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万見
- PDB-8a1c: TraI trans-esterase domain from pKM101 (DNA bound) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a1c
タイトルTraI trans-esterase domain from pKM101 (DNA bound)
要素
  • 11mer oriT DNA
  • TraI
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Relaxase / Trans-esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / TraI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Breidenstein, A. / Berntsson, R.P.-A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of TraI from pKM101 reveals basis for DNA processing.
著者: Breidenstein, A. / Ter Beek, J. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TraI
C: 11mer oriT DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2283
ポリマ－38,1732
非ポリマー551
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.444, 81.643, 90.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 TraI


分子量: 34752.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: traI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9Z5Q2
#2: DNA鎖 11mer oriT DNA


分子量: 3420.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 20000, 20% PEG MME 550, 0.3 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.82 Å / Num. obs: 19496 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.16
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 1908 / CC1/2: 0.751 / % possible all: 99.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L6T

3l6t


解像度: 2.1→40.82 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 995 5.11 %
Rwork0.2252 18483 -
obs0.2273 19478 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 214.49 Å2 / Biso mean: 67.1356 Å2 / Biso min: 30.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→40.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2403 208 1 36 2648
Biso mean--39.89 51.46 -
残基数----311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.210.33741210.328125992720
2.21-2.350.32741390.293125812720
2.35-2.530.33311350.282226092744
2.53-2.790.341490.263526182767
2.79-3.190.31731600.25226072767
3.19-4.020.23521550.207826582813
4.02-40.820.21951360.188428112947
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.3439 Å / Origin y: 10.8771 Å / Origin z: 22.3112 Å
111213212223313233
T0.4127 Å20.0168 Å20.0353 Å2-0.2701 Å20.0054 Å2--0.2805 Å2
L1.7344 °20.2392 °20.9923 °2-1.0051 °20.4181 °2--3.1306 °2
S-0.0621 Å °0.0129 Å °0.0396 Å °-0.0221 Å °0.0018 Å °0.0168 Å °-0.0486 Å °0.08 Å °0.0746 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 305
2X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 11
3X-RAY DIFFRACTION1allB1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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