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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zza | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a linear di-adenosine derivative | |||||||||
![]() | NAD kinase 1 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / tetrameric NAD-kinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gelin, M. / Labesse, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Synthesis and structure-activity relationship studies of original cyclic diadenosine derivatives as nanomolar inhibitors of NAD kinase from pathogenic bacteria. 著者: Clement, D.A. / Gelin, M. / Leseigneur, C. / Huteau, V. / Mondange, L. / Pons, J.L. / Dussurget, O. / Lionne, C. / Labesse, G. / Pochet, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 878.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 882.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zz7C ![]() 7zz9C ![]() 7zzbC ![]() 7zzcC ![]() 7zzdC ![]() 7zzeC ![]() 7zzfC ![]() 7zzgC ![]() 7zzhC ![]() 7zzjC ![]() 8a9vC ![]() 8b47C ![]() 6rg9S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-KH9 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400 PH範囲: 4.8-5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→37.28 Å / Num. obs: 17708 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 43.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 232119 / Scaling rejects: 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6RG9 解像度: 2.05→37.09 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.65 Å2 / Biso mean: 52.665 Å2 / Biso min: 27.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→37.09 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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