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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a1h | ||||||
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タイトル | Bacterial 6-4 photolyase from Vibrio cholerase | ||||||
要素 | 6-4 photolyase (FeS-BCP, CryPro) | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Enzyme / iron-sulfur cluster / DNA-repair / photoreceptor | ||||||
機能・相同性 | Photolyase PhrB-like / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Chem-DLZ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cryptochrome/photolyase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Essen, L.-O. / Emmerich, H.J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Photochem.Photobiol. / 年: 2023 タイトル: Structural and Functional Analysis of a Prokaryotic (6-4) Photolyase from the Aquatic Pathogen Vibrio Cholerae † . 著者: Emmerich, H.J. / Schneider, L. / Essen, L.O. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. 著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams / 要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a1h.cif.gz | 418.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a1h.ent.gz | 283.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a1h_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a1h_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a1h_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a1h_validation.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4djaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61669.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0809 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): N-terminal fusion to histidine tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9KLD7 |
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-非ポリマー , 9種, 651分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-DLZ / | ||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||||||
#5: 化合物 | ChemComp-EPE / | ||||||||
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 化合物 | ChemComp-NA / #9: 化合物 | ChemComp-CL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.5 ammonium sulfate and 12% (v/v) glycerol, 6.25 mg/ml Vc6-4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月26日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→34.6 Å / Num. obs: 108011 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06137 / Rpim(I) all: 0.01912 / Rrim(I) all: 0.06433 / Net I/σ(I): 25.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7395 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique obs: 10661 / CC1/2: 0.844 / CC star: 0.957 / Rpim(I) all: 0.2609 / Rrim(I) all: 0.7853 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DJA 解像度: 1.65→34.59 Å / SU ML: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.1127 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 詳細: with hydrogens and TLS refinement
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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