+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a1c | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TraI trans-esterase domain from pKM101 (DNA bound) | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Relaxase / Trans-esterase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Breidenstein, A. / Berntsson, R.P.-A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of TraI from pKM101 reveals basis for DNA processing. 著者: Breidenstein, A. / Ter Beek, J. / Berntsson, R.P. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 160.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8a1bC ![]() 3l6tS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34752.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 3420.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10% PEG 20000, 20% PEG MME 550, 0.3 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.974 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40.82 Å / Num. obs: 19496 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.16 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 1908 / CC1/2: 0.751 / % possible all: 99.79 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3L6T 解像度: 2.1→40.82 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 214.49 Å2 / Biso mean: 67.1356 Å2 / Biso min: 30.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→40.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.3439 Å / Origin y: 10.8771 Å / Origin z: 22.3112 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|