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- PDB-8a0x: Crystal structure of the HigB2-HigA2 tetramer in complex with ope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0x
タイトルCrystal structure of the HigB2-HigA2 tetramer in complex with operator DNA
要素
  • Antitoxin HigA-2
  • DNA (30-MER)
  • DNA (31-MER)
  • Toxin HigB-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / antitoxin / HigA2 / repressor / toxin-antitoxin module / HigB2 / Vibrio cholerae
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxin HigB-2 / RelE toxin of RelE / RelB toxin-antitoxin system / Antitoxin MqsA/HigA-2 / : / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HigA-2 / Toxin HigB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.296 Å
データ登録者Hadzi, S. / Loris, R.
資金援助 スロベニア, ベルギー, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0201 スロベニア
Research Foundation - Flanders (FWO)G003320N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fuzzy DNA recognition by a prokaryotic transcription factor
著者: Hadzi, S. / Loris, R.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA-2
B: Antitoxin HigA-2
C: Toxin HigB-2
D: Toxin HigB-2
E: DNA (30-MER)
F: DNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,09116
ポリマ－68,8486
非ポリマー24310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.620, 113.620, 121.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C
21(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...
12(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...
22chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSGLNGLNchain CCC2 - 1095 - 112
211LYSLYSGLYGLY(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...DD2 - 385 - 41
221ASPASPASPASP(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...DD3942
231HISHISGLNGLN(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...DD0 - 1093 - 112
241HISHISGLNGLN(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...DD0 - 1093 - 112
251HISHISGLNGLN(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...DD0 - 1093 - 112
261HISHISGLNGLN(chain D and (resid 2 through 38 or (resid 39...DD0 - 1093 - 112
112SERSERALAALA(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...AA2 - 81 - 7
122GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...AA98
132SERSERLEULEU(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...AA2 - 1041 - 103
142SERSERLEULEU(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...AA2 - 1041 - 103
152SERSERLEULEU(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...AA2 - 1041 - 103
162SERSERLEULEU(chain A and (resid 2 through 8 or (resid 9...AA2 - 1041 - 103
212SERSERLEULEUchain BBB2 - 1041 - 103

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HigA-2


分子量: 11581.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higA-2, VC_A0469
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KMA5
#2: タンパク質 Toxin HigB-2


分子量: 13308.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higB-2, VC_A0468
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KMA6
#3: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9431.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#4: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9636.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 % / 解説: rectangular
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium iodide, 0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→48.342 Å / Num. obs: 12408 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.49 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1921 / Rrim(I) all: 1.23 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JAA

5jaa


解像度: 3.296→48.342 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 620 5 %
Rwork0.238 11775 -
obs0.2395 12395 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 232.96 Å2 / Biso mean: 97.1163 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.296→48.342 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 1247 10 0 4539
Biso mean--30 --
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0096740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9642635
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C942X-RAY DIFFRACTION14.025TORSIONAL
12D942X-RAY DIFFRACTION14.025TORSIONAL
21A936X-RAY DIFFRACTION14.025TORSIONAL
22B936X-RAY DIFFRACTION14.025TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.296-3.62750.38351510.3476285799
3.6275-4.15220.29921530.26832913100
4.1522-5.23030.25291550.22682947100
5.2303-48.3420.22941610.2019305898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7837-1.2875-0.40476.18641.05312.3750.02820.137-0.08730.2578-0.0656-0.0773-0.30560.31390.10060.30760.0039-0.1030.4880.02630.43822.85350.8006-0.0621
23.68031.40571.35991.76950.03733.9626-0.22120.26640.0292-0.07350.2384-0.0373-0.5480.64850.01740.4165-0.03520.08570.5326-0.03670.6075.713858.8071-11.8397
31.1655-0.5419-0.741.0105-1.26254.0751-0.254-0.07640.42940.50780.3171-0.409-0.66990.70370.061.2355-0.6623-0.10131.30840.09910.983323.416477.1395-4.843
46.7126-0.422-0.66297.404-0.69198.02790.29280.79820.1481-0.4117-0.43390.42860.4893-0.07230.15040.46250.1733-0.03370.5366-0.04680.69783.473425.5546-6.7239
53.08880.18381.83142.1823.4525.6841-0.0562-0.3704-0.06320.0108-0.31240.1949-0.1638-0.79680.23340.61890.07740.09790.65090.10680.5205-14.533861.8374-5.7257
64.08791.18382.14562.07353.20084.6212-0.0198-0.1231-0.36480.0148-0.1753-0.1017-0.1475-0.66450.16420.72060.11070.07970.70350.14080.6516-15.530558.0652-7.2197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 104)A2 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 104)B2 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 109)C2 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 0 through 109)D0 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 3 through 33)E3 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 4 through 34)F4 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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