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- PDB-8a28: Structure of the astacin zymogen of LAST-MAM from Limulus polyphemus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a28
タイトルStructure of the astacin zymogen of LAST-MAM from Limulus polyphemus
要素Metalloendopeptidase
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Astacin-like metallopeptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Metalloendopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Limulus polyphemus (カブトガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Guevara, T. / Rodriguez Banqueri, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Zymogenic latency in an ∼250-million-year-old astacin metallopeptidase.
著者: Guevara, T. / Rodriguez-Banqueri, A. / Stocker, W. / Becker-Pauly, C. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metalloendopeptidase
B: Metalloendopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6199
ポリマ－87,0242
非ポリマー5967
水4,125229
1
A: Metalloendopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6944
ポリマ－43,5121
非ポリマー1823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metalloendopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9265
ポリマ－43,5121
非ポリマー4144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.83, 47.57, 236.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 102.91, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metalloendopeptidase


分子量: 43511.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 遺伝子: astl-mam / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: B4F320, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

-
非ポリマー , 6種, 236分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Optimal crystals of protein at ~6.8 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.0 were obtained at 20 degrees with 0.1 M bicine pH 9.0, 10% polyethylene glycol (PEG) 40,000, 2% dioxane as the reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97244 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→76.8 Å / Num. obs: 49732 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.431 / Num. unique obs: 45644 / CC1/2: 0.594 / Rrim(I) all: 1.564 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.4→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 741 -RANDOM
Rwork0.2534 ---
obs0.2538 49729 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 77.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.5518 Å20 Å2-3.5129 Å2
2--7.1832 Å20 Å2
3----20.735 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4801 0 32 229 5062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0144963HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.266728HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2218SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes854HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4963HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion597SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3497SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.34
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.42 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.6035 30 -
Rwork0.4239 --
obs0.4278 1345 93.5 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.11860.3136-0.16758.06810.35650.05930.08440.0089-0.54230.0089-0.0919-0.393-0.5423-0.3930.0075-0.04780.21780.2061-0.33580.04830.00477.48621.7456.2774
24.0739-0.4017-0.6686.3343-0.17313.82310.123-0.9225-0.1034-0.9225-0.06180.0637-0.10340.0637-0.06120.04870.20790.1783-0.30050.1027-0.115417.542811.296347.539
33.9337-0.2619-0.20756.6947-1.42943.08060.1253-0.35920.1414-0.3592-0.0286-0.23150.1414-0.2315-0.0966-0.07870.19430.0656-0.30730.012-0.093814.5884-8.426555.8585
47.5587-8.84695.100233.2617-0.22821.941-0.12560.28610.17330.28610.53260.68030.17330.6803-0.40711.1147-0.25860.3966-0.17550.0694-0.319127.4084-5.727815.7837
53.9122-0.2932-3.48749.5836-2.804431.2145-0.34862.07891.51622.07890.6784-1.11351.5162-1.1135-0.32981.1537-0.08250.3164-0.12540.0196-0.360731.05022.2984-19.1635
69.417-2.969-1.533711.33870.45093.6210.5098-0.4162-0.3291-0.4162-0.2961-0.3873-0.3291-0.3873-0.2138-0.19930.19680.0902-0.25060.09580.119735.572535.287662.1002
76.3602-0.7457-1.54853.55930.4843.555-0.22660.76460.46180.76460.02980.24990.46180.24990.19690.11550.28430.1737-0.10140.18940.180635.801421.554670.918
88.1436-0.3943-1.10225.46881.52832.1525-0.02040.2884-0.19420.28840.1144-0.052-0.1942-0.052-0.094-0.15090.18750.0797-0.2036-0.03560.185848.094237.120362.8804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|22 - 56 }A22 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2{A|57 - 149 }A57 - 149
3X-RAY DIFFRACTION2{A|57 - 149 }A501
4X-RAY DIFFRACTION3{A|150 - 244 }A150 - 244
5X-RAY DIFFRACTION4{A|245 - 256 }A245 - 256
6X-RAY DIFFRACTION5{A|257 - 403 }A257 - 403
7X-RAY DIFFRACTION6{B|22 - 56 }B22 - 56
8X-RAY DIFFRACTION7{B|57 - 149 }B57 - 149
9X-RAY DIFFRACTION7{B|57 - 149 }B501
10X-RAY DIFFRACTION8{B|150 - 246 }B150 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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