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万見
- PDB-8a0h: Crystal structure of the E25A mutant of the Orange Carotenoid Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0h
タイトルCrystal structure of the E25A mutant of the Orange Carotenoid Protein X from Gloeobacter kilaueensis JS1 complexed with echinenone
要素OCP N-terminal domain-containing protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / carotenoid-binding protein / carotenoid transport / CBP / Gloeobacter kilaueensis / nuclear transport factor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding
類似検索 - 分子機能
Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-caroten-4-one / OCP N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter kilaueensis JS1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Slonimskiy, Y.B. / Zupnik, A.O. / Varfolomeeva, L.A. / Maksimov, E.G. / Sluchanko, N.N.
資金援助 ロシア, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
Russian Foundation for Basic Research20-54-12018 ロシア
German Research Foundation (DFG)FR1276/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: A primordial Orange Carotenoid Protein: Structure, photoswitching activity and evolutionary aspects.
著者: Slonimskiy, Y.B. / Zupnik, A.O. / Varfolomeeva, L.A. / Boyko, K.M. / Maksimov, E.G. / Sluchanko, N.N.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OCP N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5614
ポリマ－35,8181
非ポリマー7433
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.735, 61.366, 145.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 OCP N-terminal domain-containing protein


分子量: 35817.793 Da / 分子数: 1 / 変異: E25A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter kilaueensis JS1 (バクテリア)
遺伝子: GKIL_2275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5QHX0
#2: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→72.54 Å / Num. obs: 35299 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 144313 / Scaling rejects: 123
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.7 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.760.361668718120.8390.2160.4253.592.7
8.99-72.540.04110282810.9920.0250.04821.889.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0350精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 1.73→72.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.022 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1929 1799 5.1 %RANDOM
Rwork0.1577 ---
obs0.1595 33412 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.1 Å2 / Biso mean: 14.25 Å2 / Biso min: 3.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→72.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2479 0 51 404 2934
Biso mean--19.62 24.23 -
残基数----324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0122625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0162403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0841.6413582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7711.5455584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.3237.22236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98110395
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02522
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 121 -
Rwork0.204 2372 -
all-2493 -
obs--95.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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