PDB-7zzh: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zzh

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a linear di-adenosine derivative

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD-kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gelin, M. / Labesse, G.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis and structure-activity relationship studies of original cyclic diadenosine derivatives as nanomolar inhibitors of NAD kinase from pathogenic bacteria.
著者: Clement, D.A. / Gelin, M. / Leseigneur, C. / Huteau, V. / Mondange, L. / Pons, J.L. / Dussurget, O. / Lionne, C. / Labesse, G. / Pochet, S.

履歴

登録	2022年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zzh.cif.gz	124.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zzh.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/7zzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/7zzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zz7C 7zz9C 7zzaC 7zzbC 7zzcC 7zzdC 7zzeC 7zzfC 7zzgC 7zzjC 8a9vC 8b47C 6rg9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.908, 74.777, 118.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-KIO / (1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione 分子量: 665.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₁N₁₃O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400 PH範囲: 4.8-5.1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.979256667874 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979256667874 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→37.404 Å / Num. obs: 19231 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.97 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 17.61 / Num. measured all: 86541

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.12	4.58	0.416	2.79	13842	3095	3022	0.948	0.469	97.6
2.12-2.26	4.421	0.253	4.62	12842	2938	2905	0.976	0.287	98.9
2.26-2.44	4.689	0.169	7.19	12525	2694	2671	0.989	0.189	99.1
2.44-2.67	4.442	0.105	10.76	11095	2515	2498	0.996	0.119	99.3
2.67-2.99	4.619	0.065	16.64	10453	2284	2263	0.998	0.073	99.1
2.99-3.45	4.47	0.042	27.37	8971	2018	2007	0.999	0.047	99.5
3.45-4.21	4.496	0.029	41.71	7710	1738	1715	0.999	0.032	98.7
4.21-5.92	4.297	0.025	48.29	5810	1371	1352	0.999	0.028	98.6
5.92-37.404	4.127	0.021	51.78	3293	824	798	1	0.024	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RG9

6rg9

解像度: 2→37.4 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	956	4.99 %
R_work	0.1982	18209	-
obs	0.1999	19165	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.97 Å² / B_iso mean: 50.6701 Å² / B_iso min: 26.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→37.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2074	0	61	59	2194
B_iso mean	-	-	46.85	44.96	-
残基数	-	-	-	-	264

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.1	0.3083	131	0.2673	2530	2661	97
2.1-2.23	0.2523	134	0.2382	2555	2689	99
2.23-2.4	0.2825	137	0.223	2594	2731	99
2.41-2.65	0.2306	135	0.2133	2583	2718	99
2.65-3.03	0.2353	136	0.2181	2580	2716	99
3.03-3.82	0.2821	139	0.1913	2638	2777	99
3.82-37.4	0.1845	144	0.1783	2729	2873	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3949	-1.2163	-1.8617	2.678	0.7393	6.4692	-0.1237	-0.6268	0.0787	-0.0139	0.0932	0.1852	-0.3215	0.125	0.1419	0.6069	0.0752	0.0447	0.6407	-0.0771	0.3445	9.1148	22.346	29.0249
2	4.6082	-0.8695	-1.9394	2.8941	0.0643	6.3048	0.0336	-0.0361	0.362	0.0772	-0.0393	0.3659	-0.5465	-0.2835	-0.0165	0.4317	0.033	0.0421	0.5439	-0.1139	0.3587	10.7427	26.0363	18.2623
3	4.7734	-0.8423	-2.7103	1.8651	-0.2514	6.8216	-0.3676	-0.9614	0.1185	0.3981	0.3299	0.0934	0.4327	0.7977	0.109	0.4537	0.035	0.0618	0.6293	-0.077	0.3899	20.5802	21.7575	26.4042
4	3.1469	0.3375	-1.3607	3.6207	0.8047	3.805	0.0984	0.1152	0.1225	-0.2019	-0.3365	0.6033	-0.2266	-0.8131	0.1616	0.2592	0.0984	0.0001	0.485	-0.0054	0.3825	14.0878	18.0167	-1.8054
5	1.0697	0.2739	0.3112	3.2286	-0.2855	3.5432	0.0197	0.1825	0.0324	-0.183	-0.0328	0.0994	0.1989	0.1655	0.0275	0.242	0.0377	-0.0108	0.3596	0.0007	0.2495	23.7941	9.435	-4.4995
6	4.7991	-1.4289	-0.1025	2.5444	-0.9755	6.5703	0.2532	0.5332	-0.277	0.0399	-0.0298	0.5101	0.2465	-1.0073	-0.053	0.2799	0.0534	-0.0161	0.4609	-0.0251	0.3493	15.5888	14.2805	-8.3473
7	3.6675	-0.3116	1.4196	2.1175	0.4853	5.3835	0.2335	0.0798	0.1561	0.1907	-0.0783	0.9384	0.1005	-1.2853	-0.0641	0.4015	0.0833	-0.0566	0.5918	-0.0019	0.5539	9.2339	14.988	-4.2543
8	3.891	-1.5526	0.5462	2.4801	-0.1291	4.6148	-0.3395	-0.647	0.745	0.4883	0.1295	-0.1661	-0.919	-0.3111	0.1737	0.5835	-0.0194	0.0556	0.3991	-0.1262	0.5436	23.131	26.6964	15.1396
9	7.1134	-0.1314	0.5408	6.154	0.8335	6.5865	0.086	-1.4224	-0.0603	0.7906	-0.2787	-0.3965	0.2422	-0.088	-0.0532	0.3846	-0.0179	0.0265	0.4676	-0.0461	0.3389	31.7505	12.7568	17.5768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 68 )	A	27 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 92 )	A	69 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 141 )	A	93 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 142 through 198 )	A	142 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 221 )	A	199 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 238 )	A	222 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 239 through 252 )	A	239 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 253 through 264 )	A	253 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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