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- PDB-7zyb: BeKdgF with Ca -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyb
タイトルBeKdgF with Ca
要素Cupin
キーワードHYDROLASE / enzyme
機能・相同性Pectin degradation protein KdgF / : / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Cupin
機能・相同性情報
生物種Bacteroides eggerthii DSM 20697 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fredslund, F. / Teze, D. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20CC0035580 デンマーク
Danish Agency for Science Technology and Innovation7129-00003B デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BeKdgF with Ca
著者: Fredslund, F. / Teze, D. / Welner, D.H.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1664
ポリマ－14,9941
非ポリマー1723
水1,11762
1
A: Cupin
ヘテロ分子

A: Cupin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3338
ポリマ－29,9882
非ポリマー3446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.374, 47.374, 175.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CA

21A-360-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cupin / Cupin domain-containing protein


分子量: 14994.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides eggerthii DSM 20697 (バクテリア)
遺伝子: DW701_08695, DWZ51_01720, EAJ03_07795, NCTC11155_02558
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A380Z821
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 80mM MES pH 6.5, 14.4% (w/v) PEG8000, 20% v/v glycerol, 160mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.03 Å / Num. obs: 19628 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 25.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05293 / Rpim(I) all: 0.01441 / Rrim(I) all: 0.05497 / Net I/σ(I): 20.91
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 2.167 / Mean I/σ(I) obs: 0.62 / Num. unique obs: 1845 / CC1/2: 0.808 / Rpim(I) all: 1.069 / Rrim(I) all: 2.431 / % possible all: 95.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FPX

5fpx


解像度: 1.5→41.03 Å / SU ML: 0.1686 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6828
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 953 4.87 %
Rwork0.173 18626 -
obs0.1744 19579 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数881 0 8 62 951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.022960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.78621300
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1342140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0947354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.580.43331320.3912481X-RAY DIFFRACTION94.57
1.58-1.680.28071360.26172556X-RAY DIFFRACTION98.32
1.68-1.80.25921200.19542630X-RAY DIFFRACTION99.46
1.81-1.990.19971450.15832628X-RAY DIFFRACTION99.07
1.99-2.270.19191190.16132677X-RAY DIFFRACTION99.29
2.27-2.860.22111460.19352705X-RAY DIFFRACTION99.76
2.87-41.030.17731550.15432949X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.256098581274-0.0397956759416-0.06101518831320.2016111402880.02979052893010.4643253064020.136569178237-0.0559063282297-0.4854426944610.391202846487-0.2092140510.3067687238641.22757152795-0.8423920794980.01365126183640.542903256251-0.0834643764622-0.03204330751660.399981297232-0.1173727226570.44244845241918.4366754402-13.73620840176.296258108
20.0358603529074-0.04547953092390.01463364493530.127444435160.03590369285330.0483386811339-0.07893737908330.38741673175-0.676417799597-0.2711492352730.1188760188890.5512822190160.651037581623-0.1604924541280.002790970839180.550844808044-0.0811839414737-0.03806643924790.756146348536-0.1495100186440.54384606123412.4717014693-10.551242275565.4770405904
30.1232361070790.07943426181470.1243309579610.2123857930250.07664210361090.123311484120.3144038914630.514124357841-0.544726473414-0.1324312841070.1372887162280.9958379645620.00428438849922-1.1999815445-0.01083958429960.3246468745060.074250126144-0.05603037429930.7204126545640.04115184686080.4835161992667.89218074582-0.9851844977968.5580200509
40.5934496990720.226981843039-0.3375953166470.748167537473-0.008261599191270.2038485686810.05575888154330.3312586324480.0433085439729-0.147191116178-0.01035974013690.06642012849890.207111764669-0.70019506185-0.0001604117684260.2578406232550.0163554040795-0.01232733173230.369643771433-0.004763320535050.30944621572917.0210176278-2.8591595485574.4242558699
50.453048548789-0.1992362271991.144324235830.287723190323-0.7842685740653.21574102770.06136100171950.2988856092290.3285312737880.02208106481740.06302660759320.252080210185-1.33942738669-1.146002433390.04583680300180.4394318039370.1987513516010.01628100592760.7161261506850.05413939959370.44444351161710.38961400049.4759435963871.893850412
60.4136223764420.3770596827790.08197802361430.3447687519210.03342767637420.1811828973150.1329640346410.3246382847110.270095929112-0.123938926177-0.03629413886880.138612730065-1.02031134477-0.1422261437040.0004734550723550.434973838930.1504165568860.01858936104040.3973233370970.0718574072870.3348360784619.52496559539.5929425729668.5283587073
70.07663572528670.0927763656434-0.008656950200920.1430530908420.04984579437550.06277892505740.0324627656684-0.06402556526970.8719669098330.1651001664170.173584339621-0.434814268357-0.7340151923890.54773203296-0.0006734901152490.7473269636380.1045683160670.01797260122220.478375764770.1241428402640.52076243520620.61580475917.93523508168.6622521514
80.579553799544-0.01308501754-0.2366062595050.545412673017-0.4551240030280.4884041968030.105652113110.3171658264670.2465373532890.0142827982021-0.1495394787590.0487541358917-0.613723672957-0.363346919186-0.0001510990720710.3255228365280.1098019522490.01110932032810.3573816753670.05395790364190.32245111800718.45424862968.8826852224671.1950300115
90.5709607275250.09505353345830.1156848615120.1893816398240.2842641751891.558868366870.01174282341560.0250613517461-0.7045008799430.501172417580.2239411897540.7007763576190.485768874502-1.420154993910.005429796279220.285305144599-0.02042413333260.03435502735970.5343916100850.01867265369030.47840151693111.148180564-1.8180696543181.637556358
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 10 )2 - 101 - 9
22chain 'A' and (resid 11 through 16 )11 - 1610 - 15
33chain 'A' and (resid 17 through 27 )17 - 2716 - 28
44chain 'A' and (resid 28 through 41 )28 - 4129 - 42
55chain 'A' and (resid 42 through 54 )42 - 5443 - 57
66chain 'A' and (resid 55 through 69 )55 - 6958 - 72
77chain 'A' and (resid 70 through 77 )70 - 7773 - 80
88chain 'A' and (resid 78 through 105 )78 - 10581 - 110
99chain 'A' and (resid 106 through 113 )106 - 113111 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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