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Yorodumi- PDB-7zyp: Crystal Structure of EGFR-T790M/C797S in Complex with Reversible ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zyp | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of EGFR-T790M/C797S in Complex with Reversible Aminopyrimidine 9 | ||||||||||||
Components | Epidermal growth factor receptor | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / EGFR / T790M/C797S / inhibitor | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||||||||
Authors | Niggenaber, J. / Kleinboelting, S. / Mueller, M.P. / Rauh, D. | ||||||||||||
Funding support | Germany, European Union, 3items
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Citation | Journal: Acs Med.Chem.Lett. / Year: 2023 Title: Addressing the Osimertinib Resistance Mutation EGFR-L858R/C797S with Reversible Aminopyrimidines. Authors: Grabe, T. / Jeyakumar, K. / Niggenaber, J. / Schulz, T. / Koska, S. / Kleinbolting, S. / Beck, M.E. / Muller, M.P. / Rauh, D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zyp.cif.gz | 159.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zyp.ent.gz | 105 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zyp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7zymC 7zynC 7zyqC 6s89S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37715.613 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase |
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#2: Chemical | ChemComp-R25 / |
#3: Chemical | ChemComp-MES / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.5 K-Na-tartrate, 100 mM Na-MES (pH 7.5), 5.5 mg/mL EGFR-WT (in 100 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, 10 % glycerol, 1 mM TCEP) pH 8.0) 1 ul reservoir + 1 ul solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.9998 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2020 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9998 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→44.84 Å / Num. obs: 11850 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 38.28 % / Biso Wilson estimate: 92.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 21.67 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 42.91 % / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 1162 / CC1/2: 0.681 / Rrim(I) all: 2.831 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6S89 Resolution: 2.8→44.84 Å / SU ML: 0.3708 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.495 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 87.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→44.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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