PDB-8a0m: Capsular polysaccharide synthesis multienzyme in complex with cap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a0m

タイトル

Capsular polysaccharide synthesis multienzyme in complex with capsular polymer fragment

要素

Bcs3

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Bacterial capsule synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Cifuente, J.O. / Schulze, J. / Bethe, A. / Di Domenico, V. / Litschko, C. / Budde, I. / Eidenberger, L. / Thiesler, H. / Ramon-Roth, I. / Berger, M. ...

資金援助

ドイツ,

スペイン,

米国, 3件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	412824531	ドイツ
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)	PID2019-105649RB-I00	スペイン
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI149297	米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: A multi-enzyme machine polymerizes the Haemophilus influenzae type b capsule.
著者: Cifuente, J.O. / Schulze, J. / Bethe, A. / Di Domenico, V. / Litschko, C. / Budde, I. / Eidenberger, L. / Thiesler, H. / Ramon Roth, I. / Berger, M. / Claus, H. / D'Angelo, C. / Marina, A. / ...

履歴

登録	2022年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年7月5日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a0m.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a0m.ent.gz	661.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/8a0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/8a0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bcs3

B: Bcs3

C: Bcs3

D: Bcs3

ヘテロ分子

555 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bcs3

B: Bcs3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
277 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Bcs3

D: Bcs3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
277 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.911, 232.806, 129.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 11 or (resid 12...
d_4	ens_1	(chain "D" and ((resid 1 through 2 and (name N...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	LYS	A	2 - 186
d_1	2	ens_1	ILE	ASP	A	265 - 273
d_1	3	ens_1	SER	VAL	A	281 - 291
d_1	4	ens_1	SER	LYS	A	337 - 352
d_1	5	ens_1	SER	VAL	A	357 - 737
d_1	6	ens_1	PRO	ARG	A	752 - 758
d_1	7	ens_1	GLU	LYS	A	769 - 957
d_1	8	ens_1	LYS	SER	A	967 - 1111
d_1	9	ens_1	XXX	XXX	B
d_2	1	ens_1	ASP	VAL	C	2 - 206
d_2	2	ens_1	SER	VAL	C	208 - 604
d_2	3	ens_1	PRO	ARG	C	619 - 625
d_2	4	ens_1	GLU	LYS	C	629 - 817
d_2	5	ens_1	LYS	SER	C	820 - 964
d_2	6	ens_1	XXX	XXX	D
d_3	1	ens_1	ASP	LYS	E	1 - 185
d_3	2	ens_1	ILE	ASP	E	261 - 269
d_3	3	ens_1	SER	VAL	E	277 - 287
d_3	4	ens_1	SER	LYS	E	338 - 353
d_3	5	ens_1	SER	VAL	E	358 - 738
d_3	6	ens_1	PRO	ARG	E	753 - 759
d_3	7	ens_1	GLU	LYS	E	770 - 958
d_3	8	ens_1	LYS	SER	E	968 - 1112
d_3	9	ens_1	XXX	XXX	F
d_4	1	ens_1	ASP	LYS	G	2 - 186
d_4	2	ens_1	ILE	ASP	G	205 - 213
d_4	3	ens_1	SER	VAL	G	218 - 228
d_4	4	ens_1	SER	LYS	G	233 - 248
d_4	5	ens_1	SER	ARG	G	253 - 640
d_4	6	ens_1	GLU	SER	G	642 - 975
d_4	7	ens_1	XXX	XXX	H

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.613422188974, -0.770499578023, 0.173330950327), (-0.771206379811, 0.537122532443, -0.341672511158), (0.170158566679, -0.343263434417, -0.923697069811)	15.0609273615, -1.23202338796, -42.3931761162
2	given	(-0.474487621871, -0.00567630741756, 0.880243873154), (0.00812420804738, -0.999964857513, -0.00206905363111), (0.88022468378, 0.00616954402099, 0.474517062698)	35.4927661462, 45.687279396, -22.0053427922
3	given	(0.449977392843, 0.0678960156482, -0.890455207739), (0.768027448059, -0.538214289897, 0.347072351506), (-0.455690887509, -0.840068752669, -0.29433026659)	-9.15206479456, 47.0360451219, -28.8350422788

#1: タンパク質	Bcs3 / Bcs3' 分子量: 137535.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: bcs3', bcs3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2ERG0
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-KOF / beta-D-ribosyl-(1->1)-D-ribitol-5-phosphate / (2R,3S,4S)-5-(((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)oxy)-2,3,4-trihydroxypentyl hydrogen phosphate 分子量: 364.240 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₁O₁₂P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.06M Magnesium chloride hexahydrate, 0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Imidazole, 0.1M MES monohydrate (acid) pH 6.5, MPD, PEG 1000, PEG 3350 (37.5%(v/v)) protein (9.5mg/ml) and ...詳細: 0.06M Magnesium chloride hexahydrate, 0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Imidazole, 0.1M MES monohydrate (acid) pH 6.5, MPD, PEG 1000, PEG 3350 (37.5%(v/v)) protein (9.5mg/ml) and purified polymer (produced by the multienzyme in-vitro)

結晶

マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.46 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06M Magnesium chloride hexahydrate, 0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Imidazole, 0.1M MES monohydrate (acid) pH 6.5, MPD, PEG 1000, PEG 3350 (37.5%(v/v)) protein (9.5mg/ml) and ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→63.94 Å / Num. obs: 76828 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 100.15 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_rim(I) all: 0.1831 / Net I/σ(I): 8.79
反射シェル	解像度: 3.6→3.729 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 7658 / CC_1/2: 0.796 / R_rim(I) all: 0.8839 / % possible all: 99.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2	dials	データ削減
xia2	dials	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 3.6→63.94 Å / SU ML: 0.4732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.6007
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	3802	4.96 %
R_work	0.2201	72814	-
obs	0.2222	76616	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→63.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31944	0	200	12	32156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	32924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.567	44908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	4960
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9161	4678

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.839074679165
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.504124700146
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.899801891907

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.65	0.3538	137	0.2892	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.65-3.69	0.37	109	0.2886	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.69-3.74	0.3179	130	0.2769	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.74-3.8	0.3246	125	0.2506	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.8-3.85	0.2777	151	0.2492	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.85-3.91	0.2796	132	0.255	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.91-3.98	0.2956	134	0.2319	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.98-4.05	0.2872	137	0.2162	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.05-4.12	0.2637	160	0.2107	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.12-4.2	0.2757	175	0.2084	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.2-4.29	0.2876	148	0.2176	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.29-4.38	0.2623	134	0.2048	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.38-4.48	0.2536	117	0.2019	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.48-4.59	0.2379	125	0.1952	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-4.72	0.249	101	0.1908	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.72-4.86	0.2274	162	0.1953	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-5.01	0.2445	127	0.1873	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.01-5.19	0.2484	137	0.1914	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.19-5.4	0.246	149	0.1965	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4-5.64	0.2515	173	0.2052	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.64-5.94	0.2233	168	0.2211	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.94-6.31	0.2802	125	0.2362	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
6.31-6.8	0.3114	123	0.2291	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8-7.48	0.2642	187	0.2288	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.48-8.57	0.2247	159	0.2004	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
8.57-10.78	0.2231	123	0.1974	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.55
10.78-63.94	0.2585	154	0.2541	2611	X-RAY DIFFRACTION	95.34

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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