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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zy7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii chloroplastic phosphoglycerate kinase | ||||||
![]() | Phosphoglycerate kinase | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Le Moigne, T. / Lemaire, S.D. / Henri, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii chloroplastic phosphoglycerate kinase 著者: Le Moigne, T. / Lemaire, S.D. / Henri, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43933.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PGK1, CHLRE_11g467770v5, CHLREDRAFT_132210 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM MES pH 5, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980115 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.975→42.16 Å / Num. obs: 50948 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 9.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.975→2.046 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 4838 / CC1/2: 0.354 / CC star: 0.723 / % possible all: 93.38 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Alphafold model 解像度: 1.98→42.16 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.68 Å2 / Biso mean: 34.1276 Å2 / Biso min: 14.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→42.16 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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