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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a0d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the major guinea pig allergen Cav p 1.0101 part of the lipocalin family | ||||||
![]() | Allergen lipocalin Cav p 1 isoform 1 | ||||||
![]() | ALLERGEN / mammalian respiratory allergens | ||||||
機能・相同性 | Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular region / Allergen lipocalin Cav p 1 isoform 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Herman, R. / Charlier, P. / Janssen-Weets, B. / Hilger, C. / Swiontek, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mammalian derived lipocalin and secretoglobin respiratory allergens strongly bind ligands with potentially immune modulating properties. 著者: Janssen-Weets, B. / Kerff, F. / Swiontek, K. / Kler, S. / Czolk, R. / Revets, D. / Kuehn, A. / Bindslev-Jensen, C. / Ollert, M. / Hilger, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 224.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1e5pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17806.502 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 250 nl protein 4 mg/mL Tris-HCl 20 mM pH 7, 250 nl polyvinylpyrrolidone K15 50% w/v, citrate 0.1M pH 5, 50 nL of 6-Aminohexanoic acid 30% w/v and 50 nL of 1-decanol 1 mM in ethanol 1% v/v |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.685→47.5 Å / Num. obs: 12775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.272 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.78 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 922 / CC1/2: 0.87 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1E5P 解像度: 3.685→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.642
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原子変位パラメータ | Biso mean: 94.47 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.55 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.685→29.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.69→3.73 Å
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