ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | 0.7.4データスケーリング | PHENIX | 1.18.1_3865精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ZZX 解像度: 1.4→48.76 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.79 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2002 | 1989 | 4.81 % |
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Rwork | 0.1765 | 39359 | - |
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obs | 0.1777 | 41348 | 98.51 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 66.58 Å2 / Biso mean: 22.5523 Å2 / Biso min: 9.97 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→48.76 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1718 | 0 | 60 | 391 | 2169 |
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Biso mean | - | - | 18.8 | 33.65 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 212 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.4-1.43 | 0.2697 | 118 | 0.2717 | 2405 | 2523 | 86 | 1.43-1.47 | 0.2604 | 139 | 0.2485 | 2729 | 2868 | 97 | 1.47-1.52 | 0.2626 | 140 | 0.217 | 2769 | 2909 | 99 | 1.52-1.56 | 0.2327 | 141 | 0.2068 | 2798 | 2939 | 99 | 1.56-1.62 | 0.2316 | 143 | 0.2082 | 2808 | 2951 | 99 | 1.62-1.69 | 0.2616 | 141 | 0.1977 | 2798 | 2939 | 100 | 1.69-1.76 | 0.2025 | 143 | 0.1892 | 2818 | 2961 | 100 | 1.76-1.86 | 0.1909 | 144 | 0.1842 | 2841 | 2985 | 100 | 1.86-1.97 | 0.2035 | 144 | 0.1834 | 2839 | 2983 | 100 | 1.97-2.12 | 0.1913 | 144 | 0.1787 | 2849 | 2993 | 100 | 2.12-2.34 | 0.2129 | 146 | 0.173 | 2860 | 3006 | 100 | 2.34-2.68 | 0.2161 | 145 | 0.1843 | 2885 | 3030 | 100 | 2.68-3.37 | 0.1999 | 148 | 0.1682 | 2912 | 3060 | 100 | 3.37-48.76 | 0.1651 | 153 | 0.1516 | 3048 | 3201 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -12.2668 Å / Origin y: 6.5123 Å / Origin z: -14.8892 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1138 Å2 | -0.003 Å2 | -0.0025 Å2 | - | 0.1087 Å2 | -0.0014 Å2 | - | - | 0.1152 Å2 |
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L | 0.4098 °2 | 0.0052 °2 | -0.1136 °2 | - | 0.3545 °2 | -0.0172 °2 | - | - | 0.5095 °2 |
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S | -0.0247 Å ° | 0.0234 Å ° | 0.0146 Å ° | 0.0246 Å ° | 0.0021 Å ° | -0.0204 Å ° | -0.0045 Å ° | 0.0101 Å ° | -0 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB-9 - 301 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB501 - 701 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 395 | | | | | | |
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