[日本語] English
万見
- PDB-7zyp: Crystal Structure of EGFR-T790M/C797S in Complex with Reversible ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyp
タイトルCrystal Structure of EGFR-T790M/C797S in Complex with Reversible Aminopyrimidine 9
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / EGFR / T790M/C797S / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R25 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Niggenaber, J. / Kleinboelting, S. / Mueller, M.P. / Rauh, D.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01GS08104 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF 01ZX1303C ドイツ
European Regional Development FundEFRE-800400European Union
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Addressing the Osimertinib Resistance Mutation EGFR-L858R/C797S with Reversible Aminopyrimidines.
著者: Grabe, T. / Jeyakumar, K. / Niggenaber, J. / Schulz, T. / Koska, S. / Kleinbolting, S. / Beck, M.E. / Muller, M.P. / Rauh, D.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4253
ポリマ－37,7161
非ポリマー7102
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.800, 141.800, 141.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223

-
要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37715.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-R25 / propan-2-yl 2-[[4-(4-azanylpiperidin-1-yl)-2-methoxy-phenyl]amino]-4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidine-5-carboxylate


分子量: 514.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 K-Na-tartrate, 100 mM Na-MES (pH 7.5), 5.5 mg/mL EGFR-WT (in 100 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, 10 % glycerol, 1 mM TCEP) pH 8.0) 1 ul reservoir + 1 ul solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.84 Å / Num. obs: 11850 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.28 % / Biso Wilson estimate: 92.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 21.67
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 42.91 % / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 1162 / CC1/2: 0.681 / Rrim(I) all: 2.831 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S89

6s89


解像度: 2.8→44.84 Å / SU ML: 0.3708 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.495
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 593 5.01 %
Rwork0.1987 11255 -
obs0.2002 11848 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 50 2 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00332373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60113240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1913833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.080.31291470.28062782X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.27331460.242782X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.440.22161470.19382799X-RAY DIFFRACTION100
4.44-44.840.2091530.18122892X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.837852482881.67004350045-3.008175817484.55201301797-4.309443583828.679205345780.370302743492-0.2997290671070.1575930691320.1510825325250.005104996752140.460234589199-0.149936292448-0.486156044266-0.3161607004750.605263226016-0.147782176816-0.01226927957130.766210644734-0.08881359275310.718366285937335.167923436275.767548103113.477090945
21.64813988672-0.810648902305-0.09024635599888.3125677445-3.197339756815.80225175022-0.3295321597020.846161335766-0.3493216349670.4207964641360.03740704499320.5954235677090.311390612067-0.265936858418-0.3744586275940.696343612367-0.255096661334-0.01512979799851.03336998456-0.07798797797340.649734575741333.570096067271.529351814116.152808527
31.828659882433.024212648991.393246068786.823558577450.1313986423654.1444469447-0.2400100268540.0488559891334-0.0781929175374-0.4746512431650.272125787540.282941976167-0.350034478554-0.4370256296210.09881693127260.758836695182-0.00857792220887-0.0001862090303090.859705162241-0.1118304558670.869002746085336.468148719280.74993567109.293846396
43.600454440612.969133142432.084223275838.678955703773.251934901762.823056696850.130204094657-0.2265503219030.1467655554450.736413454422-0.4429981839270.1668276439720.237275483423-0.6199730686890.1759949589830.6343030503110.0415867360824-0.06476524584420.649445058995-0.003850730454680.55684464245342.782928899290.378346269125.013043906
54.227852363793.55347346992-1.391043374563.826291436080.5388582994254.294408111-0.1676418537090.315382359993-0.20328506566-0.255909549630.163152898490.482214658430.0141797779316-0.4193716551270.2425948207460.573912313476-0.013744238442-0.04954684933450.589716761252-0.03910612710570.516260405447341.306834504290.680937408118.398299881
65.756823047651.9245368055-0.2717500529093.73175836786-1.412275353049.64205055692-0.1440023823661.103567732781.23585278438-0.7410074697150.2249644009960.332155504269-0.9221451307210.1895480543870.3122798882151.21798657101-0.016563414806-0.02454512877111.10254724884-0.139055024321.19954390843338.475272925295.261894628104.060142839
73.09142742645-0.675602783684-0.6237904315817.469667677211.370898235947.37902833171-0.0835085398154-0.0805690180756-0.284701704817-1.10318111965-0.1327437115950.861999145640.0434098902842-0.6477174881880.3044860747311.057488688230.112423830599-0.3046831685360.841705213986-0.1240540666570.921785621349334.0285729305.129822796109.412954467
82.72652137275-1.895082742531.944514897766.308446780393.664067264166.84406077353-0.183474552759-0.4392591651550.0506190666467-0.458378062105-0.2820722061650.55856117964-0.697832228337-0.8015565237650.4861187830030.571529996670.0545321109768-0.09703675653910.612160385829-0.07516522451960.521696066116340.65353615308.196781687121.057482058
97.28439416096-1.53126206623-3.307519261265.507791871515.049508215978.039316960770.0487212760198-0.9463146849030.129191467776-0.01339932659710.505616202798-0.4488291442790.8027884994191.37594279188-0.0276549361840.783151347827-0.0121965425002-0.09145365546880.692427437523-0.03877026849680.641507407689354.208554235301.504181647127.9610648
104.15644534350.793367758372.702111246538.477874108044.281680383744.64621065510.5658037564540.292540605808-0.9093711236370.309758789301-0.4191374190840.243006051065-0.4511070340430.3732637132160.01553651014410.770940064524-0.0959434084463-0.04631744295550.930821467690.1183278272990.904458870801346.451054013274.265144463124.361916984
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 695 through 731 )695 - 7311 - 37
22chain 'A' and (resid 732 through 752 )732 - 75238 - 58
33chain 'A' and (resid 753 through 786 )753 - 78659 - 92
44chain 'A' and (resid 787 through 830 )787 - 83093 - 136
55chain 'A' and (resid 831 through 853 )831 - 853137 - 159
66chain 'A' and (resid 854 through 873 )854 - 873160 - 179
77chain 'A' and (resid 874 through 892 )874 - 892180 - 198
88chain 'A' and (resid 893 through 960 )893 - 960199 - 266
99chain 'A' and (resid 961 through 982 )961 - 982267 - 288
1010chain 'A' and (resid 983 through 1019 )983 - 1019289 - 305

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る