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- PDB-7zyw: Crystal structure of T2R-TTL-PM534 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyw
タイトルCrystal structure of T2R-TTL-PM534 complex
要素
  • (Tubulin beta-2B ...) x 2
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / Tubulin / microtubule destabilizing agents / inhibitor / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / protein modification process / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / growth cone / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-KG0 / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Oliva, M.A. / Diaz, J.F. / Cuevas, C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-104545RBI00/AEI/10.13039/501100011033 スペイン
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: PM534, an Optimized Target-Protein Interaction Strategy through the Colchicine Site of Tubulin.
著者: Lucena-Agell, D. / Guillen, M.J. / Matesanz, R. / Alvarez-Bernad, B. / Hortiguela, R. / Aviles, P. / Martinez-Diez, M. / Santamaria-Nunez, G. / Contreras, J. / Plaza-Menacho, I. / Gimenez- ...著者: Lucena-Agell, D. / Guillen, M.J. / Matesanz, R. / Alvarez-Bernad, B. / Hortiguela, R. / Aviles, P. / Martinez-Diez, M. / Santamaria-Nunez, G. / Contreras, J. / Plaza-Menacho, I. / Gimenez-Abian, J.F. / Oliva, M.A. / Cuevas, C. / Diaz, J.F.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,08827
ポリマ－266,9126
非ポリマー4,17621
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.803, 158.026, 181.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Alpha tubulin-1B / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Stathmin-4 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Beta tubulin-2B / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#4: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tubulin Tyrosine Ligase / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 139分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-KG0 / (4R)-N-[(1R)-1-[4-(cyclopropylmethoxy)-6-oxidanylidene-pyran-2-yl]butyl]-4-methyl-2-[(E)-C-methyl-N-oxidanyl-carbonimidoyl]-5H-1,3-thiazole-4-carboxamide


分子量: 421.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Mes, Imidazole, Calcium Chloride, Magnesium Chloride, L-tyrosine, Glycerol, PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.66 Å / Num. obs: 110428 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 58.85 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 524464 / Scaling rejects: 45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.494.90.9192644554330.6030.4581.0311.7100
13.42-49.664.50.07234027630.9820.0390.08321.698.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.51 Å49.66 Å
Translation8.51 Å49.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O2B

4o2b


解像度: 2.45→49.66 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 5500 4.98 %
Rwork0.2185 104832 -
obs0.2198 110332 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 218.44 Å2 / Biso mean: 78.6072 Å2 / Biso min: 29.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16501 0 415 118 17034
Biso mean--68.71 55.4 -
残基数----2085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.480.34871800.320134763656100
2.48-2.510.33631930.319334303623100
2.51-2.540.34471730.311934673640100
2.54-2.570.34381660.305535143680100
2.57-2.60.33751930.28834493642100
2.6-2.640.35181960.297234613657100
2.64-2.680.35551790.292534943673100
2.68-2.720.33351870.290534323619100
2.72-2.760.31021630.28173458362198
2.76-2.80.29291620.28234673629100
2.8-2.850.33152050.289334573662100
2.85-2.90.30131930.291634773670100
2.9-2.960.35381730.299534863659100
2.96-3.020.2971940.283334673661100
3.02-3.090.3111600.271335323692100
3.09-3.160.28381760.265135003676100
3.16-3.240.32961830.269734593642100
3.24-3.320.28671910.26033479367099
3.33-3.420.2851870.24743411359898
3.42-3.530.27271940.241134853679100
3.53-3.660.28331770.237735183695100
3.66-3.810.242110.214834793690100
3.81-3.980.22321770.193835023679100
3.98-4.190.20131850.18113532371799
4.19-4.450.20381710.16473479365098
4.45-4.790.17881740.1553534370899
4.79-5.280.17011890.163335453734100
5.28-6.040.2062050.19473540374599
6.04-7.60.22691710.20583580375198
7.6-49.660.20511920.19543722391499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3769-0.27770.0750.2021-0.0510.0165-0.08760.022-0.0875-0.3040.3556-0.0466-0.42520.32830.05920.8104-0.14880.13010.4706-0.11770.44628.796796.284452.7506
20.26240.01390.08930.1436-0.00750.04090.0643-0.0085-0.4633-0.1103-0.09560.2659-0.2820.22540.00460.7932-0.09310.12660.4509-0.14060.464629.38987.418643.33
3-0.00720.0383-0.02650.275-0.0970.0593-0.00330.1341-0.16330.07320.3513-0.2807-0.07940.14770.11170.4913-0.05690.08860.6357-0.25840.628835.016778.274155.4506
40.04-0.0106-0.00560.0785-0.04130.03120.38950.1044-0.01450.2323-0.03530.1047-0.0221-0.0386-00.56170.07850.02860.6386-0.14020.669711.652679.375159.8829
50.0393-0.03180.02860.06380.04590.0812-0.1130.0632-0.0740.0870.0776-0.1586-0.33550.422100.6073-0.02680.05650.5837-0.09270.573225.007690.582265.5895
60.05670.1007-0.0060.1784-0.0148-0.0120.10840.14860.05980.2802-0.12270.20620.01080.053400.53870.01850.11310.4403-0.16160.545714.5683.763671.2228
70.1483-0.02170.09070.05440.04560.0973-0.0681-0.27230.08370.13820.21490.0525-0.2282-0.0476-00.72240.09270.070.5292-0.14940.507316.543787.482180.6943
80.2790.0525-0.06410.17670.17630.14110.00590.0796-0.09080.2275-0.02930.17190.01550.0492-00.52370.03920.02080.4211-0.13050.460422.009776.632266.5501
90.0315-0.0061-0.02830.0006-0.00720.0757-0.01860.49170.00060.3834-0.2297-0.1157-0.06330.0843-0.00210.70880.196-0.06880.6771-0.17470.611432.434863.514168.7123
100.144-0.0653-0.16790.09250.05720.1534-0.00280.1793-0.05660.07280.07210.1708-0.2048-0.011400.50550.03880.05370.3345-0.01850.557315.22972.54822.0282
110.1232-0.1965-0.15330.41070.33980.25810.03390.03160.0201-0.10430.03920.0032-0.06520.0277-00.348-0.00720.03780.4249-0.09720.452822.257255.085821.3735
120.0825-0.0708-0.19910.05020.15020.36750.1880.06870.07970.0234-0.17420.0923-0.0223-0.121600.45360.03330.03240.5948-0.16580.644310.340762.149531.0426
130.0154-0.0096-0.02010.025-0.0640.12390.04450.065-0.0705-0.009-0.13390.08020.0683-0.2414-0.00180.38860.07580.01470.5554-0.19470.57167.331458.046339.3849
140.2993-0.06140.13410.08190.04150.10750.0152-0.32870.0757-0.0392-0.0477-0.1729-0.0555-0.2904-0.00870.4750.05610.08350.6857-0.20250.51065.041359.573944.8355
150.0574-0.05030.01530.06440.05240.06370.0989-0.20420.4732-0.1367-0.22630.05740.1905-0.0419-00.48940.03550.03440.5751-0.14840.68.710662.548544.9251
160.09260.07280.15040.05530.13180.16560.0022-0.02080.01060.2678-0.0346-0.07590.20870.064200.43880.00740.00360.4577-0.07630.43321.280739.883232.1043
170.31320.10870.25660.44560.0140.2868-0.06550.1117-0.0205-0.06670.0712-0.0093-0.0750.051400.4148-0.05820.02460.4672-0.01920.44320.536733.0874-11.7599
180.1191-0.15620.01680.35780.4950.5213-0.02620.03730.0250.0477-0.02840.06370.0764-0.075200.391-0.03620.02410.4193-0.04210.45827.677326.08393.106
190.8640.0754-0.37721.0572-0.2240.4606-0.30140.68570.1211-0.06160.47940.04760.1711-0.4560.15110.6662-0.29330.03951.0392-0.08780.385118.55317.2574-45.1185
200.26280.11080.09740.05120.02620.0631-0.07040.25610.23930.07730.2825-0.058-0.12410.4686-0.01660.7699-0.19270.32240.8381-0.23860.501835.55151.062-41.5514
210.6264-0.25690.29020.3709-0.00590.2357-0.2480.392-0.0585-0.11790.1997-0.11950.2153-0.1623-0.13560.7266-0.17320.12020.7346-0.28160.502724.6065-5.0755-33.04
220.273-0.0259-0.15850.4313-0.32790.3639-0.32280.3982-0.0271-0.0510.3282-0.05690.2539-0.26370.00310.5373-0.17420.05060.6404-0.140.40099.8332-2.735-24.2568
230.1702-0.03590.10790.1497-0.12590.13650.12650.0336-0.0633-0.02320.1815-0.20770.11380.23430.29560.85050.02170.18690.5751-0.25130.678630.8546-16.3717-24.0299
240.6645-0.092-0.10760.02010.0010.03850.08740.17490.13680.1085-0.0113-0.07350.01890.0086-0.06010.7656-0.15490.03190.5521-0.26920.674824.740599.788282.1126
250.07240.02330.07180.02030.01980.06090.00610.184-0.04480.43830.0894-0.2449-0.0520.1397-01.2631-0.1373-0.13720.7719-0.14020.487931.505282.736382.5771
260.39020.0463-0.11440.25030.22930.0174-0.0642-0.07650.046-0.1153-0.03890.08220.01640.2248-0.21740.47870.00040.04860.6491-0.27790.554542.917629.96896.4563
271.2999-0.33430.26710.141-0.13260.1686-0.47540.35760.0042-0.01630.159-0.04350.6114-0.0947-0.19220.8345-0.12180.1740.5165-0.11570.50275.88854.88969.7496
280.0860.02970.00140.0589-0.02640.0135-0.2187-0.0816-0.2638-0.04580.15630.02360.00340.3880.00020.70050.2470.0120.84030.1130.505511.931963.479899.6263
290.74840.39-0.38060.2397-0.29770.4156-0.41490.0063-0.380.05050.124-0.0770.4385-0.1317-0.17960.91430.12140.23780.42120.14320.677-3.720250.990499.3594
300.3227-0.0001-0.30860.05490.07640.3069-0.32540.0458-0.1490.10430.34460.01560.2860.01420.00040.81740.06370.15070.48120.08750.541-2.527359.988989.0768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 79 )A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 80 through 102 )A80 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 199 )A103 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 223 )A200 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 224 through 259 )A224 - 259
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 260 through 306 )A260 - 306
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 307 through 338 )A307 - 338
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 339 through 414 )A339 - 414
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 415 through 437 )A415 - 437
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 64 )B2 - 64
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 215 )B65 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 216 through 259 )B216 - 259
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 260 through 296 )B260 - 296
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 297 through 338 )B297 - 338
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 339 through 372 )B339 - 372
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 373 through 436 )B373 - 436
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 199 )C1 - 199
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 200 through 440 )C200 - 440
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 2 through 102 )D2 - 102
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 103 through 128 )D103 - 128
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 129 through 214 )D129 - 214
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 215 through 401 )D215 - 401
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 402 through 441 )D402 - 441
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 6 through 20 )E6 - 20
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 21 through 46 )E21 - 46
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 47 through 139 )E47 - 139
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 1 through 66 )F1 - 66
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 67 through 149 )F67 - 149
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 182 through 274 )F182 - 274
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 275 through 380 )F275 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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