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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zyd | ||||||
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タイトル | Structure of Compound 6 Bound to CK2alpha | ||||||
要素 | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Fragment based drug discovery | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / : / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / rhythmic process / double-strand break repair / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of translation / regulation of cell cycle / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.404 Å | ||||||
データ登録者 | Brear, P. / Hyvonen, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022 タイトル: A fragment-based approach leading to the discovery of inhibitors of CK2 alpha with a novel mechanism of action. 著者: Brear, P. / De Fusco, C. / Atkinson, E.L. / Iegre, J. / Francis-Newton, N.J. / Venkitaraman, A.R. / Hyvonen, M. / Spring, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zyd.cif.gz | 89.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zyd.ent.gz | 65.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zyd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zyd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zyd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zyd_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zyd_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zy0C 7zy2C 7zy5C 7zy8C 7zykC 7zyoC 7zyrC 8ae7C 8aecC 8aekC 8aemC 5mohS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39031.391 Da / 分子数: 1 / 変異: R21S, K74A, K75A, K76A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 化合物 | ChemComp-KD6 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 112.5mM Mes pH 6.5, 35% glycerol ethoxylate, 180 mM ammonium acetate PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91731 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.404→36.23 Å / Num. obs: 61404 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 200877 |
反射 シェル | 解像度: 1.404→1.408 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 54124 / Num. unique obs: 17371 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.192 / Rrim(I) all: 0.346 / Rsym value: 0.446 / Net I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MOH 解像度: 1.404→36.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9554 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9494 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.069 / SU Rfree Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.067
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原子変位パラメータ | Biso max: 108.31 Å2 / Biso mean: 26.12 Å2 / Biso min: 9.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.167 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.404→36.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.404→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0
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