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万見
- PDB-8a1e: Rabies virus glycoprotein in complex with Fab fragments of 17C7 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a1e
タイトルRabies virus glycoprotein in complex with Fab fragments of 17C7 and 1112-1 neutralizing antibodies
要素
  • Fab 1112-1 heavy chain variable domain
  • Fab 1112-1 light chain variable domain
  • Fab 17C7 heavy chain variable domain
  • Fab 17C7 light chain variable domain
  • Glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral Glycoprotein / Antibody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Rhabdovirus glycoprotein G PH domain / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rabies virus strain Pasteur vaccin (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Ng, W.M. / Fedosyuk, S. / English, S. / Augusto, G. / Berg, A. / Thorley, L. / Haselon, A.S. / Segireddy, R.R. / Bowden, T.A. / Douglas, A.D.
資金援助 英国, European Union, 7件
組織認可番号国
Wellcome Trust220679/Z/20/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P017339/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN840866European Union
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Structure of trimeric pre-fusion rabies virus glycoprotein in complex with two protective antibodies.
著者: Weng M Ng / Sofiya Fedosyuk / Solomon English / Gilles Augusto / Adam Berg / Luke Thorley / Anna-Sophie Haselon / Rameswara R Segireddy / Thomas A Bowden / Alexander D Douglas /
要旨: Rabies virus (RABV) causes lethal encephalitis and is responsible for approximately 60,000 deaths per year. As the sole virion-surface protein, the rabies virus glycoprotein (RABV-G) mediates host- ...Rabies virus (RABV) causes lethal encephalitis and is responsible for approximately 60,000 deaths per year. As the sole virion-surface protein, the rabies virus glycoprotein (RABV-G) mediates host-cell entry. RABV-G's pre-fusion trimeric conformation displays epitopes bound by protective neutralizing antibodies that can be induced by vaccination or passively administered for post-exposure prophylaxis. We report a 2.8-Å structure of a RABV-G trimer in the pre-fusion conformation, in complex with two neutralizing and protective monoclonal antibodies, 17C7 and 1112-1, that recognize distinct epitopes. One of these antibodies is a licensed prophylactic (17C7, Rabishield), which we show locks the protein in pre-fusion conformation. Targeted mutations can similarly stabilize RABV-G in the pre-fusion conformation, a key step toward structure-guided vaccine design. These data reveal the higher-order architecture of a key therapeutic target and the structural basis of neutralization by antibodies binding two key antigenic sites, and this will facilitate the development of improved vaccines and prophylactic antibodies.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein
D: Fab 17C7 heavy chain variable domain
E: Fab 17C7 light chain variable domain
C: Fab 1112-1 light chain variable domain
B: Fab 1112-1 heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5715
ポリマ－106,5715
非ポリマー00
水00
1
A: Glycoprotein
D: Fab 17C7 heavy chain variable domain
E: Fab 17C7 light chain variable domain
C: Fab 1112-1 light chain variable domain
B: Fab 1112-1 heavy chain variable domain

A: Glycoprotein
D: Fab 17C7 heavy chain variable domain
E: Fab 17C7 light chain variable domain
C: Fab 1112-1 light chain variable domain
B: Fab 1112-1 heavy chain variable domain

A: Glycoprotein
D: Fab 17C7 heavy chain variable domain
E: Fab 17C7 light chain variable domain
C: Fab 1112-1 light chain variable domain
B: Fab 1112-1 heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,71415
ポリマ－319,71415
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2

-
要素

#1: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 56494.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rabies virus strain Pasteur vaccin (ウイルス)
株: Pasteur vaccins / PV / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08667
#2: 抗体 Fab 17C7 heavy chain variable domain


分子量: 13227.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 17C7 light chain variable domain


分子量: 11754.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab 1112-1 light chain variable domain


分子量: 11668.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 Fab 1112-1 heavy chain variable domain


分子量: 13426.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (chains B and C) and Fab 17C7 (chains D and E)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.33 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rabies lyssavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified sample was concentrated and mixed with 0.07% n-octyl-beta-d-glucoside to final concentrations of 1 mg/mL.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Blot for 3.5 seconds at -15 N blot force before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 44.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12884
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.1３次元再構成
19PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3112037
詳細: Particles were automatically picked using circular blobs with a diameter of 80-150 Angstrom on cryoSPARC.
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 458014 / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement was used. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 108 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Model building was performed with Coot and refined with Phenix.
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 59.69 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316287
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5238522
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0417928
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00391088
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7288855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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