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- PDB-8a0m: Capsular polysaccharide synthesis multienzyme in complex with cap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0m
タイトルCapsular polysaccharide synthesis multienzyme in complex with capsular polymer fragment
要素Bcs3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Bacterial capsule synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5776 / Domain of unknown function (DUF5776) / CDP-glycerol glycerophosphotransferase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, C-terminal domain / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, N-terminal domain / : / CDP-Glycerol:Poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-ribosyl-(1->1)-D-ribitol-5-phosphate / Bcs3
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Cifuente, J.O. / Schulze, J. / Bethe, A. / Di Domenico, V. / Litschko, C. / Budde, I. / Eidenberger, L. / Thiesler, H. / Ramon-Roth, I. / Berger, M. ...Cifuente, J.O. / Schulze, J. / Bethe, A. / Di Domenico, V. / Litschko, C. / Budde, I. / Eidenberger, L. / Thiesler, H. / Ramon-Roth, I. / Berger, M. / Claus, H. / DAngelo, C. / Marina, A. / Gerardy-Schahn, R. / Schubert, M. / Guerin, M.E. / Fiebig, T.
資金援助 ドイツ, スペイン, 米国, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)412824531 ドイツ
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2019-105649RB-I00 スペイン
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI149297 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: A multi-enzyme machine polymerizes the Haemophilus influenzae type b capsule.
著者: Cifuente, J.O. / Schulze, J. / Bethe, A. / Di Domenico, V. / Litschko, C. / Budde, I. / Eidenberger, L. / Thiesler, H. / Ramon Roth, I. / Berger, M. / Claus, H. / D'Angelo, C. / Marina, A. / ...著者: Cifuente, J.O. / Schulze, J. / Bethe, A. / Di Domenico, V. / Litschko, C. / Budde, I. / Eidenberger, L. / Thiesler, H. / Ramon Roth, I. / Berger, M. / Claus, H. / D'Angelo, C. / Marina, A. / Gerardy-Schahn, R. / Schubert, M. / Guerin, M.E. / Fiebig, T.
履歴
登録2022年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年7月5日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcs3
B: Bcs3
C: Bcs3
D: Bcs3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)554,61020
ポリマ－550,1414
非ポリマー4,46816
水21612
1
A: Bcs3
B: Bcs3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,30510
ポリマ－275,0712
非ポリマー2,2348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bcs3
D: Bcs3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,30510
ポリマ－275,0712
非ポリマー2,2348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.911, 232.806, 129.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 11 or (resid 12...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 1 through 2 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPLYSA2 - 186
d_12ens_1ILEASPA265 - 273
d_13ens_1SERVALA281 - 291
d_14ens_1SERLYSA337 - 352
d_15ens_1SERVALA357 - 737
d_16ens_1PROARGA752 - 758
d_17ens_1GLULYSA769 - 957
d_18ens_1LYSSERA967 - 1111
d_19ens_1XXXXXXB
d_21ens_1ASPVALC2 - 206
d_22ens_1SERVALC208 - 604
d_23ens_1PROARGC619 - 625
d_24ens_1GLULYSC629 - 817
d_25ens_1LYSSERC820 - 964
d_26ens_1XXXXXXD
d_31ens_1ASPLYSE1 - 185
d_32ens_1ILEASPE261 - 269
d_33ens_1SERVALE277 - 287
d_34ens_1SERLYSE338 - 353
d_35ens_1SERVALE358 - 738
d_36ens_1PROARGE753 - 759
d_37ens_1GLULYSE770 - 958
d_38ens_1LYSSERE968 - 1112
d_39ens_1XXXXXXF
d_41ens_1ASPLYSG2 - 186
d_42ens_1ILEASPG205 - 213
d_43ens_1SERVALG218 - 228
d_44ens_1SERLYSG233 - 248
d_45ens_1SERARGG253 - 640
d_46ens_1GLUSERG642 - 975
d_47ens_1XXXXXXH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.613422188974, -0.770499578023, 0.173330950327), (-0.771206379811, 0.537122532443, -0.341672511158), (0.170158566679, -0.343263434417, -0.923697069811)15.0609273615, -1.23202338796, -42.3931761162
2given(-0.474487621871, -0.00567630741756, 0.880243873154), (0.00812420804738, -0.999964857513, -0.00206905363111), (0.88022468378, 0.00616954402099, 0.474517062698)35.4927661462, 45.687279396, -22.0053427922
3given(0.449977392843, 0.0678960156482, -0.890455207739), (0.768027448059, -0.538214289897, 0.347072351506), (-0.455690887509, -0.840068752669, -0.29433026659)-9.15206479456, 47.0360451219, -28.8350422788

-
要素

#1: タンパク質
Bcs3 / Bcs3'


分子量: 137535.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: bcs3', bcs3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2ERG0
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-KOF / beta-D-ribosyl-(1->1)-D-ribitol-5-phosphate / (2R,3S,4S)-5-(((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)oxy)-2,3,4-trihydroxypentyl hydrogen phosphate


分子量: 364.240 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H21O12P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06M Magnesium chloride hexahydrate, 0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Imidazole, 0.1M MES monohydrate (acid) pH 6.5, MPD, PEG 1000, PEG 3350 (37.5%(v/v)) protein (9.5mg/ml) and ...詳細: 0.06M Magnesium chloride hexahydrate, 0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Imidazole, 0.1M MES monohydrate (acid) pH 6.5, MPD, PEG 1000, PEG 3350 (37.5%(v/v)) protein (9.5mg/ml) and purified polymer (produced by the multienzyme in-vitro)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→63.94 Å / Num. obs: 76828 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 100.15 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rrim(I) all: 0.1831 / Net I/σ(I): 8.79
反射 シェル解像度: 3.6→3.729 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 7658 / CC1/2: 0.796 / Rrim(I) all: 0.8839 / % possible all: 99.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2dialsデータ削減
xia2dialsデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 3.6→63.94 Å / SU ML: 0.4732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.6007
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 3802 4.96 %
Rwork0.2201 72814 -
obs0.2222 76616 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→63.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31944 0 200 12 32156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002632924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56744908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04254960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.91614678
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.839074679165
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.504124700146
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.899801891907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.650.35381370.28922703X-RAY DIFFRACTION99.82
3.65-3.690.371090.28862727X-RAY DIFFRACTION99.54
3.69-3.740.31791300.27692684X-RAY DIFFRACTION99.93
3.74-3.80.32461250.25062719X-RAY DIFFRACTION99.96
3.8-3.850.27771510.24922663X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-3.910.27961320.2552704X-RAY DIFFRACTION99.47
3.91-3.980.29561340.23192675X-RAY DIFFRACTION99.79
3.98-4.050.28721370.21622702X-RAY DIFFRACTION99.96
4.05-4.120.26371600.21072696X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-4.20.27571750.20842624X-RAY DIFFRACTION99.93
4.2-4.290.28761480.21762719X-RAY DIFFRACTION99.9
4.29-4.380.26231340.20482688X-RAY DIFFRACTION99.89
4.38-4.480.25361170.20192724X-RAY DIFFRACTION99.96
4.48-4.590.23791250.19522725X-RAY DIFFRACTION100
4.59-4.720.2491010.19082728X-RAY DIFFRACTION99.96
4.72-4.860.22741620.19532677X-RAY DIFFRACTION100
4.86-5.010.24451270.18732710X-RAY DIFFRACTION99.93
5.01-5.190.24841370.19142712X-RAY DIFFRACTION99.96
5.19-5.40.2461490.19652702X-RAY DIFFRACTION100
5.4-5.640.25151730.20522668X-RAY DIFFRACTION99.96
5.64-5.940.22331680.22112688X-RAY DIFFRACTION100
5.94-6.310.28021250.23622723X-RAY DIFFRACTION100
6.31-6.80.31141230.22912740X-RAY DIFFRACTION100
6.8-7.480.26421870.22882645X-RAY DIFFRACTION99.96
7.48-8.570.22471590.20042714X-RAY DIFFRACTION100
8.57-10.780.22311230.19742743X-RAY DIFFRACTION99.55
10.78-63.940.25851540.25412611X-RAY DIFFRACTION95.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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