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万見
- PDB-8a19: Structure of a leucinostatin derivative determined by host lattic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a19
タイトルStructure of a leucinostatin derivative determined by host lattice display : L1E4V1 construct
要素
  • 6-(2-methoxyethoxy)-11,15-dimethyl-8-oxa-2,11,15,19,21,23-hexazatetracyclo[15.6.1.13,7.020,24]pentacosa-1(23),3(25),4,6,17,20(24),21-heptaen-10-one
  • L1E4v1
キーワードDE NOVO PROTEIN / Host lattice display / leucinostatin / EngBF / DARPin
機能・相同性Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.358 Å
データ登録者Mittl, P.R.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of a hydrophobic leucinostatin derivative determined by host lattice display.
著者: Kiss, C. / Gall, F.M. / Dreier, B. / Adams, M. / Riedl, R. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L1E4v1
B: 6-(2-methoxyethoxy)-11,15-dimethyl-8-oxa-2,11,15,19,21,23-hexazatetracyclo[15.6.1.13,7.020,24]pentacosa-1(23),3(25),4,6,17,20(24),21-heptaen-10-one
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,23016
ポリマ－148,1652
非ポリマー1,06514
水22,5371251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area49720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.757, 192.757, 122.834
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L1E4v1


分子量: 146990.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Host lattice / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド 6-(2-methoxyethoxy)-11,15-dimethyl-8-oxa-2,11,15,19,21,23-hexazatetracyclo[15.6.1.13,7.020,24]pentacosa-1(23),3(25),4,6,17,20(24),21-heptaen-10-one


分子量: 1174.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 1265分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.43
詳細: 2.55 % PEG20000, 26.72 % MPD, 0.2M NaCl, 0.01M MnCl2, 0.1M MES, pH 6.43

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→98 Å / Num. obs: 96740 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.36→2.47 Å / Num. unique obs: 4841 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.575 / % possible all: 51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6QFK

6qfk


解像度: 2.358→34.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.206 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1928 4853 -RANDOM
Rwork0.1632 ---
obs0.1647 96703 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1912 Å20 Å20 Å2
2---0.1912 Å20 Å2
3---0.3823 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.358→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10338 0 137 1251 11726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00810762HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0214625HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3739SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1893HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10749HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1382SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9969SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.04
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.42 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 96 -
Rwork0.2366 --
obs0.2384 1935 23.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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