
1.997-2.067	0.224	84	0.189	1643	X-RAY DIFFRACTION	99.8843
2.067-2.145	0.222	88	0.182	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.145-2.233	0.238	79	0.178	1539	X-RAY DIFFRACTION	99.9382
2.233-2.332	0.197	73	0.165	1505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.445	0.23	68	0.163	1407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.445-2.577	0.174	72	0.18	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.733	0.232	75	0.175	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.733-2.922	0.222	70	0.188	1208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.922-3.155	0.209	73	0.198	1113	X-RAY DIFFRACTION	100
3.155-3.455	0.215	65	0.193	1054	X-RAY DIFFRACTION	99.9107
3.455-3.861	0.227	53	0.176	943	X-RAY DIFFRACTION	99.8997
3.861-4.454	0.222	47	0.149	857	X-RAY DIFFRACTION	100
4.454-5.447	0.143	34	0.159	739	X-RAY DIFFRACTION	100
5.447-7.666	0.318	26	0.194	588	X-RAY DIFFRACTION	99.8374
7.666-50	0.157	17	0.177	358	X-RAY DIFFRACTION	99.2063

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1124	-0.413	-0.2167	3.3407	1.2544	1.9093	-0.0206	-0.0999	0.1363	0.0617	0.0102	-0.1589	-0.0809	0.0759	0.0104	0.0097	-0.0027	-0.0041	0.0131	-0.0016	0.0731	15.4069	2.0784	4.9527
2	2.4244	0.0431	-0.169	2.0507	0.3903	3.5838	0.0369	0.3819	0.0821	-0.286	-0.0156	-0.1071	-0.1642	0.0877	-0.0212	0.0481	0.0184	0.0205	0.1052	0.0276	0.0129	16.9106	-8.7517	-18.7993

精密化 TLSグループ

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