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万見
- PDB-8a25: Lysophospholipase PlaA from Legionella pneumophila str. Corby - c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a25
タイトルLysophospholipase PlaA from Legionella pneumophila str. Corby - complex with PEG fragment
要素Lysophospholipase A
キーワードHYDROLASE / phospholipase / virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / IODIDE ION / MALONIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Lysophospholipase A
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila str. Corby (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Diwo, M.G. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG FL359/6-1/2 (SPP 1580) ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG FL359/10-1 (SPP 2225) ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2024
タイトル: Structure-function relationships underpin disulfide loop cleavage-dependent activation of Legionella pneumophila lysophospholipase A PlaA.
著者: Hiller, M. / Diwo, M. / Wamp, S. / Gutsmann, T. / Lang, C. / Blankenfeldt, W. / Flieger, A.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysophospholipase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6476
ポリマ－35,0721
非ポリマー5755
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.238, 82.238, 68.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysophospholipase A


分子量: 35072.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila str. Corby (バクテリア)
遺伝子: NCTC12000_02489 / プラスミド: pGP172 plaACorby (-SP)* / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A378KFD4, phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase

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非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 14.7% (w/v) PEG3350, 1% (w/v) PEG 1K, 0.5% (w/v) PEG200, 8.9% (v/v) Tacsimate pH 5, 200 mM NH4I, 1 mM CaCl2 and 1 mM MgCl2; cryoprotection and iodide soaking for iodide-SAD: 10% (v/v) (2R,3R)- ...詳細: 14.7% (w/v) PEG3350, 1% (w/v) PEG 1K, 0.5% (w/v) PEG200, 8.9% (v/v) Tacsimate pH 5, 200 mM NH4I, 1 mM CaCl2 and 1 mM MgCl2; cryoprotection and iodide soaking for iodide-SAD: 10% (v/v) (2R,3R)-(-)-2,3-butandiole, 16% (w/v) PEG3350, 6% (v/v) Tacsimate pH 5, 200 mM NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.3778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→71.22 Å / Num. obs: 27102 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 26.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 28.6 / Num. measured all: 519071
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.8319.71.1928043640890.8330.2741.2232.5100
5.48-71.2219.10.0251883298510.0060.02599.499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.73→71.22 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 1313 4.85 %
Rwork0.1578 25760 -
obs0.159 27073 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.75 Å2 / Biso mean: 37.949 Å2 / Biso min: 17.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→71.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2263 0 59 168 2490
Biso mean--54.67 39.99 -
残基数----289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.73-1.80.28281370.233829643101100
1.8-1.880.2671580.214629313089100
1.88-1.980.2381460.201729553101100
1.98-2.110.19531100.16392466257683
2.11-2.270.19181340.15982371250581
2.27-2.50.20891490.14829723121100
2.5-2.860.18841670.157529603127100
2.86-3.60.17791690.153929953164100
3.6-71.220.14951430.144431463289100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8357-0.1479-0.58473.1009-0.34973.83180.0357-0.09960.238-0.1702-0.04770.0573-0.24730.3103-0.00930.2445-0.0101-0.020.1988-0.03750.2005-23.04192.82388.2379
22.2631-1.6192-0.09994.36841.84463.4792-0.0812-0.05510.00860.33660.1122-0.16140.33370.4576-0.03780.2470.03-0.02360.2642-0.0160.178-18.7783-9.30820.256
31.4188-0.5384-0.83733.5557-0.10513.2690.04610.01020.1297-0.1302-0.0306-0.1998-0.17410.56740.00350.246-0.0095-0.02890.3268-0.01640.207-15.77350.04356.4335
41.5768-2.7971.16246.02380.30016.6734-0.0581-0.3465-0.65770.6648-0.21050.92870.4626-0.79930.22330.3418-0.01690.08140.3351-0.0950.391-35.6011-3.807317.7124
53.1953-0.0231-1.03964.10380.31844.81730.0408-0.04350.3030.1531-0.04180.1721-0.71960.0052-0.02070.31380.0124-0.03470.1815-0.03840.2924-28.647311.289312.0177
63.38781.0922-0.345.2326-0.21652.1019-0.0057-0.14130.18880.4712-0.00340.5250.0042-0.2522-0.00830.2140.0438-0.01730.1956-0.04810.2292-40.5368-1.79398.8052
71.76981.98070.82228.35941.02042.2879-0.01340.0231-0.0135-0.1390.01270.25620.2013-0.07210.02610.18810.0347-0.01160.2065-0.03210.2214-32.8509-7.81853.7263
82.2954-0.5980.89625.4547-0.6442.72-0.18490.22310.4729-0.35430.02350.8018-0.1498-0.308-0.0630.23470.0309-0.11470.2268-0.00910.331-41.2942-3.5804-0.8455
92.2277-1.26040.73676.2701-0.11471.6435-0.03320.3034-0.0118-0.492-0.09580.47960.03860.04830.11050.31990.005-0.02950.20480.02710.1954-28.6957-4.8573-5.8832
103.0005-0.36170.10494.73760.49131.49540.0921-0.4161-0.2525-0.08640.11050.49040.96040.2258-0.06080.45650.0584-0.06820.213-0.00340.3409-27.2501-22.411310.7582
112.3871-1.21830.97585.231-0.08793.90390.00480.0116-0.28260.0271-0.16650.28920.37430.32580.12730.33210.0475-0.01950.2567-0.0230.2638-22.6265-19.761812.0422
121.9662-1.25250.16993.0612-0.60183.93330.12710.28860.2597-0.4023-0.2022-0.074-0.29990.63870.02820.3006-0.0177-0.0230.27580.01720.2012-19.09770.1955-3.711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 35 )A20 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 55 )A36 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 81 )A56 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 82 through 101 )A82 - 101
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 125 )A102 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 159 )A126 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 160 through 184 )A160 - 184
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 185 through 209 )A185 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 210 through 234 )A210 - 234
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 235 through 255 )A235 - 255
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 256 through 284 )A256 - 284
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 285 through 308 )A285 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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