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万見
- PDB-7zy9: Structure of D165A/D167A double mutant of Chit33 from Trichoderma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zy9
タイトルStructure of D165A/D167A double mutant of Chit33 from Trichoderma harzianum complexed with chitintetraose.
要素Endochitinase 33
キーワードHYDROLASE / Chitinase / endo-chitinase / glycoside hydrolase / fungal chitinase / Thichoderma harzianum / GH18 family / chitooligosaccharide / oligosaccharide / COS / chitin / chitosan / chitintetraose.
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase Cts1-like / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trichoderma harzianum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-76601-C3-3-R スペイン
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structure-Function Insights into the Fungal Endo -Chitinase Chit33 Depict its Mechanism on Chitinous Material.
著者: Jimenez-Ortega, E. / Kidibule, P.E. / Fernandez-Lobato, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endochitinase 33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3432
ポリマ－32,5121
非ポリマー8311
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.421, 66.776, 76.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endochitinase 33 / 33 kDa endochitinase / Chitinase 33


分子量: 32511.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 遺伝子: chit33 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q12713, chitinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 % / 解説: Prism bar shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 1500, 20% glycerol. Soaking conditions: 32% PEG 1500, 18% glycerol, 18 mM chitintetraose.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.78 Å / Num. obs: 44920 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2190 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.255 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP7.0.038位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UY2

2uy2


解像度: 1.6→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.305 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1684 2229 5 %RANDOM
Rwork0.1477 ---
obs0.1487 42630 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.51 Å2 / Biso mean: 18.041 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2292 0 57 302 2651
Biso mean--39.7 34.4 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0152198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.6683424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.81.6065072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0365327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21824.667120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65315345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.084156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02636
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 160 -
Rwork0.196 3101 -
all-3261 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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