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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zya | ||||||
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タイトル | Structure of Chit33 from Trichoderma harzianum. | ||||||
要素 | Endochitinase 33 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Chitinase / endo-chitinase / glycoside hydrolase / fungal chitinase / Thichoderma harzianum / GH18 family / chitooligosaccharide / oligosaccharide / COS / chitin / chitosan / chitintetraose. / HYDROLASE. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trichoderma harzianum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å | ||||||
データ登録者 | Jimenez-Ortega, E. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022 タイトル: Structure-Function Insights into the Fungal Endo -Chitinase Chit33 Depict its Mechanism on Chitinous Material. 著者: Jimenez-Ortega, E. / Kidibule, P.E. / Fernandez-Lobato, M. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zya.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zya.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zya.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zya | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zy9C 2uy2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32613.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 遺伝子: chit33 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q12713, chitinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 % / 解説: Diamond shape |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG 1500, 20% Glycerol. Soaking conditions: 23% PEG 1500, 20% Glycerol, 2mM Triacetyl-chitotriose. Cryoprotectant conditions: 30% PEG 1500, 20% glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97919 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月17日 / 詳細: KB Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→46.89 Å / Num. obs: 127452 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6255 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 0.763 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2UY2 解像度: 1.12→46.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.407 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.74 Å2 / Biso mean: 16.648 Å2 / Biso min: 9.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.12→46.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.12→1.149 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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