[日本語] English
万見
- PDB-8a0k: crystal structure of the kinetoplastid kinetochore protein Trypan... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0k
タイトルcrystal structure of the kinetoplastid kinetochore protein Trypanosoma brucei KKT3 Divergent Polo-Box domain
要素Protein kinase, putative
キーワードCELL CYCLE / polo-box / Kinetochore / KKT3 / Kinetoplastid
機能・相同性
機能・相同性情報


polo kinase / chromosome segregation / kinetochore / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / POLO box domain / POLO box domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / POLO box domain / POLO box domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine/threonine-protein kinase PLK
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Ishii, M. / Ludzia, P. / Marciano, G. / Allen, W. / Nerusheva, O.O. / Akiyoshi, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210622/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2022
タイトル: Divergent polo boxes in KKT2 bind KKT1 to initiate the kinetochore assembly cascade in Trypanosoma brucei.
著者: Ishii, M. / Ludzia, P. / Marciano, G. / Allen, W. / Nerusheva, O.O. / Akiyoshi, B.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Divergent polo boxes in KKT2 and KKT3 initiate the kinetochore assembly cascade in Trypanosoma brucei
著者: Ishii, M. / Ludzia, P. / Marciano, G. / Allen, W. / Nerusheva, O.O. / Akiyoshi, B.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein kinase, putative
B: Protein kinase, putative
C: Protein kinase, putative
D: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6076
ポリマ－98,3954
非ポリマー2122
水90150
1
A: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7052
ポリマ－24,5991
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7052
ポリマ－24,5991
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein kinase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5991
ポリマ－24,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein kinase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5991
ポリマ－24,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.998, 52.485, 102.152
Angle α, β, γ (deg.)84.110, 84.420, 73.250
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Protein kinase, putative


分子量: 24598.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb09.211.2260 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38DT1
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 and 0.1 M tri-sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.0072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50.68 Å / Num. obs: 19067 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 63.19 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 65155 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.92-31.022475613820.530.6431.2131.498.4
13.06-50.680.1067312120.9680.0660.12510.199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.92 Å50.68 Å
Translation2.92 Å50.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimless0.5.26データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: partial Se-Met model

解像度: 2.92→50.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.433
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2712 952 5.01 %RANDOM
Rwork0.2504 ---
obs0.2515 18988 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 163.6 Å2 / Biso mean: 81.54 Å2 / Biso min: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7368 Å2-8.0496 Å2-3.4721 Å2
2--1.8403 Å2-23.9987 Å2
3----8.577 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.92→50.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6169 0 14 50 6233
Biso mean--95.75 49.47 -
残基数----815
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1991SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1074HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6344HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion815SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4463SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6364HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8687HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.98
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4716 21 5.2 %
Rwork0.3512 383 -
all0.3563 404 -
obs--96.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.24682.30413.75316.0589-0.43686.0839-0.3902-0.52910.36240.17660.2090.2349-0.0576-0.12680.1812-0.37130.02390.0941-0.3071-0.0472-0.094441.6684-22.99188.4225
24.57530.284-0.205110.7942-4.200310.5965-0.0441-0.1455-0.0175-0.5466-0.3530.10890.7711-0.07280.3971-0.05390.1226-0.00550.2106-0.0121-0.185524.5723-1.620834.0761
39.0955-5.7531-0.44811.8544-1.78524.4136-0.04610.53840.3997-0.4899-0.074-0.92650.09070.20950.1201-0.3851-0.13040.002-0.285-0.0216-0.221751.8316-3.2223-11.9278
45.9533-0.5023-1.33857.7011-3.834211.91680.20990.4188-0.3199-0.9581-0.6425-0.77080.91380.5480.4326-0.23670.04230.0207-0.13480.1997-0.217235.2106-23.365258.9538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D0 - 209

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る