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- PDB-8a0j: Crystal structure of the kinetoplastid kinetochore protein Trypan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0j
タイトルCrystal structure of the kinetoplastid kinetochore protein Trypanosoma congolense KKT2 divergent polo-box domain
要素Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110
キーワードCELL CYCLE / kinetochore / polo-box / kinetoplastid / KKT2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma congolense IL3000 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ishii, M. / Ludzia, P. / Marciano, G. / Allen, W. / Nerusheva, O. / Akiyoshi, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210622/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2022
タイトル: Divergent polo boxes in KKT2 bind KKT1 to initiate the kinetochore assembly cascade in Trypanosoma brucei.
著者: Ishii, M. / Ludzia, P. / Marciano, G. / Allen, W. / Nerusheva, O.O. / Akiyoshi, B.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Divergent polo boxes in KKT2 and KKT3 initiate the kinetochore assembly cascade in Trypanosoma brucei
著者: Ishii, M. / Ludzia, P. / Marciano, G. / Allen, W. / Nerusheva, O.O. / Akiyoshi, B.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110
B: Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8992
ポリマ－53,8992
非ポリマー00
水3,333185
1
A: Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9501
ポリマ－26,9501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9501
ポリマ－26,9501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.700, 57.133, 83.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein TCIL3000_11_11110


分子量: 26949.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma congolense IL3000 (トリパノソーマ)
株: IL3000 / 遺伝子: TCIL3000_11_11110 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0V1V5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 8% w/v Polyvinyl alcohol, 10% v/v 1-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.921→48.26 Å / Num. obs: 33539 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.921→1.954 Å / Num. unique obs: 1736 / CC1/2: 0.404

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSFeb 5, 2021データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 2.2→48.24 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 1138 4.88 %
Rwork0.1942 22162 -
obs0.1968 23300 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.64 Å2 / Biso mean: 40.9715 Å2 / Biso min: 19.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 0 185 3674
Biso mean---40.68 -
残基数----440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.30.29681540.269527212875
2.3-2.420.28351290.221727482877
2.42-2.570.25271550.224527552910
2.57-2.770.25591310.211127452876
2.77-3.050.2691270.2127962923
3.05-3.490.26971390.196127782917
3.49-4.40.23951450.166427952940
4.4-48.240.20691580.176428242982
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6421-0.348-0.64774.55640.05024.44780.4812-0.3260.22910.1221-0.06310.2195-0.2633-0.2872-0.2010.3415-0.0065-0.03550.161-0.00320.2023-4.0932-5.25069.836
21.3817-0.06130.24083.4979-0.34462.1198-0.0015-0.10690.04070.1669-0.0512-0.1404-0.17120.11040.03530.281-0.0266-0.00220.20670.01050.28856.57826.81867.02
30.96870.7656-0.57392.19880.97822.9137-0.0821-0.03050.0097-0.1264-0.04170.1799-0.0399-0.10040.09920.28140.0305-0.01840.17790.00870.2542-0.5016-5.83959.5352
43.9956-0.01131.67052.2802-1.19014.10660.2156-0.5-0.07920.3983-0.10210.07040.14540.0229-0.06420.38920.0130.06140.23050.01530.225-1.9136-13.450420.9132
52.4395-0.4619-0.76724.36750.53034.6988-0.0678-0.00990.28770.0672-0.50380.24920.7353-0.65410.39680.20720.0040.00350.4164-0.04140.271-24.48220.5936.3996
62.33150.4328-1.52443.33750.96994.51530.0509-0.0406-0.349-0.0376-0.1553-0.19820.37550.27340.07970.24520.0299-0.01260.32750.02070.2429-15.483210.49137.6775
71.999-0.70810.46252.66620.20122.9122-0.1732-0.0688-0.34230.46040.11910.19910.4241-0.1540.11420.536-0.05560.04570.33660.00080.3143-24.13059.25849.635
81.865-0.5996-0.61113.1633-0.03812.32910.14140.22110.0185-0.1413-0.15950.1769-0.2068-0.25210.03680.2530.03230.01740.3665-0.02150.2148-23.998821.955534.6841
92.8012-0.53420.06563.9183-0.11251.6463-0.01560.69620.0729-0.8422-0.1172-0.05440.0354-0.07760.12180.54590.10860.00740.68070.05080.2911-21.163526.219422.1809
104.5909-0.55571.52644.2744-0.86586.4396-0.05410.31411.39570.2084-0.3773-0.3163-1.13360.24070.32850.4529-0.05240.12750.33180.0730.3492-12.769135.05529.8238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1039 through 1065 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1066 through 1159 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1160 through 1222 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1223 through 1261 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1046 through 1065 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1066 through 1127 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1128 through 1158 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1159 through 1222 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1223 through 1244 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1245 through 1262 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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